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生信
少奶奶的猪
python开发,web开发,odoo开发,前端开发,数据库,机器学习
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cromwell中间文件问题
默认情况下,Cromwell在收集运行的输入文件时会尝试3种本地化策略。它们按以下顺序连续应用,直到一个有效。hard-link - 这将创建一个到文件的硬链接(而不是符号)链接soft-link - 创建文件的符号链接。此策略不适用于指定Docker镜像的任务,将被忽略。copy - 复制文件可以通过在配置文件或命令行中指定新订单来覆盖此默认订单。由于配置文件位于Cromwell的源...原创 2020-03-19 16:46:11 · 243 阅读 · 0 评论 -
Cromwell +WDL学习
WDL (一个workflow description language)+ Cromwell(an execution engine that can run WDL scripts)是目前可以更好使用GATK的一套工具。这里学习wdl的快速入门教程。WDL是一种流程编写语言,没有太多复杂的逻辑和语法,入门简单。首先看一个hello world的例子workflow myWorkflow {...翻译 2019-06-24 14:50:36 · 3774 阅读 · 0 评论 -
conda环境移植
1.登录原服务器复制文件到新服务器scp - r /home/bio_software/Miniconda2 root@10.169.1.231:/home/bio_software2.登录新服务器配置环境vim ~/.bashrc复制进去# >>> conda initialize >>># !! Contents within this bloc...原创 2020-03-19 17:23:54 · 530 阅读 · 1 评论 -
类似galaxy 一样的生信分析平台有哪些?
galaxy :http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4203338/google : https://cloud.google.com/genomics/等等: https://www.biostars.org/p/86463/DNAnexus – http://dnanexus.comBaseSpace – http://basesp...原创 2020-03-19 17:21:43 · 967 阅读 · 0 评论 -
Linux做NGS数据批量处理
在使用Linux做NGS数据处理的过程中,批量处理是提高工作效率的好方法。做好配置文件简单地讲,我们需要先制作一个配置文件,这里命名为config,然后config文件如以下所示:$ cat config SRR1039510_1.fastq.gz SRR1039510_2.fastq.gzSRR1039511_1.fastq.gz SRR1039511_2.fastq.gz...原创 2019-06-20 09:13:07 · 1837 阅读 · 0 评论 -
生信分析过程中这些常见文件的格式以及查看方式
生信分析过程中这些常见文件的格式以及查看方式生信分析过程中,会与很多不同格式的文件打交道,除了原始测序数据fastq之外,还需要准备基因组文件fasta格式和基因注释文件gtf格式。在分析的过程中还会有众多中间文件的生成,如bed、bed12、sam、bam、wig、bigwig、bedgraph等,生成后我们一般会查看下内容了解文件每一列的含义,以此来决定需要提取哪些有用信息列来进行下一步分析...转载 2019-06-20 11:06:04 · 3257 阅读 · 0 评论 -
生信linux知识总结
目录:Linux总目录Linux-文件和目录Linux-文件操作Linux文件内容操作Linux-环境变量和可执行属性Linux - 管道、标准输入输出Linux - 命令运行监测和软件安装Linux-常见错误和快捷操作Linux-文件列太多,很难识别想要的信息在哪列;别焦急,看这里。Linux-文件排序和FASTA文件操作Linux-应用Docker安装软件Linux...转载 2019-06-20 16:29:54 · 454 阅读 · 0 评论