Materials studio查看原子之间的距离和角度

最新推荐文章于 2025-08-23 16:20:49 发布
原创 最新推荐文章于 2025-08-23 16:20:49 发布 · 2.6w 阅读 · 21 ·
CC 4.0 BY-SA版权
版权声明：本文为博主原创文章，遵循 CC 4.0 BY-SA 版权协议，转载请附上原文出处链接和本声明。

博客介绍了调出工具栏后，通过点击图中下三角打开下拉框进行操作。选择相应选项，点选任意2个原子可显示二者距离，单位为埃；选择下拉框中Angle，点击任意3个原子可显示相应角度。

步骤：- view > toolbars > sketch :

在这里插入图片描述从而调出如下的工具栏：
在这里插入图片描述
点击图中下三角打开下拉框后 选择distance

在这里插入图片描述
点选任意2个原子 会显示二者距离(单位为埃)

在这里插入图片描述

同样的，测量角度则选择下拉框中Angle, 之后点击任意3个原子 会显示相应的角度:

在这里插入图片描述

Materials Studio教程
03-12
图文版MATERIALS STUDIO教程，包括分子模拟软件概述和模块 原理介绍及具体参数设置
GetAtomCoords:用于检索 Materials Studio 文件中所有原子的坐标并随后计算分子描述符 R3m 的函数-matlab开发
05-29
此功能允许用户选择从Materials Studio导出的数据作为3D原子文件（.xsd文件格式），并计算每一帧中每个分子的R3m值。 然后将 R3m 值的分布绘制为直方图。 目标是确定由使用 Materials Studio 执行的分子​​动力学...
Materials_Studio_培训教程_materialsstudio_MS软件应用手册_分子动力学_
10-02
适合新手研究源代码，各类案例分析使用Materials_Studio进行分析处理分子动力学模拟过程
Materials Studio学习笔记（十一）——精确定位和移动原子
m0_71981303的博客
06-11 1317
本文介绍了在Materials Studio软件中向MOR沸石结构中心精确放置氯化甲烷分子的操作流程。首先将对称性转换为P1，通过创建质心确定沸石中心位置。然后导入氯化甲烷分子，通过创建最佳拟合线对齐分子，使用MoveTo功能将碳原子定位到质心。调整显示模式后，通过笛卡尔坐标精确定位氯原子位置，最后利用平移功能微调分子位置。整个过程涉及多种软件操作技巧，包括对称性转换、质心定位、分子对齐和精确移动等功能，展示了分子建模中精确定位的技术方法。
materials studio中的两种坐标系
最新发布
weixin_45192240的博客
08-23 808
这是我们最熟悉的坐标系，用绝对的长度单位（如埃，Å）来描述原子在空间中的位置。这个位置是相对于一个固定的空间原点 (0,0,0) 而言的，与“房间”本身无关。
【MS】 Materials studio查看原子之间的距离和角度
haoweixl的博客
02-01 1576
点选任意2个原子 会显示二者距离(单位为埃)点击图中下三角打开下拉框后 选择。
【ASE+python】测量两个原子之间的距离(考虑周期性)
袁家瑜的博客
06-07 3134
在理论计算中，如果我们有一个结构，需要求解两个原子之间的距离，可以使用一些可视化程序进行手动测量。但是对于周期性结构，还需要考虑周期性边界的影响，确定测量出来的是最短距离。在此分享使用ASE(Atomic Simulation Environment)灵活地测量两个位置距离且考虑结构周期性的方法。可以参考本人之前记录的博客：【ASE+python】实现将poscar格式文件批量转换为xsd格式文件 使用ase.io中的read()函数，可以将结构信息读取为atoms object，结合ase.visuali
Materials Studio常见视图设置-01
热门推荐
qq_42168543的博客
04-30 2万+
最近修图需要用materials studio导出图片，发现对很多操作比较生疏，这里简单记录一下其中的常见的对视图的操作，如背景颜色，晶胞边界，晶格基矢的标签等 闲话不叙 目录设置背景颜色设置晶格边框设置是否显示晶格标签如何扩大晶胞而保持晶格内结构不变设置胞内结构的平移步长和旋转步长 设置背景颜色 设置背景颜色 右击 > display options >Backgrounds > solid color 效果： 可以看到背景色被调成了宝强绿 设置晶格边框 调整晶..
Material Studio 计算分子静电力、电荷密度以及差分电荷密度
A20802013的博客
05-07 2617
Material Studio 计算分子静电力、电荷密度以及差分电荷密度
materialsstudio教程.zip
04-08
6. **分析工具**：学习如何使用距离、角度、二面角等测量工具，以及分子表面和电荷分布的计算。 **Modules教程**： Materials Studio的模块部分包含多个高级计算工具，如AMBER、UFF、CASTEP、DMol³等。这里主要...
materials-studio-案例1.pdf
06-24
在分子模拟领域，Materials Studio（MS）是一款强大的工具，尤其在材料科学和化学中广泛应用于研究复杂的分子系统。本案例主要探讨了如何使用MS的Discover模块对Au（111）表面的自组装单层膜进行结构优化，以揭示其...
MaterialsStudio软件CASTEP模块.pptx
05-14
例如，可以使用晶体的国际晶体学表征编码（如AlAs晶体的空间群F-43m），晶格参数（如晶格常数和角度）以及原子占位信息等。除了以上方法，CASTEP模块还允许用户通过外部数据库如ICSD和American Mineralogist Crystal...
