Materials studio查看原子之间的距离和角度

最新推荐文章于 2022-09-08 16:30:27 发布
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分类专栏： Materials studio
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步骤：- view > toolbars > sketch :

在这里插入图片描述从而调出如下的工具栏：
在这里插入图片描述
点击图中下三角打开下拉框后 选择distance

在这里插入图片描述
点选任意2个原子 会显示二者距离(单位为埃)

在这里插入图片描述

同样的，测量角度则选择下拉框中Angle, 之后点击任意3个原子 会显示相应的角度:

在这里插入图片描述

Mr.tony_mouse
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专栏目录
Materials Studio建模——异质结的建立（2）
chenlanlan_10的博客
08-17 5521
本文转载于，微信公众号，VASP学习交流，将会持续更新 这里以ZnO(111)和MoS2（001）组成的异质结为例继续巩固异质结的建立过程 1. 分别从MS库导出ZnO和MoS2的结构 2. 切ZnO(001)面build——surface——cleave surface 建立真空层，这里15埃build——crystal——build vacuum slab 同样的方法得到MoS2(001) 3. 建立异质结，有两种方法，第一种是将框子摆正，复制一层到另一层，微小差别可以用moveme
Materials Studio软件常见问题与解决方案（一）
Allenkx的博客
05-06 2977
举个例子，我对MS 8.0的更新印象尤为深刻，MS 8.0彻底移除了低效、蹩脚的Discover模块，习惯于使用MS 6.0的人，会惊讶地发现MS 8.0中没有Discover模块了，那些关于Discover模块的教程，在MS 8.0中无法使用了（关于Discover模块的一些问题，诸如为什么被移除、跟Forcite的区别等等，后面我会再提到）。其二，测试条件、技术的限制，这种H原子的坐标信息缺失的情况，在年代较为久远的文献中，存在更普遍，原因之一就在于以前的仪器、技术条件没有现在发达、成熟。
Materials Studio教程
03-12
图文版MATERIALS STUDIO教程，包括分子模拟软件概述和模块 原理介绍及具体参数设置
【ASE+python】测量两个原子之间的距离(考虑周期性)
袁家瑜的博客
06-07 2293
在理论计算中，如果我们有一个结构，需要求解两个原子之间的距离，可以使用一些可视化程序进行手动测量。但是对于周期性结构，还需要考虑周期性边界的影响，确定测量出来的是最短距离。在此分享使用ASE(Atomic Simulation Environment)灵活地测量两个位置距离且考虑结构周期性的方法。可以参考本人之前记录的博客：【ASE+python】实现将poscar格式文件批量转换为xsd格式文件 使用ase.io中的read()函数，可以将结构信息读取为atoms object，结合ase.visuali
Materials Studio常见视图设置-01
qq_42168543的博客
04-30 2万+
最近修图需要用materials studio导出图片，发现对很多操作比较生疏，这里简单记录一下其中的常见的对视图的操作，如背景颜色，晶胞边界，晶格基矢的标签等 闲话不叙 目录设置背景颜色设置晶格边框设置是否显示晶格标签如何扩大晶胞而保持晶格内结构不变设置胞内结构的平移步长和旋转步长 设置背景颜色 设置背景颜色 右击 > display options >Backgrounds > solid color 效果： 可以看到背景色被调成了宝强绿 设置晶格边框 调整晶..
GetAtomCoords:用于检索 Materials Studio 文件中所有原子的坐标并随后计算分子描述符 R3m 的函数-matlab开发
05-29
此功能允许用户选择从Materials Studio导出的数据作为3D原子文件（.xsd文件格式），并计算每一帧中每个分子的R3m值。 然后将 R3m 值的分布绘制为直方图。 目标是确定由使用 Materials Studio 执行的分子​​动力学...
Materials_Studio_培训教程_materialsstudio_MS软件应用手册_分子动力学_
10-02
在分子动力学模拟中，Materials Studio能够模拟原子级别的动态行为，通过解决牛顿运动方程来预测和理解物质的性质。这一过程涉及到以下几个关键知识点： 1. **分子建模**：首先，用户需要构建或导入分子结构。...
创腾三维模型建立2016-Materials Studio软件教程_materialsstudio_
09-30
《创腾三维模型建立2016 - Materials Studio软件教程》是针对材料科学领域的一款重要教学资源，旨在帮助用户深入理解和掌握如何利用Materials Studio软件进行三维模型的构建和模拟分析。Materials Studio是一款由...
