Linux基础测试

• 说明
  请在实验楼平台注册账号，进入其虚拟Linux环境，完成以下测试题目，并将代码和结果拷贝或者截屏出来

1.基本命令类型

• 1.1 一次性创建名为Sample1.txt到Sample100.txt的100个文件，将所有文件权限修改为755
• 1.2 查看服务器磁盘大小，并计算总的大小和平均大小
• 1.3 使用find命令找到家目录下文件大小大于1kb的文件
• 1.4 如下两个文件，请在table.txt中找到存在于id.txt的第一列中的所有行

id.txt
a 1
b 2
c
1 4
2 3
3

table.txt
a 1 2
b 3 4
3 w e
7 w 1

2.循环语句类型

• 2.1 使用for循环实现上述1.1要求
• 2.2 使用while循环实现上述1.1要求

3.判断语句及脚本参数类型

• 3.1 编写一个脚本，接受1个或2个参数（任意内容），使用if判断，若参数少于1个则中断并给报错信息，若只有1个参数，则第二个参数默认为test字符串

4.函数类型

• 4.1 写一个脚本的帮助文档函数，当用户使用-h或者--help参数的时候，提示帮助信息（软件帮助信息可自由发挥）
• 4.2 写一个log日志计时函数，要求调用此函数时，输出当前时间和当前的脚本运行到的步骤（例如某些提示信息、当前命令）

5.批量脚本

在某目录下创建Sample1_1.fq.gz、Sample1_2.fq.gz…Sample100_1.fq.gz、Sample100_2.fq.gz，并在此基础下，编写一个批量进行序列质控和序列组装的脚本（打印出来即可），对所有fq.gz文件进行一步处理
提示：
系列质控和组装的命令如下：

# 序列质控
trim_galore --paired --quality 30 --length 100 --max_n 5         -a AAGTCGGAGGCCAAGCGGTCTTAGGAAGACAA -a2 AAGTCGGATCGTAGCCATGTCGTTCTGTGAGCCAAGGAGTTG  --fastqc         -o Trimgalore Sample1_1.fq.gz Sample1_2.fq.gz &>Trimgalore/Sample1_trim.log
# 假设上一步输出文件为Sample1_trim_1.fq.gz和Sample1_trim_2.fq.gz，请自行创建
# 序列组装
bowtie2 -x Human38_genome_bt2 -1 Trimgalore/Sample1_trim_1.fq.gz -2 Trimgalore /Sample1_trim_2.fq.gz -p 10 1>/dev/null 2>Trimgalore/Sample1_mapping.log

参考

兄弟连Linux基础
自己的