GPB | 探索全球海洋冷泉微生物组：CSMD揭示物种多样性及丰富的天然产物合成潜能

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要点介绍
引言
结果
总结与展望
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本文转载自GPB | 探索全球海洋冷泉微生物组：CSMD揭示物种多样性及丰富的天然产物合成潜能; 余涛、骆迎峰等 GPBees 2024-05-18 北京

Genomics, Proteomics & Bioinformatics （GPB）在线发表了中国科学院微生物研究所胡松年研究员和向华研究员团队合作完成的题为“Global Marine Cold Seep Metagenomes Reveal Diversity of Taxonomy, Metabolic Function, and Natural Products”的研究论文，我们的“要文译荐”栏目很高兴邀请到文章第一作者余涛博士为大家解读海洋冷泉微生物组。
http://ptpe.lzu.edu.cn/info/1300/2293.htm

要点介绍

研究问题

海洋冷泉是特殊的化能营养生态系统，孕育着多样的微生物群落。然而目前对冷泉微生物的了解仍有限，有必要进行全球范围内冷泉微生物组的勘测与比较。

研究方法

利用元基因组学测序技术，对全球14个冷泉位点、5种冷泉类型共113个样本进行微生物基因组组装、分箱、群落多样性以及功能注释等分析，以解析冷泉微生物的群落特点及功能特征。

主要成果

1. 构建了以原核生物为主的冷泉微生物组数据集（Cold Seep Microbiomic Database，CSMD）。
1. 阐释了冷泉微生物群落组成以及受地理位点、冷泉类型影响的分布规律。
1. 解析了冷泉微生物代谢功能多样性特征。
1. 揭示了冷泉微生物蕴藏丰富的合成天然产物的潜能。

数据链接：https://ngdc.cncb.ac.cn/search/?dbId=gsa&q=CRA010074

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引言

海洋冷泉是由深部地质释放气态和液态烷烃驱动的特殊化能营养生态系统，尽管处于极端环境条件下，仍存在以特定微生物为基础的群落。冷泉释放的甲烷可能影响全球气候，深海开采活动也可能破坏原有冷泉生物群落，对生物多样性产生负面影响。近年来，已构建了多种环境微生物组数据库，有助于理解特定生境中微生物群落的组成和代谢特征。但目前对冷泉微生物的认识仍较有限，有必要进行全球范围内冷泉微生物组的勘测与比较。

结果

冷泉微生物组数据集构建

我们从全球14个冷泉位点共获得113份元基因组样本，其中包括 101 份已发表样本以及12份自采样样本，囊括了甲烷型、油气型、天然气水合物型、沥青火山型和泥火山型等5种类型（图1A）。通过整合元基因组组装以及已发表的元基因组组装基因组（metagenome-assembled genomes，MAGs），最终得到3175个非冗余MAGs（图1B）。所有MAGs均符合元基因组组装基因组最低信息量（Minimum Information about a Metagenome-Assembled Genome，MIMAG）标准中等及以上质量水平（完整度≥50%，污染度＜10%），平均完整度为71.24%（± 13.45%），平均污染度为3.77%（± 2.78%）（图1C）。基因组大小为0.50 Mb 至 9.26 Mb，GC含量为23.14%至72.66%。此外，在去除注释为真核生物Contig后，通过合并和去冗余，最终得到56 Gb的冷泉微生物组非冗余Contig集。该数据集包含27,599,955条Contig，N50 大小为2.08 kb。其中，73.88%、13.64% 和 0.24%的序列分别被注释为细菌、古菌和病毒（图2A–C）。

图1 冷泉微生物组数据集构建

图2 冷泉微生物物种组成

样本比对率结果表明，4.92%–89.23%的读段可比对到各自对应的组装序列，平均比对率为51.14% ± 20.40%（图1D）。然而，当使用56 Gb非冗余序列作为参考基因组时，比对率达到74.05% ± 15.45%（15%至96%），平均提高了23%。因此，该数据集可作为未来冷泉元基因组及元转录组分析的基础。

