化学信息学库RDKit安装

背景

RDKit 是用 C++ 和 Python 编写的化学信息学和机器学习软件的Python库，人工智能与化学、生物、药学交叉领域的必备包。

笔者每次在安装时总会遇到点奇奇怪怪的东西（如使用conda安装后一直卡在搜索界面），特记录一下。

安装说明

笔者这里使用 Ubuntu 机器进行测试，推荐使用 Conda 安装。

配置conda源

笔者用过比较好用的源有 清华大学源，当然可以选择本校或者附近高校的源（从校园网联合镜像站查询）获取更快的下载体验，这里使用 兰州大学源：

复制源内容：

channels:
  - defaults
show_channel_urls: true
default_channels:
  - https://mirrors.lzu.edu.cn/anaconda/pkgs/main
  - https://mirrors.lzu.edu.cn/anaconda/pkgs/r
  - https://mirrors.lzu.edu.cn/anaconda/pkgs/msys2
custom_channels:
  conda-forge: https://mirrors.lzu.edu.cn/anaconda/cloud
  msys2: https://mirrors.lzu.edu.cn/anaconda/cloud
  bioconda: https://mirrors.lzu.edu.cn/anaconda/cloud
  menpo: https://mirrors.lzu.edu.cn/anaconda/cloud
  pytorch: https://mirrors.lzu.edu.cn/anaconda/cloud
  pytorch-lts: https://mirrors.lzu.edu.cn/anaconda/cloud
  simpleitk: https://mirrors.lzu.edu.cn/anaconda/cloud
  deepmodeling: https://mirrors.lzu.edu.cn/anaconda/cloud/

创建或编辑conda源文件，粘贴上面的内容，保存即可：

vi ~/.condarc

清除索引缓存，保证用的是镜像站提供的索引:

conda clean -i 

安装RDkit

创建环境

这里创建一个包含Python的新环境，名为rdkit

conda create -n rdkit python

激活环境

conda activate rdkit

安装RDKit库

使用conda安装rdkit库，注意这里使用的channel为 rdkit ，笔者测试官方提供的 conda-forge 国内使用存在一直卡在查询界面的问题。

conda install -c rdkit rdkit

使用

from rdkit import Chem
from rdkit.Chem import Draw

mol = Chem.MolFromSmiles('Cc1ccccc1')
Draw.MolToImage(mol, size=(400, 300))