fMRI信号处理并显示指定切片

fMRI信号处理并显示指定切片

一、加载数据

import nilearn
import nibabel as nib 
from nilearn import image
from nilearn.image import smooth_img

func_filename=nib.load('data/4D/Ontario_sub94652_rest.nii.gz')
print(func_filename.shape)

二、处理fMRI图像

img2=nilearn.image.clean_img(func_filename,
                        sessions=None, 
                        detrend=False, #趋势消除
                        standardize=False, 
                        confounds=None,
                        low_pass=None,
                        high_pass=None,
                        t_r=1, 
                        ensure_finite=False, 
                        mask_img=None)

三、提取切片显示

print("low_pass=20")
img2 = img2.dataobj[:, :,10,10]#提取第100个切片
plt.imshow(img2)