医疗影像基础概念

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已于 2023-12-07 15:38:33 修改

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文章标签：计算机视觉人工智能图像处理健康医疗

于 2023-12-07 14:38:42 首次发布

本文链接：https://blog.csdn.net/qq_42943914/article/details/134855063

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一、医学影像图像格式

1.1 DICOM 格式

DICOM(Digital Imaging and Communication in Medical) 是医学影像领域最常见的标准之一，主要用于存储、交换和检索医学图像。如 X光片、CT扫描、MRI等。
每个DICOM文件通常包含基本的病人信息（病人ID、姓名、检查日期等）以及图像信息（像素数据、图像纬度等）

1.2 NifTI(Neuroimaging Infomatics Technology Initiative)

每个 NifTi 文件包含一个头文件(.hdr)和一个图像文件(.img)
NifTi 主要是为了克服以前数据格式问题而引入的，它以3D图像建模，更适合那些应用在 DICOM 上的机器学习的方法
每个 NifTi 文件包含一个头文件(.hdr)和一个图像文件(.img)
- 头文件包含了有关图像的一些元信息，如维度、像素大小等
- 图像文件存储了实际的像素数据

2.3 TIFF(Tagged Image File Format)

TIFF 是一种用于存储和交换光栅图像的标准格式，广泛应用于桌面出版、扫描和其他领域
TIFF 文件可以包含多页图像、多通道(如 RGB)、压缩数据等
TIFF 文件支持无损压缩和有损压缩

2.4 几种图像格式的区别

DICOM 主要用于医学影像的存储和交换
NifiTI 主要用于神经影像学数据的存储和交换
TIFF 广泛用于光栅图像的存储和交换

2.5 几种不常用的医疗影像图像格式

2.5.1 PAR / REC

这是核磁共振呈像（MRI）的一种常见格式，由宾夕法尼亚大学开发
包含了病人信息和图像数据
通常应用于医疗影像学领域进行研究和诊断

2.5.2 ANALYZE

这是由美国 Analyze 网站开发的格式
用于存储医学影像数据，如 CT，MRI 图像
在神经影像学领域得到广泛应用

2.5.3 NRRD （N-Dimensional Raster Data）

这是神经影像学领域常用的格式
支持多维图像的存储和交换

2.5.4 MINC（Minium Interval Encoding of Connected Raster Data）

最初是为心脏影像学研究开发的
支持多维图像的存储和交换, 并包含了一些元数据

JPEG

一种广泛使用的压缩图像格式
适用于在医疗设备(内窥镜、显微镜等) 中获取的图像
由于压缩比高，存储空间小、非常适用于医疗影像领域

PNG

一种无损压缩的位图图像格式
设计的目的是为了取代 GIF、TIFF 格式
PNG 支持透明度, 可以更好的混合在图像中，适合在网页中使用
在医疗领域，PNG 格式的图像主要用于存储数字还 X 光片和CT扫描图像

BMP

微软公司开发的一种图像格式,通常用于 windows 操作系统的标准图像文件格式
BMP 支持无损压缩和有损压缩
可以存储多种颜色模式、包括单色、灰度、索引色和真彩色
在医疗领域，BMP 通常用于存储数字化 X 光片和CT 扫描图像

二、 DICOM

DICOM 基本概念
DICOM 是医学图像和相关信息的国际标准。定义了满足临床需要的用于数据交换的医学图像格式，被广泛应用于放射、成像的诊疗诊断设备。
在医院放射科使用的设备上读取的影像基本格式都是DICOM格式，包括CT、MRI、超声等。
DICOM 的组成
- PixelData: 存储图像的像素信息
- Patient：病人信息
- Study：诊疗信息
- Series: 序列号、图像坐标信息
  - SliceThickness: 层厚，每张切片之间的间距
  - ImagePositionPatient: 该张切片坐标原点（图像左上角，二维图向下为y轴，向右为x轴），在空间中的坐标(x, y, z)
  - ImageOritentationPosition: 六元组，当前切片的X,Y轴与解刨学坐标系间的关系
- Image: 图像信息
  - PixelSpacing: 二元组，用来表示当前二维图像坐标上，xy轴的单位长度，在世界坐标系中所占据的长度
  - Rows、Columns: 行列信息
  - Bits Allocated、Bits Stored: 每个像素分配的位数、存储位数
  - Window Center、 Window Width: 窗位、窗宽
  - Rescale Slop、Rescale Intercept: 斜距、截距(图像可视化)
六元组
- 六元组表示的是切片平面与矢状面、冠状面、横断面之间夹角的余弦值
- 通六元组可以判断图像区域是否为矩形，以及解刨学坐标的关系
- 六元组用(x1, x2, x3, y1, y2, y3)表示，其中x1, x2, x3分别表示x轴与L、P、S间夹角的余弦, y1, y2, y3表示y轴与L、P、S间夹角的余弦
处理DICOM的库
- PyDicom：处理DICOM格式文件的Python包，支持dicom文件的读取,修改操作；
- SimpleITK: 支持多格式的文件，提供了一些处理图像内容的操作；
- itk,vtk: 前者提供处理，后者提供显示，是医学医学影像处理中常用的库
- dicom2nifti: dicom文件转nifit文件等操作
为什么需要将dicom格式的文件转化为Nifit格式的文件
- Python 中，有一个库nibabel专门用于处理.nii的文件，因此当数据格式为.nii时，可以简化代码
- NIFIT的文件是三维的图像，而dicom的文件为二维的多张图像，所以相对于DICOM文件，NIFIT文件更加易用雨进行及其学习，训练的张数减少。

