matplotlib笔记

mateplotlib 的 mateplotlib.pyplot 官网
https://matplotlib.org/3.5.1/api/pyplot_summary.html

matplotlib画图的一些基本概念

从图中可以看到Figure是最大的，可以理解成画布或者画板；Axes是Axis的复数，Axis是坐标轴，Axes可以理解为坐标系或者轴域，表示在画板（Figure）上作画的区域。如下图，表示在1个Figure中，有4个Axes

fig = plt.figure()  # 创建画布
ax1 = fig.add_subplot(221)  # 在画布中划分一个2行2列的区域，并选中第一个区域，生成作图区域ax1
ax2 = fig.add_subplot(222)  # 选中第2个作图区域ax2
ax3 = fig.add_subplot(224)  # 选中第4个作图区域ax3

或者用以下命令创建
fig, axes = plt.subplots(nrows=2, ncols=2)
ax1 = axes[0,0]
ax2 = axes[0,1]
ax3 = axes[1,1]

基本用法

设置画布

fig = plt.figure(figsize=(25, 6))

如果不设置axes，则默认为在生成的figure画布上的一个axis作图。在修改坐标内容时有的需要在前边加上 set_ , 例如 set_xlabel
axis参数见：
https://matplotlib.org/3.5.1/api/axes_api.html#matplotlib.axes.Axes

0 画图

plt.plot(x,'.',color="black",markersize=7,alpha=0.6,mew=0,mec='r')
# markersize 标记的大小
# alpha 标记的透明度
# mew 标记的外边缘宽度
# mec 标记的外边缘颜色

以下为直接在figure默认的axis上作图

1. 轴标签修改

当轴0刻度不在原点时，用xlim、ylim设置
设置x轴，y轴 最大，最小 范围

plt.ylim(-20, 20)
plt.xlim(-20, 20)

修改x轴刻度, 只显示在 x_kedu 位置的标签 ，标签对应为x_label ，rotation表示标签旋转50度

x_kedu = [3,5,7]
x_label = ["exon3","exon5","exon7"]
plt.xticks(x_kedu, labels=x_label,rotation=50)

#同理，y轴标签设置
plt.ytick([...], [...],)

清空X轴 Y轴刻度，标签

plt.xticks([])
plt.yticks([])

当赋予labels的值为空时，则在locs决定的位置上虽然会画出ticks，但不会显示任何值。
plt.xticks(x,())

轴名称改变, 字体与轴的间距

plt.xlabel('entry x', fontsize=10)
plt.ylabel('entry y', labelpad = 10)   # labelpad 指字体与轴的间距

轴字体大小修改

plt.tick_params(labelsize=23)

2. 表头

设置表头

plt.title("表头")

3. 画横线竖线，网格线

在y轴-7 ， x轴0到10 区间内 画一条横线

plt.hlines(y=-7, xmin=0, xmax=10, linestyles='dashed', color="r")

在x轴等1， y轴2到10区间内，画一条竖线

plt.vlines(x=1, ymin=2, ymax=10, linestyles='dashed', color="r")

背景网格线

plt.grid(axis="y", linestyle='-.', linewidth=0.8)

4. 保存pdf

# 作图
figs=[]
for ....:
    fig = plt.figure(figsize=(25, 6), dpi=400)
    do something....
    ....

#将画布保存到pdf    
with PdfPages("final.pdf") as pdf:
        for fig in figs:
            pdf.savefig(fig)

# 保存在png
fig.savefig("pic.png")

5. 图例修改

a= plt.scatter(x_pos, y_pos, alpha=1, linewidth=10, label='ctDNA 阳性',c='red')
b = plt.scatter(x_neg, y_neg, linewidth=10, label='ctDNA 阴性',c='g')
常规调用：
plt.legend(fontsize=11,frameon=True,shadow=True,labelspacing=0.8)  # 显示上面的label

自定义图例，可以根据定义的a b，选择需要显示的图例
plt.legend([a,b],['ctDNA 阳性','ctDNA 阴性'],fontsize=11,numpoints=1,frameon=True,shadow=True,labelspacing=0.8)

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