生信linux知识总结

最新推荐文章于 2024-08-14 04:12:48 发布
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分类专栏： 生信 linux

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少奶奶的猪
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生信分析服务器配置脚本
08-13
生信分析linux环境配置，安装分析软件环境，需要root权限
【生物信息学学习】Linux基础
weixin_45685859的博客
09-10 1263
我们获取了服务器地址之后，我们便可以远程进行登陆。输入vi之后可以对文件进行修改，当我们输入vi进入界面之后，我们处于一般模式。在less下，输入/+需要查找的内容，可以立马显示出来。根目录中home是重要的目录，每一个链接到服务器的用户，均会在home中建立一个新目录。之后我们需要将文件传输到你的服务器上，那么我们就需要一个新的软件：FileZilla。输入：可以进入命令行模式，在该模式中可以通过输入不同的命令来对文件进行控制。同样，输入我们服务器的地址与账号密码，便可以远程连接上服务器。
Linux系统中如何安装生信软件?保姆式全攻略
青笋的博客
10-17 1047
上述小故事中，厨房、客厅和厕所就像是不同的conda环境，马桶、煤气灶、油烟机和电视就像是软件工具，有时候必须把多个软件安装在同一个环境来使用（比如油烟机和煤气灶都在厨房），但是有时候又必须将不同软件安装在不同环境（比如马桶和煤气灶就没法放在一起）。过了一段时间，想上厕所了，需要急切的安装一个马桶，情急之下忘了新建环境，直接把马桶安在厨房，那就有意思了，启动时冲突，无法边做饭边上厕所。安装软件时先考虑通过conda进行安装，可以先搜一下有没有现成的yml配置文件，抄别人的作业，提高效率。
视频连载 2 | 这个为生信学习打造的开源Linux/Bash教程真香！！！
最新发布
weixin_41008482的博客
08-14 13
生物信息学习的正确姿势NGS系列文章包括NGS基础、在线绘图、转录组分析（Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析(重磅综述：三万字长文读懂单细胞RNA测序分析的最佳实践教程)、DNA甲基化分析、重测序分析、GEO数据挖掘（典型医...
生信大白记第2记-linux命令
大甘的博客
03-28 482
生物信息分析必定少不了linux系统，Linux是一种免费开源的操作系统，其内核由Linus Torvalds于1991年首次发布。与其他操作系统类似，Linux操作系统也有图形用户界面（GUI）和命令行界面，但Linux系统的核心在于其稳定性、可靠性和灵活性。免费开源：Linux操作系统是免费的，并且源代码是开放的，这意味着用户可以自由地查看、修改和分发代码。​生信大白记第2记，就到这里，下一记，持续更新学习生物信息学的内容！可以使用“man”命令查看命令的手册页，了解命令的详细信息和选项。
生信中常用的Linux文件操纵命令
m0_56572447的博客
06-10 314
生物信息学数据分析方面使用的最多的操作系统就是Linux，许多开源生物信息软件都是都是基于命令行的，并且是只有Linux的版本。尽管有不同的 GUI（图形用户界面）可用于生物信息学分析，但它们使用起来并不比在Linux上轻松。 因此，学习Linux命令是生物信息学数据分析的必备技能。这篇文章将介绍日常生物信息学数据分析所需的基本 Linux 命令。
一览生信分析的各种工作环境—Linux子系统、双系统、虚拟机和Docker
悟道西方
05-24 2882
“本文围绕计算机操作系统，概述了当下各种生信分析的工作环境。”一文掌握Conda软件安装：虚拟环境、软件通道、加速solving、跨服务器迁移01—Linux子系统 Windows下的Linux子系统，即WSL(Windows Subsystem for Linux)。基于Win10的WSL技术目前可使用的是Ubuntu子系统，后者是一个完整的Ubuntu终端环境，可...
对于生信友好的生信杂志总结
05-05
对于生信友好的杂志汇总，总共300多个杂志，包含接受量，影响因子等信息。
生信分析论文套路R语言代码
12-05
TCGA GEO数据处理，基因注释，差异分析，GO，KEGG，GSEA富集分析，肿瘤突变负荷，免疫浸润，LASSO回归，随机森林，SVM-RFE，COX回归，WGCNA网络，共识聚类分析，药物敏感性分析，干性指数，免疫浸润指数，预后模型等...