描述DICOM的相关变换 - 平移、旋转、缩放

坐标系变换
极坐标系、圆柱坐标系、球坐标系、齐次坐标系之间的转换
方向余弦
- 方向余弦是一个向量，vector
- 方向余弦用于描述人意空间向量V与坐标系坐标轴间夹角的余弦
- 其中 vx,vy,vz 分别表示向量 v在坐标系x，y，z三轴中的坐标，那么该向量与三个坐标轴之间的夹角的方向余弦是：

在这里插入图片描述

欧拉角 Euler Angles
- 欧拉角是通过描述三个坐标轴的旋转来确定物体的方位，即通过旋转坐标系的三个坐标轴来获得目标方位
- 用xyz描述旋转之前的坐标系，用XYZ来描述旋转之后的坐标系，记x-y平面与X-Y平面的交线为N
- 用α、β、γ三个角度可以描述xyz与XYZ之间的关系：
  - α 表示 x轴与N间的夹角
  - β 表示z轴与Z轴之间的夹角
  - γ 表示X轴与N的夹角

DICOM 文件的主要结构

主要包括：文件头、像素数据(0x7ef0, 0x0010)
在这里插入图片描述

数据元素的组成规则：

Tag: 信息的唯一性编码，两个十六进制的数的组合(Group, Element)
- Group: 为偶数时代表标准数据字典
- Group: 为奇数时代表的是私有数据字典
VR(Value Representations): DICOM定义的数据类型
Value Length(数据长度)：所有的数据元素都应该为偶数，如果有奇数，需要加空格或空
- 奇数长度的字符串加空格
- 奇数长度的数字加nul
Value Field: 数据值，长度必须是偶数

文件引言Meta Info: 标识一些常用的信息，存储在0x0002 Group 里
- 使用vscode插件可以打看.dcm文件可以查看到这些信息
数据集Data Set: 医学图像的相关信息
- 患者信息(Patient)
- 检查信息(Study)
- 序列信息(Series)
- SOP影像信息(Image)

三、医学影像名词解释

HIS(hospital information system): 医院信息系统

RIS(Radiology information system): 放射信息管理系统

EMP(electronic medical system): 电子病历

PACS(picture archiving and communication systems): 医学影像存档与通信

MPR 多平面重建(Multi Planar Reformation)

在一系列横断面基础上形成的冠状位、矢状位或斜位方向上单一体素厚度平面,对显示任意方向上解剖关系的各种变化很有用。

多平面重建是将扫描范围内所有的轴位图像叠加起来，再对某些标线标定的重组线索指定的组织进行冠状位，矢状位任意角度图像位进行重组
能任意产生新的断层图像，无需重复扫描
原图像的密度值被可靠的保存到了结果图像上

MPR 有什么作用？
有时候拍的影像不是很正，通过MPR调整，可以查看任意截面的影像而不用重新拍片

CPR 曲面重建(Curved Planar Reformation)

MPI 、minIP 、avelIP(maximum/minimum/averageintensity project)

最大/最小/平均密度投影
MIP 是可视化平面之上投射三维空间数据的一种计算机可视化方法
沿着视点到投影平面的平行光线，各个体素密度所呈现的亮度以某种方式衰减，在投影面上呈现的是亮度最大的体素

VR(Volume Rendering) 体绘制

SR(Surface Rendering) 面绘制

LUT(Look Up Table)

LUT 是一张像素灰度值的映射表，它将实际采样到的像素灰度值经过一定的变换，如阈值、反转、二值化、对比度、线性变换等，变成了另外一个与之对应的灰度值。通过这样处理就可以起到突出图像有用信息、增强图像的光对比度的作用
LUT 常用于 VR/SR 后对重建结果进行颜色转换，使其更接近于真实物体的颜色，或者可以应用于MPI中标记不同的功能区等。

窗宽/窗位(Window width/ Window level)

窗宽：表示所显示信息强度值的范围
窗位：是窗的中心位置
窗技术是CT检查中用于观察不同密度的正常组织或者病变的一种技术。由于各种组织或病变具有不同的CT值，因此欲显示某一组织结构细节是，应选择合适观察改组织或病变的窗位和窗宽，以获得最佳显示

四、医学影像处理开源包

ITK(Insight segmentation and registrationtookit)

ITK 是一款看远的、跨平台的影像分析扩展工具。
ITK 开发过程中采用了先进的多模态数据分割配准算法。
ITK 提供了一些主流的算法，如区域生长、阈值分割、基于分水岭的分割、Fast Marching 算法、Level Set 等多种分割算法，并将这些用于医学图像处理的算法和程序的开发过程屏蔽起来
ITK 没有实现可视化功能，在VTK中实现可视化
在医学影像中，在用ITK进行分割的基础上，结合VTK对图像进行可视化处理