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Neptuneyut的博客

生物信息、机器学习、人工智能神马的都不会

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原创 随手“一片”SCI,Qiime2扩增子处理流程确定不了解一下?
原力计划

文章目录conda安装qiime2导入数据制作Manifest和Metadata表Import数据查看原始数据质量DADA2去噪、去嵌合体和生成OTU构建进化树绘制稀释曲线计算物种多样性物种组成分析基于sklearn方法基于blast和vsarch方法qiime2其他常用操作导出制表符分割的特征表折叠物种分类单元按样本筛选特征表参考作者:余涛email:yutao@im.ac.cn中国科学院...

2020-03-09 15:51:22 1863

原创 傻白甜的Python参数包argparse

文章目录简介使用简单示例位置参数和可选参数add_argument()方法参数简介对于一个完整的程序而言,传入参数是其必不可少的一部分,然而通过Python的基础语法来传入和解析参数实在是比较麻烦的事儿,能不能通过一种简单方法搞定参数呢?浑身肌肉的Python早已为你造好了轮子,这就是Python内置的用于解析参数的包argparse。argparse的便捷在于直接基于调用对象的方法添加和解析...

2020-01-04 00:01:00 89

原创 查询宇宙生命的家谱--TaxonKit工具详解

文章目录遇到的问题taxonkit 概述taxonkit安装安装下载依赖数据taonkit使用1)列出给定taxonomy id的子分类树2)从taxid获取完整谱系3)重新构造谱系的格式4)通过物种拉丁名查询taxid:name2taxid回到问题一个也不能少参考作者:余涛email:yutao@big.ac.cn中国科学院大学遇到的问题在做宏基因组分析时,通过基因注释得到一个包含10...

2019-06-18 15:07:12 1189

原创 Linux基础测试

文章目录1.基本命令类型2.循环语句类型3.判断语句及脚本参数类型4.函数类型5.批量脚本参考说明请在实验楼平台注册账号,进入其虚拟Linux环境,完成以下测试题目,并将代码和结果拷贝或者截屏出来1.基本命令类型1.1 一次性创建名为Sample1.txt到Sample100.txt的100个文件,将所有文件权限修改为7551.2 查看服务器磁盘大小,并计算总的大小和平均大小1.3 使用find命令找到家目录下文件大小大于1kb的文件1.4 如下两个文件,请在table.txt中找到存在

2020-10-30 14:49:56 46

原创 手把手教学差异表达基因分析

文章目录引言安装并导入DESeq2包数据要求制作dds对象,进行差异分析筛选差异基因完整代码引言对于组学分析来说,常常会寻找组间的差异,例如差异基因(转录组)、差异菌(宏基因组)以及差异通路(宏基因组),而转录组分析上最为经典的DESeq2包对于以上分析也都适用DESeq最早在2010年发表在Genome Biology上,2014年上更新版本DESeq2。DESeq2是基于负二项广义线性模型估算样本间基因差异表达概率,既适于有生物学重复的也适于没有生物学重复的样本,同时除了在转录组学,在宏基因组上使

2020-09-19 23:18:00 552

原创 生物学重复好不好--看看样本相关性

文章目录引言数据计算相关系数映射相关系数到热图完整代码引言生物学实验中,常常需要设置重复,例如技术重复、生物学重复,以此确保不是个体的偶然变异对结果产生影响。以转录组数据为例,一般会设置3-5个生物学重复,如何确认生物学重复的效果好坏呢,方法有很多,可以计算两两样本之间的相关性,可以进行样本的PCA分析,或者绘制聚类热图,这里首先介绍样本相关性方法。我们将在R,使用Rstudio进行计算绘图。数据转录组数据分析完成以后,我们会拿到基因表达矩阵,格式如下,行为基因,列为样本(也可以是行为样本,列为基

2020-09-19 22:03:55 253

原创 conda.c~是个什么鬼,我的conda呢

文章目录conda不见了,惊出我一身冷汗找回condaconda不见了,惊出我一身冷汗日常通过conda安装一个软件时,下载包后进入transaction阶段,在未完成时终端mobaxterm意外退出,当再次登上服务器时,发现conda命令找不到了。头一次遇到这种问题,以为是环境变量出问题,遂去conda安装目录下查看,发现找不到conda和activate可执行文件了,而只看到conda.c~和conda-enc.c~,尝试执行报错,conda去哪儿了呢?这个安装过程的意外break直接把cond

