生物信息学
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tibble操作
创建tibble1.创建tibble对象# A tibble: 2 x 3 x y z <int> <int> <dbl>1 1 1 12 2 2 12. 特殊字符的使用需要用``包括起来> tibble(`$`=1:2,y=1:2,z=1)# A tibble: 2 x 3 `$` y z <int> <int>原创 2022-05-05 17:46:59 · 904 阅读 · 0 评论 -
R中如何去除一行中一半为0的行
R中如何去除一行中一半为0的行一、 数据生成一个0、1的矩阵,并将矩阵转换为数据框,对行、列名重命名。data<- matrix(sample(0:1,size = 30,replace = T),nrow = 5)data <- as.data.frame( data)names( data) <- paste("col",1:6,sep = "")row.names(data) <- paste("row",1:5,sep = "")> data c原创 2022-04-27 17:03:45 · 1984 阅读 · 0 评论 -
perl 一行命令 2021-09-02
日志返回日志列表生物信息入门常用perl ‘one-liner’–by CJ chen 2014-7-18 00:05 阅读(3326)赞(76)评论(16)转载(82)分享(29)复制地址收藏夹按钮收藏更多上一篇 | 已经是最后一篇开通黄钻生物信息入门常用perl ‘one-liner’–by CJ chenconvert -delay 10 -resample 10% ls|perl -lane '/CJ\d{4}\d{4}(\d{2})(\d{2})/;print if $1>8转载 2021-09-02 13:35:56 · 8157 阅读 · 0 评论 -
生物信息学网址
下面是总结的一些网址,主要是针对生物信息的初学者,初学者在找方向上花很大的精力,这些网址可以让你事半功倍。生信人的20个R语言习题 http://www.bio-info-trainee.com/3409.html生信人的linux考试 http://www.bio-info-trainee.com/2900.html生信工程师入门最佳指南 https://mp.weixin.qq.com/s原创 2020-09-26 21:28:18 · 526 阅读 · 0 评论 -
perl 语言适合新手练习的两道题
1、/share4/tmp/perl/1.test/cor.xls 第一二列分别为基因、代谢物名称,第三列为相关性系数, 第四列是对应的pvalue。 按照相关性从强到弱进行排序, 并将pvalue 保留5位小数输出。注:(-0.9 为强负相关, 排序时排在0.8前面, 实现额外加分)geneName metaName PCC PCCPBra000004 Hmjp007381 0.91 0.0009103797Bra000089 Hmjp007381原创 2020-09-26 21:15:19 · 501 阅读 · 0 评论 -
生信学习过程中遇到的问题
前言:记录在自学生信过程中所遇到的一些问题,如何去解决的。希望我的经验可以对他人有帮助。 注意:不要复制代码,因软件版本更新等问题,命令会变化的。重点学习怎么去解决问题。 一:执行zcat cz2_1.fq.gz,屏幕出现了群魔乱舞,想要恢复到正常的命令行模式下。 1、直接终止正在运行的程序,使用ctrl+c。 2、让程序进入后台运行,使用ctrl+z,进...原创 2018-10-20 16:52:02 · 1866 阅读 · 1 评论 -
推荐给生物信息学初学者的网址
下面是总结的一些网址,主要是针对生物信息的初学者,初学者在找方向上花很大的精力,这些网址可以让你事半功倍。生信人的20个R语言习题 http://www.bio-info-trainee.com/3409.html生信人的linux考试 http://www.bio-info-trainee.com/290...原创 2018-10-20 20:25:39 · 2455 阅读 · 0 评论 -
GATK 无法下载的问题
GATK全称是 genome analysis toolkit,非常好的基因组处理软件。 下载步骤 第一步:利用360浏览器找到GATK的官网。 第二步:找下载地址,其实在网上搜一下,很多资料。第三步:重点来了,在Linux下载,这里遇到了问题。 错误提示:文件名过长那就解决这个问题 参数解读 wget ...原创 2018-10-22 16:24:42 · 1985 阅读 · 0 评论