生信注释软件annovar
11-18
ANNOVAR是一个高效的注释工具，能够利用最新的数据来分析各种基因组中的遗传变异。由perl编写，支持包括VCF在内的多种输入和输出文件格式。 主要包含三种不同的注释方法：gene-based, region-based 和filter-based...
生信分析例文
12-04
生信分析是生物信息学（Bioinformatics）的一种应用，主要使用计算工具和方法研究生物大分子，尤其是核酸和蛋白质的结构、功能、进化等信息。在医学研究领域，生信分析常用于癌症等疾病的分子机制研究和疾病相关生物...
「生信基础课」初学者入门Linux最少必要的知识点
xuzhougeng blog
08-07 1580
视频地址为： https://www.bilibili.com/video/av62588575/ 这是我在哔哩哔哩上课程的文字稿版本。我有点完美主义的倾向，所以为了避免自己因为觉得自己某个部分的说话不利索，不清楚，所以总是会写稿子。 素材库 这次课程的主题是生信入门必须学习的几个Linux操作。 为什么要学习Linux 如果你要学习生物信息学，那么你一定要学会...
科普任重而道远：生物信息为什么要学 Linux？
公众号/简说基因，知乎/简宝玉
12-29 2918
前面写了一篇生信人的自我修养：Linux 命令速查手册，有朋友觉得是为 IT 人员准备的。科普任重而道远，我还是用这篇文章解释一下吧。两个方面的需求：数据处理服务器运维数据处理方面的需求...
Linux中的文件搜索 locate,find,grep ,whereis和which命令的使用
菜鸡小白的成长记录
08-07 883
1.文件搜索locate Linux locate命令用于查找符合条件的文档，它会去保存文档和目录名称的数据库mlocate内，查找合乎范本样式条件的文档或目录。一般情况我们只需要输入查找指定文件名字就可以。（locate只能搜索文件名） locate命令和find -name功能差不多，但是比find搜索要快。因为find命令查找的是具体目录文件，而locate搜索的是一个数据库/var/lib/mlocate/mlocate.db，这个数据库中存有本地所有的文件信息，该数据库是Linux自动创建并每天自
Linux生信笔记（公众号相关）1
weixin_44649331的博客
02-16 1399
生信媛 Linux shell trick for bioinformatics （1）将一个文件按行倒序，将第一行变为倒数第一行，第二行变为倒数第二行 优雅至极的方法：tac yourfile.txt 稍微笨一点的方法：awk 'BEGIN{x=0}{x=x+1}{print x,$0}' yourfile.txt | sort -nr -k 1 | sed 's/^.*//g' | less ...
生信数据预处理的Linux三大神器
weixin_33862514的博客
03-24 339
grep:最快的文本搜索工具 grep就是在文本提取和匹配上最快的工具，因为它只有一个目标，在每一行找匹配的内容，并且在这个任务上没有其他程序比他是做的更好。 继续以拟南芥基因组和注释文件作为练习对象（下载方式见我上一篇文章）。 在注释文件中查找某一个基因如AT5G25475 $ grep "AT5G25...
这个为生信学习打造的开源Linux教程真香！！！
悟道西方
08-28 402
生物信息学习的正确姿势NGS系列文章包括NGS基础、在线绘图、转录组分析（Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ChIP-seq基本分析流...
免费Linux系统和生信宝典原创学习教程
悟道西方
09-13 827
生物信息的学习离不开Linux系统，不管自己写命令处理数据，还是使用现有的工具。Linux对我们来讲最重要的是它强大的命令行功能，可以快速、批量、灵活的处理数据的提取、统计和整理等耗时耗力的重复性工作。事实上在日常生信分析中，多数整理工作也都是用Linux命令的组合完成的，相比于写完整的Python或Perl程序更简便快捷；另外，生信分析用到的工具大都只在Linux下运行，而Linux发行版众多，...
生信linux系统安装
08-17
要在生信领域使用Linux系统，可以按照以下步骤进行安装： 1. 首先，选择一个合适的Linux发行版。在生信领域中，常用的发行版有Ubuntu、CentOS和Fedora等。你可以根据个人喜好和需求选择其中之一。 2. 下载所选发行...
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