2020-08-11 22:50:32 49

原创 CentOS 7 MySQL安装和简单使用

文章目录MySQL在CentOS 7不香了升级系统安装MySQL增强MySQL简单使用参考MySQL在CentOS 7不香了自CentOS 7开始,就不再使用MySQL作为默认数据库而是转向MariaDB,MariaDB大部分源自MySQL6.0,据说其性能要优于MySQL。且不管新欢MariaDB香不香,如果你就喜欢旧爱MySQL,要在CentOS 7安装它即可参照下文。另外,本文针对非root用户,但是需要在sudoer列表中,即拥有sudo权限。升级系统查看一下系统版本,至少要确定自己的确

2020-07-01 18:16:41 96

原创 Django-0-快速搭建个人网站

文章目录为什么用Django不得不说的网页框架模型MVCMTVDjango流程Django项目结构步骤参考为什么用Django如果你目前面对以下情况:时间紧、任务重,要求快速开发一个比较全面的网站不会java,只会python了解一些前端html/css/javascript知识,但是从未真正意义实现过一个网站那么恭喜你,Django为你量身打造Django将功能进行封装,简化调用框架划分成模块,结构清晰,便于管理不得不说的网页框架模型MVC大名鼎鼎的Spring boot采用的是

2020-06-04 23:02:55 118

原创 css基础-9-定位

文章目录为什么需要定位如何定位相对定位绝对定位固定定位粘性定位叠放次序参考为什么需要定位网页中需要设置某些元素的位置,使得出现在特定位置,例如小米官网右侧的列表窗口,随着下拉页面始终固定在页面中如何定位position开启不同定位方式定位效果:定位模式 + 边偏移定位模式值描述absolute绝对定位,相对其带有定位的最近父元素定位relative相对定位,相对自己原来位置定位,不脱标准流,保留原来位置空间fixed固定定位,相对浏览器可视窗口定位

2020-06-01 02:18:52 105

原创 css基础-番外-开发架构

文章目录开发步骤项目结构网页布局思路样式书写规范参考开发步骤实际项目开发时,首先需要由美工规划、设计好网页的1:1样张,一般会通过PS将相应的样式、属性保存到.psd文件中随后,前端开发者才能根据样张进行代码编写项目结构在复杂的项目开发时一定要严格遵循结构与样式分离的原则,html结构、css样式和javascript要文件存储,使得结构清晰,维护方便常见的项目代码结构:demo_project:整个前端项目代码index.html:主页html代码style.css:样式表im

2020-06-01 00:09:24 90

原创 css基础-8-浮动

文章目录为什么需要浮动如何浮动起来浮动特性实际使用方式清除浮动参考为什么需要浮动目前对块元素的布局基本是文档流(默认的块元素垂直布局,行内元素水平布局)默认的垂直方向的排列方式,虽然可以通过display:inline-block将块元素水平布局,但是有一些限制,因此最好使用浮动浮动让网页脱离文档流,原来的位置空出来如何浮动起来folat:浮动元素值描述none不浮动(默认)left靠左浮动right靠右浮动<!DOCTYPE html&

2020-05-31 23:02:01 65

原创 css基础-7-圆角边框、盒子阴影和文字阴影

文章目录圆角边框盒子阴影文字阴影参考圆角边框CSS3中新增圆角边框可以设置带有弧度的形状border-radius设置圆角边框,值为数值或者元素宽高百分比,需正方形设置方式border-radius: 左上 右上 右下 左下:四个值从左上顺时针设置四角的弧度border-radius: 左上/右下 右上/左下:两个值设置效果border-top-left-radius/border-top-right-radius/border-bottom-left-radius/border-bott

2020-05-31 19:12:09 173

原创 css基础-6-盒子模型

概述网页布局的本质实际上包括三步:1.创建不同的元素(盒子)2.利用css设置盒子的样式3.向盒子里填充不同的内容因此,想要学会网页布局,首先要了解盒子模型(box model:盒子模型通常包括以下内容:内容:盒子里真正放置的主体边框border:围绕内容的边内边距padding:内容到边框之间的距离外边距margin:盒子与盒子之间的距离边框常用属性:属性设置内容值border-width边框粗细像素border-style边框线型s