Materials Studio-VESTA教程v1.41
08-08
苯甲酰胺是一种有机化合物，其晶体结构可以通过 Materials Studio 进行模拟，分析其晶格参数和分子间相互作用。 **尿素晶体** 尿素是第一个被发现的有机结晶物质，其晶体结构复杂，包括氢键网络。在 Materials ...
Discovery Studio Visualizer简单操作
Obsidian_wz的博客
09-08 6539
Discovery Studio Visualizer简单操作 + PDB文本文件介绍
Material studio(MS）软件介绍及其应用的领域
weixin_44873868的博客
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模拟计算MS软件常见问题及解答（二）
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如何测出两个面之间的距离？演示异质结时候只是演示方法，具体的界面间距请参考文献或者优化后的数据。如果指的是COF搭建层间距如何确定，粗搭时候层间距选择3.5 A比较合理。
二维测量--轮廓间的距离
xd940940的博客
07-30 2980
对应示例程序： apply_distance_transform_xld.hdev 目标： 比较算子distance_contours_xld 和算子 apply_distance_transform_xld的区别 一般情况下，在求解轮廓之间的距离时，distance_contours_xld都适用。但是对于参考XLD轮廓保持不变，被多次使用时，算子apply_distance_transform...
Materials Studio打开后卡死的解决方法
qq_42168543的博客
04-30 1万+
前几天遇到一个问题 Materials Studio打开后就卡死了 这情况之前从未遇到 这里记录一下问题的解决 以下方法来源于网络: 1. 重装系统 额 如果不知道解决方案你可以不用答 不要提供这么搞笑的方法好么… A： 怎么消灭蚊子？ B： AK47 A: … … 2. 第二种方法 搜索框键入 语言 > 进入语言设置后点击图中选项按钮 > 微软拼音-选项 > 常规 > 开启兼容性 使用第二种方法 完美解决 原因就是..
基于MS的forcite模块模拟水分子在云母表面吸附行为
weixin_44873868的博客
04-12 6878
Forcite Plus 是一款分子力学和分子动力学模拟程序。它可以对分子、表面或三维周期性材料体系进行快速的能量计算、几何优化以及各种热力学条件下的动力学模拟研究，可以分析材料体系的各种结构参数、热力学性质、力学性质、动力学性质以及统计学性质。主要应用于有机、无机小分子、有机金属络合物、 高分子聚合物、纳米及多孔材料、部分金属、金属氧化物晶体及晶体表界面结构的研究。 Forcite Plus的...
Spring缓存报错Cannot find cache named xxx 的解决方法
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12-04 2万+
今天想给之前练手的项目加一个缓存，但是控制台报错 : Cannot find cache named … 于是在网上搜索解决方案，可惜没看到比较完整的解决方案 以下是自己手动试错得出的正确解决方案 首先在启动类上加上 @EnableCaching 注解，在希望缓存其结果的方法上加上 @Cacheable 注解，e.g. @Cacheable(value = "test", key = "#killId") 其中value是缓存名称，key是缓存的键，这里都知道，不赘述。 @Cacheable(valu.
材料设计Materials Studio教程(简易课程)
懒散的鱼与消失的猫
05-17 1万+
Materials Studio 各种学习资源：
怎么利用materials studio查看吸附界面表层原子的Mulliken值
最新发布
05-24
要查看Materials Studio中吸附界面表层原子的Mulliken值，可以按照以下步骤进行操作： 1. 打开Materials Studio软件并加载您的模拟系统。 2. 打开“Results”面板，并选择“Analysis”选项卡。 3. 在“Analysis”选项卡中，选择“Charge Analysis”选项。 4. 在“Charge Analysis”选项下，选择“Mulliken Charges”选项。 5. 在弹出的窗口中，选择您要分析的原子集合。如果您只想查看表面原子的Mulliken值，则可以选择表面原子集合。 6. 在“Mulliken Charges”选项卡下，您可以看到所选原子集合中每个原子的Mulliken值。 请注意，在进行Mulliken电荷计算之前，您需要根据您的选择进行一些设置，例如电荷分析方法和基础集合。
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