冷泉微生物群落组成

使用95%的平均核酸一致性（average nucleotide identity, ANI），将3175个MAGs 聚类为1895个物种水平的操作分类单元（operational taxonomic units, OTUs）。上述OTU与青藏高原冰川微生物（Tibetan Glacier Genome and Gene, TG2G）、TARA海洋微生物、海洋微生物数据集（Ocean Microbiomics Database, OMD）、地球微生物组基因组（Genomes from Earth’s Microbiomes, GEM）和基因组分类数据库（Genome Taxonomy Database, GTDB）R06-RS202中的环境微生物相比，序列一致性低（<95% ANI），显示了冷泉微生物的特异性和新颖性。此外，90%的OTU只存在于一个冷泉类型中，8.75%的存在于两种类型中，仅1.27%的存在于三种或以上类型中（图2D）。同样，OTU丰度也表明冷泉具有高度的生态位专一性，因此未来有必要进一步采集更多数据。

根据GTDB（R06-RS202版）注释，上述OTU横跨105个门、173个纲、308个目、433个科和407个属，显示了巨大的物种分类多样性。此外，与GTDB 相比，46个纲、130个目、297个科、960个属和1790个种代表了潜在的新谱系。绿湾菌门、变形菌门、脱硫球菌门、浮霉菌门和Patescibacteria是物种数量相对较多的细菌门，而古菌则以嗜盐古菌门、阿斯加德古菌门、Thermoplasmatota、Thermoproteota和纳米古菌门为主（图3A）。

根据流体流动机制，冷泉可分为低通量的mineral-prone系统（如甲烷、油气和天然气水合物型）和高通量的mud-prone系统（如泥火山和沥青火山型）。微生物群落的辛普森和香农多样性指数在mineral-prone系统中均明显高于mud-prone系统（P < 0.01）（图3B）。同时，基于Bray-Curtis距离对微生物群落进行的主坐标分析显示，在MAGs（图3C）和16S（miTags）门水平上，采样地点相比冷泉类型更容易影响微生物的群落分布。

图3 冷泉微生物丰度及群落多样性

冷泉微生物代谢功能多样

为了解析冷泉微生物代谢功能，根据KEGG数据库对1895个OTU进行了功能注释。我们首先关注了甲烷厌氧氧化（anaerobic oxidation of methane, AOM）过程，这被认为是冷泉生态系统的原初驱动力。发现有近30个OTU含有AOM途径的标记基因，包含了在厌氧条件下将甲烷氧化为CO2及乙酸的基因（图4）。此外，还发现61.31%的OTU至少含有五种二氧化碳固定途径中的一种（图4）。其中，Wood–Ljungdahl途径（WL 途径）（636 个 OTUs）最为普遍，其次是Calvin-Benson-Bessham循环（CBB）、 3-羟基丙酸-4-羟基丁酸循环（3-HP/4-HB 循环）、3-羟基丙酸循环（3-hydroxypropionate, 3-HP）和反三羧酸循环（reverse tricarboxylic acid cycle, rTCA）（图4）。含有 WL 途径的分布最广的前五个门分别是绿湾菌门、脱硫球菌门、浮霉菌门、Thermoplasmatota和嗜盐古菌门。细菌中的WL途径已被广泛发现，如在海洋中的绿湾菌门和脱硫球菌门，与其他生物相比，人们对古菌的 WL 途径知之甚少。有趣的是，我们还发现古菌Halobacteriota 的 22 个OTU具有WL途径的关键酶，这在以前还未报道过。为了探索冷泉微生物群落的异养能力，我们研究了参与碳水化合物降解的基因，发现有1887个OTU可能进行异养代谢（图4）。属于90个门的1163个OTU（61.31%）同时编码碳水化合物降解酶和任何一种无机碳固定途径，被认为是潜在的兼性营养生物。

我们发现，所有OTU至少有一种厌氧呼吸途径。例如，1296个OTU具有甲酸代谢，582个OTU具有乳酸脱氢酶，752个OTU具有乙醇脱氢酶，1583个OTU具有乙酸代谢（图4）。同时，共发现736个OTU含有有氧呼吸基因，如细胞色素 c 氧化酶（Cox/Cyd/Qox/Cco/Cyo）基因（图4），显示了冷泉微生物有氧呼吸的潜力。总的来说，冷泉微生物普遍进行厌氧呼吸，同时也有大量基因参与有氧呼吸。