2020-05-31 16:54:01 130

原创 MySQL基础-1-概述和安装

为什么需要数据库程序中的列表、字典等容器可以存储数据,或者保存成文件也可以存储数据,为何需要数据库呢?仔细想来,二者都有缺点,程序中的容器是将数据保存在内存中的,断电就会丢失,将数据保存成文件写到磁盘虽然克服了前者的缺点,但是对于稍大的、复杂的数据的管理就显得困难了,这个时候数据库就派上用场了:数据库(database)使得文件持久化,确保了数据的安全性数据库管理系统(database management system,DBMS)使得数据有条理的组织,便于增删查改总结说,数据库不仅永久的保存了数

2020-05-28 01:50:56 75

原创 JS基础-4-函数、变量作用域和异常处理

文章目录定义和调用函数全局变量和局部变量定义和调用函数定义函数:function 函数名(参数){执行语句; return 结果;},return返回函数结果大小写敏感,函数名大小写不一样调用函数:可在script中使用函数名()直接调用,或者在css中将函数传递给某些属性的值函数可以使用多个参数,每个参数可以设置默认值// 函数 // 1.定义函数:function 函数名(参数){执行语句; return 结果;},大小写敏感 function sum(m

2020-05-27 01:15:19 52

原创 JS基础-3-控制语句

文章目录if判断语句switch选择语句循环语句for循环while和do-whilebreak和continue当年为了蹭Java的热度JS取名叫JavaScript,其实和Java关系真的不大,不过类似控制语句的语法还是和Java颇有相似,所以有Java基础的学起来会顺手很多if判断语句语法if (条件1){ 执行语句;} else if(条件2){ 执行语句;} else if(条件...){ 执行语句;} else{ 执行语句;};示例:<script>

2020-05-27 00:29:29 34

原创 JS基础-2-数据类型、运算符

文章目录数据类型和变量运算符算术运算比较运算逻辑运算条件运算数据类型和变量js数据类型包括:1.字符串(String):单双引号'/"中的内容,例如:‘a’,“javascript”2.数字(Number): 1,0.3333.布尔值(Boolean):true/false4.数组(Array):索引自0开始5.空值(null):可以通过赋值为null清除变量6.对象(Object)7.未定义(undefinded):变量不存在时调用变量则属于此类声明变量:通过var 变量名 = 值

2020-05-26 23:18:49 55

原创 JS基础-1-JavaScript概述、实现

文章目录JavaScript概述JS实现方式标志符和注释JavaScript概述JavaScript(JS)是一门轻量级的HTML网页脚本语言,可以直接嵌入到网页源码中,从而在任意浏览器均可执行。JS到底可以做什么呢,没有什么比下面这个图的比喻更贴切了,html负责搭建类似鹦鹉的骨架,css负责美化,而JS则让我们的鹦鹉可以凭空翱翔。具体的说,JS让网页在例如鼠标移动、点击等触发动作时发生一系列响应,实现一个动态效果JS实现方式同css类似,JS的实现方法也有三种,分别是行内(内联试)书写、h

2020-05-26 21:22:03 90

原创 css基础-5-背景、精灵图和字体图标

文章目录背景背景背景常用来设置一些小的logo、精灵图或者一些超大的图片背景,背景的优点在于可以通过设置位置来实现精确定位属性作用值background-color背景颜色默认transparentbackground-image背景图片url(背景图片)background-size大小width,height,写一个保持比例background-repeat重复repeat,no-repeat,repeat-x,repeat-ybac

2020-05-21 23:35:30 122

原创 css基础-4-css元素显示方式和三大特性

文章目录块元素行内元素行内块元素元素模式的转换在网页布局的时候,需要用到各种各样的布局方式,有的希望成块,有的希望成行,有的希望兼具二者的特点,这就用到css元素的不同显示方式:块元素、行内元素和行内块元素块元素诸如div,h1-h6,p,ul和li等元素就是典型的块元素,其特点是:独占一行可以设置宽、高以及不同的边距若不设宽度则默认是父元素的宽度块元素本身是一个容器,里面可以放置块和行内元素文字类的块元素中不要放块元素,例如在p和h1-h6中不要放置其他块元素行内元素诸如span,