模拟计算MS软件常见问题及解答（二）
Allenkx的博客
07-18 1168
如何测出两个面之间的距离？演示异质结时候只是演示方法，具体的界面间距请参考文献或者优化后的数据。如果指的是COF搭建层间距如何确定，粗搭时候层间距选择3.5 A比较合理。
二维测量--轮廓间的距离
xd940940的博客
07-30 3281
对应示例程序： apply_distance_transform_xld.hdev 目标： 比较算子distance_contours_xld 和算子 apply_distance_transform_xld的区别 一般情况下，在求解轮廓之间的距离时，distance_contours_xld都适用。但是对于参考XLD轮廓保持不变，被多次使用时，算子apply_distance_transform...
Materials Studio打开后卡死的解决方法
qq_42168543的博客
04-30 2万+
前几天遇到一个问题 Materials Studio打开后就卡死了 这情况之前从未遇到 这里记录一下问题的解决 以下方法来源于网络: 1. 重装系统 额 如果不知道解决方案你可以不用答 不要提供这么搞笑的方法好么… A： 怎么消灭蚊子？ B： AK47 A: … … 2. 第二种方法 搜索框键入 语言 > 进入语言设置后点击图中选项按钮 > 微软拼音-选项 > 常规 > 开启兼容性 使用第二种方法 完美解决 原因就是..
基于MS的forcite模块模拟水分子在云母表面吸附行为
weixin_44873868的博客
04-12 8160
Forcite Plus 是一款分子力学和分子动力学模拟程序。它可以对分子、表面或三维周期性材料体系进行快速的能量计算、几何优化以及各种热力学条件下的动力学模拟研究，可以分析材料体系的各种结构参数、热力学性质、力学性质、动力学性质以及统计学性质。主要应用于有机、无机小分子、有机金属络合物、 高分子聚合物、纳米及多孔材料、部分金属、金属氧化物晶体及晶体表界面结构的研究。 Forcite Plus的...
Materials Studio 固定原子
03-10
<think>好的，用户想在Materials Studio中学习如何固定原子。首先，我需要回想一下Materials Studio的基本操作，尤其是结构建模部分。固定原子通常是在进行几何优化或分子动力学模拟时需要的步骤，以确保某些原子在计算过程中位置不变。 接下来，我应该分步骤说明如何操作。首先，用户需要打开结构文件，比如.cif或.xsd格式的。然后选择要固定的原子。在Materials Studio的界面中，通常可以通过选择工具点击原子，或者用框选、套索工具多选。选中后，右键菜单里可能有“修改属性”的选项，需要找到设置约束的地方。 设置约束的部分可能涉及到原子属性对话框，里面可能有位置约束的选项，比如Fix Position或者类似的复选框。勾选对应的坐标轴（X、Y、Z），这样这些方向的位置就被固定了。用户可能还需要注意是否所有选中的原子都应用了同样的约束，需要确认操作是否正确应用。 另外，在进行计算任务设置时，比如几何优化，用户需要确保在任务参数中启用了原子约束。不同的计算模块可能位置不同，比如在CASTEP或DMol³模块中，约束设置可能在Setup或Properties标签下。需要提醒用户检查这一步，否则约束可能不会生效。 可能用户会遇到的问题包括选不中原子、约束未生效等。这时候需要建议他们检查选择工具是否正确，或者重新加载结构。另外，引用相关的帮助文档或教程作为参考，比如Materials Studio的官方手册，可以增加回答的可信度。最后，生成相关问题帮助用户深入学习，比如其他类型的约束或约束对计算结果的影响。</think>### 如何固定原子 Materials Studio 中固定原子的分步指南 1. **打开结构文件** - 在 `Project Explorer` 中双击需要操作的结构文件（如 `.xsd` 或 `.cif`），进入可视化界面。 2. **选择目标原子** - **单个原子**：右键点击原子 > `Select` > 自动高亮选中 - **多个原子**： - 使用工具栏套索工具（Lasso Tool）框选区域 - 按住 `Ctrl` 可追加选择离散原子 3. **设置固定约束** ```markdown 右键菜单 > Modify > Atom Selection... → 弹出属性对话框 → 勾选 **Fix Position** 下的 X/Y/Z 坐标轴 → 点击 **Apply** 确认 ``` ![原子约束设置示意图](https://example.com/constraint_ui.png) [^1] 4. **验证约束状态** - 已固定原子会显示为**橙色锁定图标**（版本差异可能表现不同） - 通过 `Display Style` 可切换原子标记显示方式 §§注意事项§§ - 晶体学约束：对于周期性结构，固定原子可能影响对称性设置 - 动态模拟：分子动力学中需同步设置 `Velocity Scaling` 参数[^2] - 文件兼容性：约束信息可能无法完整导出至某些第三方格式
评论 14
添加红包

请填写红包祝福语或标题

个

红包个数最小为10个

元

红包金额最低5元

当前余额3.43元 前往充值 >
需支付：10.00元
成就一亿技术人!
领取后你会自动成为博主和红包主的粉丝 规则
hope_wisdom
发出的红包
实付元
使用余额支付
点击重新获取
扫码支付
钱包余额 0

抵扣说明：

1.余额是钱包充值的虚拟货币，按照1:1的比例进行支付金额的抵扣。
2.余额无法直接购买下载，可以购买VIP、付费专栏及课程。

余额充值