数据库
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一个人旅行*-*
不想当医生的程序员不是个好厨子
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Ubuntu安装mwget
系统准备安装或更新组件:sudo apt install build-essentialsudo apt upgrade intltoolsudo apt install libssl-dev获取安装包(方案一,安装成功)wget http://jaist.dl.sourceforge.net/project/kmphpfm/mwget/0.1/mwget_0.1.0.orig.tar.bz2tar -xjvf mwget_0.1.0.orig.tar.bz2cd mwget_转载 2021-12-14 15:12:05 · 2299 阅读 · 2 评论 -
NHANES数据库的介绍及使用(二)
前一篇介绍了NHANES数据库的加权及数据的下载NHANSE数据库的介绍及使用(一)_Christina-CSDN博客,这一篇主要介绍数据库如何导入软件进行下一步计算合并。例一:以NHANSE数据库的文章为例(Brody DJ, Pratt LA, Hughes J. Prevalence of depression among adults aged 20 and over: United States, 2013-2016. NCHS Data Brief, no 303. Hyattsvill原创 2021-11-12 22:27:02 · 17262 阅读 · 45 评论 -
NHANES数据库的介绍及使用(一)
一、数据库概况NHANES(National Health and Nutrition Examination Survey)是一项旨在评估美国成人和儿童健康和营养状况的研究计划,计划始于20世纪60年代初期,是一项针对不同人群或健康主题的调查。1999年该调查成为一项持续计划,涉及各种健康和营养测量,项目每年调查一个全国代表性的样本,约5000人,这些人群位于全国各县,每年对其中15个县进行访问。NHANES访谈部分包括人口统计学、社会经济学、饮食和健康相关问题。体检部分包括生理测量、实验室检查等原创 2021-11-12 22:00:43 · 32590 阅读 · 14 评论 -
SRA数据库及linux本地下载
一、SRA数据库SRA(Sequence ReadArchive)数据库是用于存储二代测序的原始数据,包括 454,Illumina,SOLiD,IonTorrent,Helicos 和 CompleteGenomics。除了原始序列数据外,SRA现在也存在raw reads在参考基因的比对信息。根据SRA数据产生的特点,将SRA数据分为四类: Studies-- 研究课题 Experiments-- 实验设计 Runs-- 测序结果集 Samples-- 样品信原创 2021-08-26 21:06:00 · 6400 阅读 · 2 评论 -
nhanesA包的介绍及使用
Introducing nhanesAChristopher J. Endres2021-01-30BackgroundnhanesA was developed to enable fully customizable retrieval of data from the National Health and Nutrition Examination Survey (NHANES). The survey is conducted by the National Center for翻译 2021-08-14 22:34:35 · 6850 阅读 · 9 评论 -
逆概率加权法(Inverse Probability Weighting, IPW)的原理及R实现
逆概率加权(IPW)是一种用于解释由于非随机选择观测值或人群信息的非随机缺失而造成的缺失和选择偏差的方法。原理:这种方法可以通过对观察值的加权来修正分析,使其具有被选中的概率。IPW是基于这样一个假设,即整个研究人群都有可以预测纳入概率(非遗漏)的个体信息,因此,在考虑到这些信息后,我们可以仅从非遗漏的观察值开始对整个目标人群进行推断。计算的程序如下:首先,我们考虑整个研究人群,用逻辑回归模型计算非失访信息的概率,其中响应是非失访,协变量是其可能的预测因素。每个受试者的权重是由预测概率的倒数给出的。然后使用原创 2021-08-14 22:12:22 · 42750 阅读 · 5 评论 -
iNetModels 2.0多组学整合网站的使用
揭示各种omics数据之间的关联对于全面了解 在人类健康和疾病中改变的生物过程和疾病的改变至关重要。到目前为止,很少有研究集中在单一数据库中收集和展示多组学关联 。在此,我们提出了iNetModels。一个交互式数据库和可视化平台多组学生物网络(MOBNs)的互动数据库和可视化平台。该平台描述了临床生化、人体测量参数、血浆蛋白组学和血浆代谢组学之间的关联,以及从同一个人身上获得的口腔和肠道微生物组的宏基因组学数据。此外,iNet-Models包括组织和癌症特定的基因共表达网络(GCNs),用于探索特定基因之原创 2021-07-27 20:44:25 · 350 阅读 · 0 评论 -
快速了解KEGG
我们有时候很关心基因所在的pathway、上下调控以及一堆基因富集到的pathway,再或者同源基因等信息,KEGG数据库也算是目前(注释)常用的明星数据库KEGG:京都基因和基因组百科全书:KEGG项目于1995年5月在日本教育,科学,体育和文化部的人类基因组计划下启动(2)[计算资源由京都大学化学研究所超级计算机实验室提供。]。KEGG和相关软件工具中的所有数据都作为日本GenomeNet服务的一部分提供(3)。KEGG由三个数据库组成:用于表示相互作用分子网络的高阶函数的pathway,用于收.转载 2020-08-07 22:43:32 · 2544 阅读 · 0 评论