图4 冷泉微生物代谢功能谱

冷泉微生物天然产物合成潜力

为了探究 CSMD 的潜在应用价值，我们评估了其合成天然产物的潜力。总计从冷泉微生物基因组中鉴定出17,968个生物合成基因簇（biosynthetic gene cluster, BGC），平均长度为7.85 kb（± 6.96 kb）。为减少不完整和冗余BGC的影响，这些BGC被聚类为9390个基因簇族（gene cluster familie, GCF）。这几乎是生物合成基因簇最小信息数据库（Minimum Information about a Biosynthetic Gene, MIBiG）中已知功能BGC数量的3.75倍，表明冷泉微生物群中BGC的多样性高。从70个门中鉴定出了3112个（33.14%）含有NRPSs和PKSs的GCFs，从17个门中鉴定出了3082个（32.82%）含有RiPPs的GCFs，从10个门中鉴定出了845个（8.99%）含有萜类化合物的GCFs，上述 GCFs 占总数的75%。这可能是由于RiPP类、anthipeptide 和硫肽类BGCs广泛参与冷泉微生物的群体感应、高压胁迫和细胞代谢调控。值得注意的是，不同门的BGC类型存在很大差异，但它们在不同冷泉类型中的分布似乎相对一致（图5A）。这可能是由于不同门通常携带编码特定天然产物的基因。例如，绿湾菌门和浮霉菌门通常拥有参与萜烯合成的基因，而厚壁菌门则通常拥有与NRPS 合成相关的基因。

为了评估本研究中发现BGCs的新颖性，我们将具有代表性的GCFs与MIBiG和 OMD进行了比较。通过BLASTN使用80%覆盖率和75%一致性，在MIBiG中仅发现了两个GCF，而与OMD相比，98.81 %的GCF是新的BGC（图5B），表明上述BGC可能编码新的化学成分。此外，无论是来自MAGs还是 Contigs（图5C），随着采样BGCs的增加，GCF的数量也在稳步增加，这表明冷泉中的BGCs值得进一步探索。

图5 冷泉微生物合成天然产物类别

随后，为了研究不同门和冷泉类型之间天然产物合成潜力的重叠性，我们统计了各门和冷泉类型中GCF的分布情况（图6）。大多数GCF似乎是门特有的（图 6A）。同样，在冷泉类型中也很少观察到共享的GCF，多数GCF只在一种类型中检测到（图6B）。

图6 合成天然产物的基因家族在物种及冷泉类型之间的分布

总结与展望

本研究基于全球113个元基因组样本的整合分析，构建了CSMD，囊括了基因组及基因层面丰富的微生物组学信息；通过解析该数据集，获得了冷泉微生物在群落、代谢以及合成天然产物上多样性及新颖性的见解；未来随着更多数据的采集，该数据集可以更好地为研究、利用以及保护冷泉微生物提供基础。

审校人：
GPB青年编委张莉

文章编译来源：
Yu T, Luo Y, Tan X, Zhao D, Bi X, Li C, et al. Global Marine Cold Seep Metagenomes Reveal Diversity of Taxonomy, Metabolic Function, and Natural Products.

Genomics Proteomics Bioinformatics 2024.

https://doi.org/10.1093/gpbjnl/qzad006.

英文全文详见:
https://academic.oup.com/gpb/advance-article/doi/10.1093/gpbjnl/qzad006/7471879

作者及资助信息:
中国科学院微生物研究所余涛博士和骆迎峰研究员为论文第一作者，中国科学院微生物研究所胡松年研究员和向华研究员为通讯作者。该研究得到了“科学”号高端用户项目（批准号：KEXUE2019GZ05）、国家重点研发计划（批准号：2022YFF1002801）、青藏高原第二次科考（批准号：2021QZKK0100）基金的支持。同时也感谢中国科学院海洋大科学研究中心以及“科学”号科考船对样本采集的贡献和支持。

GPB论文：
Global Marine Cold Seep Metagenomes Reveal Diversity of Taxonomy, Metabolic Function, and Natural Products

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About GPB

Genomics, Proteomics & Bioinformatics（基因组蛋白质组与生物信息学报，简称GPB）于2003年创刊，是由中国科学院主管、中国科学院北京基因组研究所（国家生物信息中心）与中国遗传学会共同主办的英文学术期刊，由牛津大学出版社金色开放获取（Gold Open Access）出版。刊载来自世界范围内组学、生物信息学及相关领域的优质稿件。现为中国科学引文数据库（CSCD）和中国科技论文与引文数据库（CSTPCD）核心期刊，被SCIE、PubMed/MEDLINE、Scopus等数据库收录。2023年公布的官方数据显示，CiteScore为11.7；2年和5年Impact Factor分别为9.5和10.1，分别排名WoS遗传学领域12/171和13/171；2022 JCI为2.08，排名WoS遗传学领域10/189。期刊由科技部等七部门联合实施的“中国科技期刊卓越行动计划“资助（2019–2023）。