使用win10来运行医学图像预处理中.sh文件和代码中dcm2nii的使用问题

下载别人代码中预处理图像使用了.sh文件而我想用pycharm运行.sh文件

我是win10系统,用pychram运行.sh文件需要下载git。网上教程一大堆就不说了 全程默认下载即可。将下载安装后的git集成到pycharm(网上都有 不说了,注意路径加上双引号)。

下载的代码里第一行是#!bin/bash导致运行失败

想在pycharm的终端里运行.sh 需要将文件中第一行#!bin/bash注释掉,要不报错。

代码里有dcm2nii命令导致报错,说找不到命令

dcm2nii命令是一个公司的老版本用的,可以去https://www.nitrc.org/frs/?group_id=152下载2016年版本里的文件。解压后会有一个dcm2nii.exe文件,注意:将dcm2nii.exe文件放入git安装地点下的cmd文件夹!网上有教程让放bin文件夹是错的,因为cmd文件夹才在环境变量下。所以放cmd文件夹下,比如我将dcm2nii.exe放到D:\Git\cmd中就可以用了

坑来了,将dcm2nii.exe放入后发现运行结果不对。我怀疑是dcm2nii已经淘汰,所以又下载了新版dcm2niix.exe放入上述文件夹即可运行成功!

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