【影像数据处理】dcm转nii 使用MRIcroGL中的dcm2niix

为什么用MRIcroGL

参考
https://blog.csdn.net/qq_35172874/article/details/129161111

步骤

下载地址

https://github.com/rordenlab/MRIcroGL12/releases

环境配置

在用户变量和系统变量中同时添加名为dcm2niix的环境变量，在path路径也添加该目录：

打开powershell或者cmd，输入dcm2niix，如果出现以下界面，则环境变量添加成功：

python批处理

获取不同被试文件所在路径，保存为txt

# 当前目录下所有文件夹下的文件名(不带后缀)写入对应txt文件(以文件夹命名)中
import os

# 如果文件夹不存在创建文件夹
def Makedir(path):
    folder = os.path.exists(path)
    if (not folder):
        os.makedirs(path)

# 利用os.listdir()、os.walk()获取文件夹和文件名
def GetFileName(fileDir, outDir):
    list_name = []
    Makedir(outDir)
    for dir in os.listdir(fileDir):  # 获取当前目录下所有文件夹和文件(不带后缀)的名称
        filePath = os.path.join(fileDir, dir)  #sub层
        for dir2 in os.listdir(filePath):  #
            filePath = os.path.join(filePath, dir2)  #
            for dir3 in os.listdir(filePath):  #
                filePath = os.path.join(filePath, dir3)  # 根据自己的文件夹有几层就几次
                if os.path.isdir(filePath) and not (filePath == outDir):
                    txt = outDir + "list.txt"
            # 获取根目录路径、子目录路径，根目录和子目录下所有文件名
                    for root, subDir, files in os.walk(filePath):
                        for subfilepath in subDir:
                            f = open(txt, 'a')  # 以追加方式打开文件
                            subfilepath = os.path.join(filePath, subfilepath)  # 最后一层
                            f.write(subfilepath + '\n')  # 此处增加了一个换行符，方便txt文件的查看，后面读取的时候需要去掉换行符
                            f.close()


def main():
    print("procesiing……\n")
    fileDir = r"G:xxxxxxxxxxxxxx\beforesub"  # 输入文件夹路径
    outDir = r"G:\xxxxxxxxxxxxxxxxxx\nii\\"
    files = GetFileName(fileDir, outDir)
    print("done!\n")

# 判断是否是程序主入口而已，如果是程序主入口，则代码块执行，否则代码块不执行
# 主要用于别人调用此代码时，不要进入该代码的入口
if __name__ == "__main__":
    main()

然后，读取txt文件，进行批处理转换

import sys    #导入sys模块
import os
#from PIL import Image  #PIL是python的第三方图像处理库

#dcm2niix.exe -f "outputname" -i y -m y -p y -x y -z y -b n -o "E:\datasets\liver_ct_process_output" "E:\datasets\LiverCT\庄健忠\20180105000198"
# system command line
d2n = 'dcm2niix.exe -f '
para = ' -i y -l y -p y -x y -v y -z y -o '
output_path = r"G:\xxxxxx\nii"

###产生随机命名
import random
def Makedir(path):
    folder = os.path.exists(path)
    if (not folder):
        os.makedirs(path)
def ranstr(num):
    #dictionary
    H = 'ABCDEFGHIJKLMNOPQRSTUVWXYZabcdefghijklmnopqrstuvwxyz0123456789'

    salt = ''
    for i in range(num):
        salt += random.choice(H)

    return salt

# read txt
filepaths = []  #输入的dicom文件目录
for line in open(r"G:\xxxxxxxxxxx\nii\list.txt", "r"):  # 设置文件对象并读取每一行文件
    filepaths.append(line)
# deal with format transform
for filepath in filepaths:
    filepath = filepath[:-1]   #去掉行位的换行符
    a = filepath.split('\\')
    outputname = "FLAIR"
    output_path2 = os.path.join(output_path, a[6])
    Makedir(output_path2)
    cmd = 'D: & cd D:\\yan\\soft\\MRIcroGL\\Resources & '+d2n + outputname + para +'\"'+ output_path2 +'\" ' + '\"'+ filepath +'\"' #其中的双引号不可少
    print(cmd)
    os.system('chcp 65001') #避免乱码
    r = os.system(cmd)
print("Congratulation, Done!")

结果举例

待解决：两个nii.gz的含义；命令参数的含义