学习记录(一):RIRE数据集

首先,从官网下载数据。(http://insight-journal.org/rire/download_data.php)
从官网下载数据(http://insight-journal.org/rire/download_data.php)
对下载下来的数据进行解压,得到下列文件夹
进行解压
每个文件夹点开后都包括以下文件
每个文件夹都有病人的ct,mr数据

如何将数据转换为.dcm格式?
输入下图代码(其中ImageReadDicomSeriesWriteWin32.exe(官网下载),.mhd格式文件和对应的image.bin这三个文件都在C:\Users\acer文件夹中,C:\Users\acer\sjj.dcm\patient_001\ct是输出文件夹。)
ImageReadDicomSeriesWriteWin32.exe(官网下载),.mhd格式文件和对应的image.bin这三个文件都在C:\Usersacer文件夹中,C:\Users\acer\sjj.dcm\patient_001\ct是输出文件夹。

如何将.mhd格式文件转换为.jpg,.tif等格式?
安装python(并用pip安装cv2和ITK模块)并运行下列代码
import SimpleITK as sitk
import cv2
itk_img = sitk.ReadImage(‘C:\Users\acer\Python\Python36\patient_001\ct\ct\patient_001_ct.mhd’)
img_array = sitk.GetArrayFromImage(itk_img)
frame_num, width, height = img_array.shape
outpath = ‘C:\Users\acer\Python\Python36\patient_001\ct’
index = -1
for img_item in img_array:
index = index + 1
cv2.imwrite("%s/%d.tif" % (outpath, index), img_item)
print(“done!”)

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