在使用脚本提交任务时,出现错误提示,导致下面的命令无法执行。
错误如下:
没有找到这个文件或文件夹,换句话说就是给的路径是错误的,电脑识别不了。
回头去查看自己提交的命令,如果是文件路径错误的话,就有了针对性,缩小范围了。
提交的命令如下:
这是我的变量设置,出现错误。
这里的解决办法是:
将cz2.sam更改为cz2sam
将ref.fa更改为ref 即可正确运行。
原因是在=的前面不能有符号。
总结一下:1.在文件路径这一块,遇到过几次问题,一般文件路径报错是找不到该文件,那就重点排查文件路径。
2.PATH,这个实在是太重要了,把鸟哥的私房菜中第11章环境变量设置好好看一看。变量的设置规则:
变量和变量必须以等号=来连接;
等号两边不能含有空格符;
开头字符不能是数字,可以字母开头加上数字;
双引号实现变量里的变量,如me=apple,“want=i eat $me”,echo$want可得 i eat apple 。
单引号则是让变量失效,如`want=i eat $me` 更换成单引号,echo$want可得i eat $me 。
使用转义符“\”,注意方向,不是linux下的根目录,可以让($ \ ! 空格等 )变成一般字符。这里有意思的是 \\可以让自身失效。
在已有变量的基础上再增加变量,典型的用法是环境变量PATH,可用“$变量名称”或${变量名称}累加内容。 如PATH=“$PATH”:/bin/bash/,这里用到刚才的双引号。
通过export使变量变成环境变量,export “echo $PATH:/bin/bash” >>~/.bashrc
一般而言,大写字母是系统默认变量,小写是自行写的变量
使用env 查看所有的变量
取消变量,使用unset 变量名称
面的变量不能含有其他符号