2020-05-21 21:32:17 93

原创 css基础-3-文本样式

文章目录字体文本字体字体作为网页最常用元素,可以使用font设置字体大小、粗细、类型等等,总结常用样式设置如下:属性设置类型注意font-size字体大小单位常用pxfont-family字体族字体风格视开发需求而定font-weight字体粗细normal/400正常,bold/700加粗,数字没有单位font-style字体样式normal正常,italic倾斜font字体符合属性有顺序;font-size和font-family必

2020-05-21 14:58:51 70

原创 web前端-番外-vscode和emmet语法

文章目录vscode常用插件中文插件网页运行标签自动更正Emmet常用语法快速生成html结构快速生成css样式快速格式化代码参考所谓“工欲善其事,必先利其器”,想要快速高效的完成开发,必须要借助一些开发工具,毕竟“搬砖”我们也是专业的!这里推荐一个不仅用于web前端开发也可以用于其他编程语言的“神器”–vscode。vscode优点:跨平台丰富插件支持多种编程语言支持Emmet语法,高效书写代码vscode常用插件安装不表,下面介绍几个web前端开发常用插件中文插件Chinese

2020-05-20 19:19:18 144

原创 css基础-2-选择器

文章目录css实现效果的步骤标签选择器类选择器id选择器霸道通配符选择器总结css实现效果的步骤css的目的在于基于已有的html结构框架,对其进行美化渲染,想要实现这个目的,步骤其实非常简单:1.选择器:想要对哪些结构进行美化(一个或者多个)2.属性设置:具体进行怎样的设置(长/宽,字体,颜色等等)因此,首先来看有哪些选择器标签选择器所有的html结构标签都可以被选择,例如body,h1,p,div,span等等优点是可以将所有对应名称的标签快速选择出来,为其进行统一设置缺点则是无

2020-05-20 14:11:11 47

原创 html基础-5-表单

文章目录什么是表单表单控件inputselecttextarea表单好基友什么是表单表单是一个结构更复杂,功能更强大的表格,常见的如去银行申请开户填的单子、顾客满意度表、婚介所注册信息等等。form定义表单域,实现用户信息的收集和传递form会把范围内的信息提交给服务器,便于后端分析反馈<form action='url 地址' method=提交方式(get/post)name='表单名称'> 不同的表单元素(控件)</form>表单控件在表单域form

2020-05-20 00:41:38 122

原创 html基础-4-表格及单元格合并

文章目录表格完整的表格合并单元格表格table:定义一个表格tr(table row):表格的行td(table data):表格的单元格,类似列因此,想要几行就写几个tr,想要每行中有几个单元格就写几个td,例如2行3列的表格<table> <tr> <td>姓名</td> <td>年龄</td> <td>技能</td

2020-05-19 23:15:01 146

原创 B站400万播放量的Java教程都讲了什么-学习笔记06-if条件判断和用户输入

文章目录条件判断天气示例错误示例键盘输入参考条件判断if条件判断有以下形式:// 1.ifif(布尔表达式){ 执行语句1; 执行语句2; 执行语句3; ... }// 2.if elseif(布尔表达式){ 条件语句; }else{ 条件语句2; }// 3.else ifif(布尔表达式1){ 执行语句块1; }else if(布尔表达式2){ 执行语句块2; }else if(布

2020-05-13 23:47:49 105

原创 B站400万播放量的Java教程都讲了什么-学习笔记05-运算符

文章目录运算符概述算数运算符关系运算符逻辑运算符赋值运算符字符串拼接条件运算符参考运算符概述运算符种类如下表,以下将分别介绍相应类型的知识算数运算符二元运算基本同数学运算符性质,注意/是求商,%是求余(取模)++/--自增/自减是分别加1/减1,在变量前后都可以,但是有所区别,以++为例,若在变量后,是先赋值在加1,可以理解为++在后的运算优先级要低于赋值操作=;若在变量前,是先加1再赋值,可以理解为++在前的运算优先级要高于赋值操作=关系运算符关系运算符两边是boolean类型关系

