Linux
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一个人旅行*-*
不想当医生的程序员不是个好厨子
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两台服务器间进行文件传输
两台服务器之间进行文件传输通常可以使用SCP(Secure Copy Protocol)或rsync命令。这两种方法都是在UNIX和Linux系统上常用的工具,用于安全地复制文件和目录。以下是使用这两种方法的示例:方法1:使用SCPSCP是一种在两台服务器之间安全地复制文件的方法。你可以使用scp命令来实现这一目标。以下是一个示例:# 从本地服务器复制文件到远程服务器这里的参数解释如下/path/to/local/file.txt 是本地服务器上的文件路径。原创 2023-09-20 14:47:43 · 5355 阅读 · 0 评论 -
Ubuntu 16.04安装RStudio server
该种情况通常是因为RStudio server更新版本不再适用于Ubuntu16.04,需下载安装旧版本的RStudio server.原创 2023-01-07 19:42:19 · 886 阅读 · 1 评论 -
在Ubuntu 16.04中安装RStudio Server
/lib/x86_64-linux-gnu/libc.so.6: version `GLIBC_2.25' not found原创 2022-08-30 17:20:09 · 884 阅读 · 0 评论 -
Linux修改文件列名
在服务器远程操作中,通常会有修改列名的情况,手动操作比较繁琐,可使用sed函数修改列名如想修改文件夹中的taxonomy.tsv文件夹列名并导出为biom-taxonomy.tsv文件,可使用以下函数sed '1{ s/Feature ID/#OTUID/; s/Taxon/taxonomy/;s/Confidence/confidence/}' exported/taxonomy.tsv > biom-taxonomy.tsv1为指定第一行文件名已修改完成refere..原创 2021-12-02 15:08:56 · 1824 阅读 · 0 评论 -
linux向文件追加行并求和
使用awk函数,-F用逗号分隔,"\t"换行awk -F "\t" '{sum += $[列数]};END {print sum}' filename >[输出文件]$后面为列数,>后面为输出文件名,“>”符号为输出文件,“>>”为追加例如,将table文件夹下的table.txt文件第2-5列求和并输出到sum文件awk -F "\t" '{sum += $2};END {print sum}' table/table.txt >sumawk -F原创 2021-12-02 14:47:41 · 1487 阅读 · 0 评论 -
SRA到fastq格式的批量转换
生物信息分析人员一般会接触到从NCBI等网站下载的SRA数据,之前也介绍了下载SRA数据的几种方式。下面,我就简单介绍一下如何将下载的sra格式数据转换成为常用的fastq等格式。1、fastq-dump命令sratoolkit的下载,该部分详见上一篇文章(SRA数据库及linux本地下载)单端测序:fastq-dump SRR14306907.sra -O ./ (结果生成:SRR14306907.fastq)fastq-dump --fasta SRR14306907.sra -O原创 2021-08-31 15:23:53 · 17231 阅读 · 2 评论 -
SRA数据库及linux本地下载
一、SRA数据库SRA(Sequence ReadArchive)数据库是用于存储二代测序的原始数据,包括 454,Illumina,SOLiD,IonTorrent,Helicos 和 CompleteGenomics。除了原始序列数据外,SRA现在也存在raw reads在参考基因的比对信息。根据SRA数据产生的特点,将SRA数据分为四类: Studies-- 研究课题 Experiments-- 实验设计 Runs-- 测序结果集 Samples-- 样品信原创 2021-08-26 21:06:00 · 7934 阅读 · 2 评论 -
csvtk安装
# Download, the size is 7.46Mwget https://github.com/shenwei356/csvtk/releases/download/v0.19.1/csvtk_linux_amd64.tar.gz # 16M after decompressiontar xvzf csvtk_linux_amd64.tar.gz # Add environment variables for your own use, Ubuntu defaults ~/bin ...原创 2021-08-20 11:17:55 · 1109 阅读 · 0 评论 -
linux top命令详解与输出结果说明
top命令是Linux下常用的性能分析工具,能够实时显示系统中各个进程的资源占用状况,常用于服务端性能分析。top命令说明 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 [www.jb51.net@jb51 ~]$ top top - 16:07:37 up 241 days, 20:11, 1 user, load average: 0.96, 1.13转载 2021-06-26 13:49:26 · 2978 阅读 · 0 评论 -
ubuntu16.04中安装R3.6
Ubuntu16.04自带的R版本是3.4,但由于一些包仅在新版本中可以使用,因此需要安装最新版本的Rsudo add-apt-repository 'deb https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu xenial-cran35/'sudo apt-key adv --keyserver keyserver.ubuntu.com --recv-keys E084DAB9sudo apt updatesudo apt install r-base-.原创 2020-12-18 16:42:15 · 1565 阅读 · 2 评论 -
将目录下所有文件名字列出并导出为txt文件
阅读目录Windows下 Ubuntu下回到目录Windows下使用如下的DOS命令来实现:dir /s /b > lists.txt可以将当前路径下的所有文件的“文件路径+文件名”存储在lists.txt中。其中,/s表示的是“列出完整路径”选项,如果命令行是如下形式:dir /b > lists.txt那么,lists.txt文件中只会记录当前目录中所有文件的文件名信息。Ubuntu下find <target_path> .转载 2020-11-11 09:40:19 · 7311 阅读 · 0 评论 -
Linux命令screen
来源:宏基因组公众号Screen基础Screen是一款由GNU计划开发的用于命令行终端切换的自由软件。用户可以通过该软件同时连接多个本地或远程的命令行会话,并在其间自由切换。GNU Screen可以看作是窗口管理器的命令行界面版本。它提供了统一的管理多个会话的界面和相应的功能。创建一个新的窗口一般Linux默认安装,直接敲命令screen就可以启动它。但是这样启动的screen会话没有名字,实践中推荐为每个screen会话取一个名字,方便管理:# 创建一个名为adam的新终端scre转载 2020-06-28 22:11:35 · 183 阅读 · 0 评论 -
screen基本用法
screen是一个可以在多个进程之间多路复用一个物理终端的窗口管理器。简单来说就是模拟了一个不断线的终端,程序运行在screen窗口中,不管断电、断网什么条件,都会继续运行。screen -S session_name ###创建窗口(base) xuyang@njycds-07:~$ screen -ls (查看所有窗口)There are screens on: 14835.256_2 (2020年07月11日 15时28分04秒) (Attached) 14732.256_1 (20原创 2020-07-11 21:29:32 · 1601 阅读 · 3 评论