首先声明,这篇的操作有许多需要手动的地方,不能一键生成,也希望以后能有更快捷的手法。
之前讲了MIMICIV数据库在PostgreSQL中的安装,今天主要是讲在pgAdmin中调整原代码并生成SOFA评分。
0. 谋定而后动
在pgAdmin中选中数据库,右键选择Query Tool,接着打开sofa.sql
可以看到,除了原生数据之外,sofa评分还使用了icu_hourly, ventilation, vitalsign等衍生数据,如下表:
SOFA | 需要的衍生数据 | 衍生数据需要的衍生数据 |
---|---|---|
icu_hourly | icu_times | |
ventilation | ventilator_setting, oxygen_delivery | |
vitalsign | ||
gcs | ||
enzyme | ||
chemistry | ||
complete_blood_count | ||
urine_output_rate | urine_output, weight_duration | |
epinephrine | ||
norepinephrine | ||
dopamine | ||
dobutamine |
如果说sofa.sql是个大BOSS的话,表中的内容就是打BOSS前刷的小怪,要把对应的sql一个一个运行,生成衍生的数据,都准备齐活了才能运行sofa.sql
1. Postgres的时间函数
由于MIMICIV官方给的SQL语句是适用于BigQuery的,因而有些function在PostgreSQL中没有。好在MIMICIII的代码中提供了这些function.
https://github.com/MIT-LCP/mimic-code.git
用pgAdmin打开postgres-function.sql后,把SET search_path TO mimiciii;
删除并运行。
这样就可以在PostgreSQL中使用这些function了;不过,也可以修修改改,使用Postgres中的原生时间函数,具体见我另一篇文。