2020-05-12 23:42:11 67

原创 B站400万播放量的Java教程都讲了什么-学习笔记04-数据类型

文章目录8种类型概述8种数据类型占用内存空间字符型整数型浮点型布尔型类型转换规则参考8种类型概述整型byteshortintlong浮点型floatdouble布尔型boolean字符型char8种数据类型占用内存空间现代计算机通过集成电路的电信号控制开关,只能识别0/1,例如0101000…,十进制 0 1 2 3二进制 0 1 10 11而bit是计算机可以识别的最小单位,表示二进制的0/1,有如下的换算关系:1Byte(字节)=

2020-05-11 23:28:00 60

原创 css基础-1-三种设置方式

文章目录css概述css设置方法1.内部样式2.外部样式(推荐)3.内联式(不推荐)css概述HTML决定了网页中包含的元素和结构,类比于人体骨架,接下来就要通过CSS为网页‘骨架’填充‘肌肉’,使得网页更为结实美观。CSS(Cascading Style Sheets),层叠式样式表,根据网页的层叠式结构,CSS可以为每层结构分别设置不同的样式。目前常用版本为CSS3和HTML5css设置方法1.内部样式内部样式,将样式设置写在head中的style中,通过设置选择器 声明块元素{数值

2020-05-08 23:18:35 64

原创 html基础-4-超链接、图片、内联框架和音视频

文章目录超链接图片标签内联框架音频标签视频标签参考超链接a:超链接标签,例如<a href="https://www.baidu.com">超链接</a>超链接是用于从一个页面跳转到另外的页面,包括跳到外部网站页面和自定义页面通过a标签定义,href(Hypertext Reference缩写)中指定跳转地址,指定内部页面时可以引用绝对路径也可以是相对路径,相对路...

2020-05-06 23:24:31 332

原创 html基础-3-语义化标签、块和行内元素

文章目录语义化标签块和行内元素语义化标签html思想是通过不同标签的语义反映对应的功能,因此存在很多语义化标签,这里我们重点关注标签语义而不是样式,html负责结构,css负责样式,呈现的样式可以通过css随意更改h1-h6:标题标签标题一共6个级别,一级标题最重要,仅次于title,是搜索引擎主要解析的内容,一般1-3级比较常用,4-6级使用较少标题h1-h6和段落标签p都属于块元素...

2020-05-06 21:22:26 203

原创 html基础-2-文档类型、字符编码和标签属性

文章目录文档类型字符编码特殊字符(实体)meta标签标签属性参考文档类型由于html在更新迭代,例如HTML4,HTML5等,因此我们在写网页的时候需要指定文档类型用来告诉浏览器你是用的哪个版本的语法,便于浏览器正确解析源码指定文档类型为html5:<!doctype html>,<!Doctype HTML>均可文档类型应该放在<html>之前字...

2020-05-06 16:06:53 91

原创 html基础-1-树形标签结构

文章目录html概述语法要素文档类型、字符编码和属性转义字符meta标签总体回顾参考html概述html的特征是基于标签识别渲染源码,更确切的说是标签树,都是从html这个根标签写起,其下常包括head和body两个处于同一级别的子标签,分别负责浏览器头部(可暂时理解为网址框)以及网页主体的设置。<html><!--注释--> <head>...

2020-05-05 22:58:35 722

原创 web前端概述

文章目录web前端是什么?服务部署模式为什么需要W3C前端三驾马车web前端是什么?互联网时代,大家一定听过web开发,有心的人或许还知道web开发包括web前端和web后端开发,二者的区别感兴趣的可以看web前端和后端的区别,但是这里的web前端简单的说就是如何写出一个适应于不同浏览器的页面,想想我们在google是如何浏览网页的,所有的这些效果都都应当通过web前端实现。首先,我们需要了...

2020-05-05 22:16:51 125

原创 Python序列对象特点

文章目录序列对象切片内置函数算数运算序列对象字符串(str)列表(list)元组(tuple)字典(dict)序列对象都是一系列的数据组成的集合,它们有很多共同的特点和操作方法切片字符串、列表、元组都是有序序列类型,因此都可切片取出任意子串;而字典无序无法按照固定索引切片。类型示例结果字符串‘abc’.[1:3]‘bc’列表[‘a’,‘b’,...

