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单细胞选取数据
默认情况下,我们是对Seurat中的RNA的Assay进行操作。最初开始的数据只有一个RNA的assay,数据在进行变换SCT,或者整合单样本数据intergration,或去除污染SoupX,或融合velocity;都会将处理后的结果数据存放到新的Assay中。可以通过查看当前默认的assay,通过更改当前的默认assay。counts为raw原始数据,我们开始对assay中的RNA数据中的counts进行处理,对稀疏矩阵进行归一化处理后的结果存储在data, 接着用ScaleData()处理后的数据存储原创 2022-06-17 15:45:49 · 1894 阅读 · 0 评论 -
R管理工具命令
用于R管理工作空间的部分标准命令原创 2022-06-13 10:56:07 · 181 阅读 · 0 评论 -
保存、加载linux下的R的历史命令
保存、加载linux下的R的历史命令原创 2022-06-10 16:44:23 · 412 阅读 · 0 评论 -
R语言报错Error in scan(file = file, what = what,)line 37 did not have 58 elements
Error in scan(file = file, what = what, line 37 did not have 58 elements原创 2022-06-01 10:16:49 · 7790 阅读 · 0 评论 -
tibble操作
创建tibble1.创建tibble对象# A tibble: 2 x 3 x y z <int> <int> <dbl>1 1 1 12 2 2 12. 特殊字符的使用需要用``包括起来> tibble(`$`=1:2,y=1:2,z=1)# A tibble: 2 x 3 `$` y z <int> <int>原创 2022-05-05 17:46:59 · 815 阅读 · 0 评论 -
venn.diagram生成pdf图片
R包VennDiagram::venn.diagram 自定义韦恩图输出图片1.问题在linux系统下,想要将venn.diagram函数画出的venn输出在当前目录下,结果是函数里面的filename定义不能输出图片,但是在Rstidio中可以生成图片到本地,使用的原代码:无法生成图片!!!venn.diagram( x = list(a_name, b_name), category.names = c(diff_a , diff_b), lwd = 1,原创 2022-04-28 09:53:45 · 1042 阅读 · 0 评论 -
read.table读取含有#的一行
read.table读取#的一行comment.char=‘’ 跳过特殊符号data <- read.table("test.xls",header = T,sep="\t",check.names = F, quote = "",stringsAsFactors = F,comment.char='')header 首行是否含有变量名,第一行是不是行名row.names =1 表示第一列为列名sep 设置读入文件的分隔符,默认为"",分隔符可原创 2022-04-27 17:17:14 · 815 阅读 · 0 评论 -
R中如何去除一行中一半为0的行
R中如何去除一行中一半为0的行一、 数据生成一个0、1的矩阵,并将矩阵转换为数据框,对行、列名重命名。data<- matrix(sample(0:1,size = 30,replace = T),nrow = 5)data <- as.data.frame( data)names( data) <- paste("col",1:6,sep = "")row.names(data) <- paste("row",1:5,sep = "")> data c原创 2022-04-27 17:03:45 · 1800 阅读 · 0 评论