2020-04-27 22:34:34 323

原创 Python序列类型-字符串

文章目录什么是字符串字符串切片字符串方法1.判断类型2.大小写转换3.查找替换4.去除空白5.拆分/连接6.文本对齐什么是字符串字符串是由'和"包裹起来的任意文本,按照其他语言的习惯推荐使用"。单引号可以在文本本身包括双引号的时候使用,例如:print('吉多.范罗苏姆外号“龟叔”')字符串切片字符串作为序列类型,可以截取序列中任意长度的子串,当然索引也是从0开始。语法: 序列[开始:结...

2020-04-27 11:30:41 181

原创 Python序列类型-字典

文章目录什么是字典字典的特点字典的常用方法遍历字典什么是字典正如其名,Python中的字典类似于我们使用的新华字典或者某些英语词典,我们可以通过检索一个名称就能找到对应的值。my_dic = {'大娃':'力大无穷', '二娃':'喷火', '三娃':'喷水' } #使用{}定义字典,键值用:分开,键值对之间,分开 #为了美观和便于查看键值对在一行...

2020-04-27 00:21:11 200

原创 Python序列类型-元组

文章目录什么是元组元组的应用场景元组的方法和函数什么是元组不同于列表的灵活可变性,元组(tuple)一旦定义之后就不能修改了。元组可以保存不同类型的数据,虽然列表也可以,但是不提倡。my_tuple = () #通过小括号声明空的元组,虽然这没什么用,因为元组无法修改type(my_tuple) #查看数据类型my_tuple = ('葫芦娃',7)声明单个元素的时候需要在末尾加...

2020-04-26 23:41:38 113

原创 Python关键字-函数-方法,别再傻傻分不清楚

文章目录关键字函数对象的方法总结关键字关键字是Python内置的有特殊意义的标志符,关键字的特点是不需要在后面接括号import keyword #导入关键字包keyword.kwlist #所有关键字的列表len(keyword.kwlist)一共35个,包括:'False', 'None', 'True', 'and', 'as', 'assert', 'async', 'aw...

2020-04-26 21:58:13 184

Cytoscape 3.7.2 windows系统|Cytoscape3.7.2 windows.zip

Cytoscap是免费的用于绘制网络的软件,官网为https://cytoscape.org/,但是国内用户下载速度堪忧,并且很可能容易中断,这里分享到CSDN供大家下载。 Cytoscape is an open source software platform for visualizing molecular interaction networks and biological pathways and integrating these networks with annotations, gene expression profiles and other state data.

2020-11-07

Cytoscape 3.8 macos系统|Cytoscape_3_8_0_macos.dmg

Cytoscap是免费的用于绘制网络的软件,官网为https://cytoscape.org/,但是国内用户下载速度堪忧,并且很可能容易中断,这里分享到CSDN供大家下载。 Cytoscape is an open source software platform for visualizing molecular interaction networks and biological pathways and integrating these networks with annotations, gene expression profiles and other state data.

2020-11-07

R语言基础及ggplot2绘图-中国科学院微生物研究所-胡松年团队-《微生物大数据分析与实践》课程|R语言基础及ggplot2绘图-贺子龙-《微生物大数据分析及实践》-中国科学院胡松年团队.rar

本课程致力于微生物基因组、转录组、泛基因组、耐药基因组和宏基因组、宏转录组 本课主要介绍R语言基础及ggplot2绘图

2020-11-04

中国科学院微生物研究所-胡松年团队-《微生物大数据分析与实践》课程-泛基因组下|泛基因组下-胡松年老师-1028-中国科学院微生物所课程.rar

中国科学院微生物研究所-胡松年团队-《微生物大数据分析与实践》课程-泛基因组下 本课程致力于微生物基因组、转录组、泛基因组、耐药基因组和宏基因组、宏转录组

2020-10-28

微生物大数据分析与实践--微生物组学常用分析软件|生信工具.zip

中国科学院微生物研究所所级课程《微生物大数据分析与实践》 主讲老师:胡松年 研究员 , 贺子龙 副研究员

2020-09-23

employees.sql

MySQL官方示例数据库,包含完整的employees数据库模型 一步导入,方便练习 数据库增删查改

2020-05-29

Biopython-v1.76.pdf

最新版Biopython,版本1.76,更多功能模块,更加便捷的使用方法,例如不需要文件句柄的一步读入/写出,通用的DNA、RNA等字母表等等

2020-04-27

空空如也

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