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RSS订阅原创 论文阅读：3D multi-scale, multi-task, and multi-label deep learning for prediction of lymph node metasta
论文阅读
2022-09-14 17:30:45
521
原创 Pycharm创建虚拟环境，conda创建虚拟环境，安装Pytorch
一、在Pycharm里设置虚拟环境在软件的左上角选择：File – Settings – Project: pythonProject – Python Interpreters点击上图中右上角的设置，选择第一个Add…在Virtualenv Environment中设置虚拟环境的路径和其他选项。图中含义是：Location：选择一个本地的空目录，—该目录就作为python虚拟环境目录。通过pycharm安装python组件会放置在该目录下。Base interpret.
2022-05-30 01:12:06
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原创 论文阅读：Imaging Biomarkers and GeneExpression Data Correlation Frameworkfor Lung Cancer Radiogenomics
基于深度学习的肺癌放射基因组学分析的影像生物标志物和基因表达数据相关框架2021 IEEE方法：第一阶段：肿瘤分割。第二阶段：基因和图像定位。阶段3：合成肿瘤区域生成。首先，采用基于U-net的分割方法从原始CT图像中提取TR。然后，我们使用自动编码器对基因条件下的图像进行编码。从不同层次的编码器中提取图像特征。对这些特征、预后数据和基因进行了一系列分析实验，包括预后和GSEA，以证明这些多源数据之间的相关性。最后，一种改良的CVAE-GAN将基因转化为相应的TR并给出直观的结果。
2022-05-23 17:45:28
217
原创 萤火虫算法
import numpy as npimport matplotlib.pyplot as pltimport copyimport time class FA: def __init__(self, D, N, Beta0, gama, alpha, T, bound): self.D = D #问题维数 2维 self.N = N #群体大小即萤火虫的数目 20 self.Beta0 = Beta0.
2022-05-12 10:07:07
255
原创 布谷鸟算法
import numpy as npimport scipy.special as sc_specialimport matplotlib.pyplot as plt #matplotlib的pyplot模块一般是最常用的，可以方便用户快速绘制二位图表from matplotlib import cm #matplotlib是python最著名的绘图库from mpl_toolkits.mplot3d import Axes3D #3D绘图#绘制图像.
2022-05-12 10:06:20
275
原创 Pytorch神经网络实现regression，classification
1.定义网络模型：import torchimport torch.nn.functional as F # 激励函数都在这class Net(torch.nn.Module): # 继承 torch 的 Module def __init__(self, n_feature, n_hidden, n_output): # 传参数 super(Net, self).__init__() # 继承 __init__ 功能 # 定...
2022-05-02 17:47:34
1282
原创 torch函数的学习笔记
【莫烦Python】PyTorch 神经网络_哔哩哔哩_bilibilihttps://www.bilibili.com/video/BV1Vx411j7kT?p=7.ToTensor()：transf = transforms.ToTensor()img_tensor = transf(img).Normalize((0.5,0.5,0.5),(0.5,0.5,0.5))：均值和标准差之前版本导入激活函数：import torch.nn.functional as
2022-05-02 17:08:59
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原创 torch实现图像的Maxpool
torch.nn.MaxPool2d(kernel_size, stride=None, padding=0, dilation=1, return_indices=False, ceil_mode=False)参数kernel_size，stride, padding，dilation数据类型： 可以是一个int类型的数据，此时卷积height和width值相同; 也可以是一个tuple数组（包含来两个int类型的数据），第一个int数据表示heig...
2022-05-02 16:01:37
1007
原创 阈值处理前景背景图
import numpy as npimport osimport cv2from PIL import Imagedef readimg(path_dir): # path_dir = './boliyangbiancaiqie30002/' img_name = [] for i in os.listdir(path_dir): img = os.path.join(i) img_name.append(img) return i.
2022-04-29 18:29:35
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原创 SVS批量转PNG
import openslideimport numpy as np# import cv2import PIL.Imageimport osos.environ["CUDA_VISIBLE_DEVICES"] = "0"def readsvs(): svs_dir = './svs' # svs_path_list = [] svs_name_list = [] for i in os.listdir(svs_dir): path_nam...
2022-04-27 21:36:25
897
原创 python中split函数
String_0 = "bbb/QJ6252630247.jpg"a = String_0.split("/")[-1]b = String_0.split("/")[0]print(a)print(b)# 结果：# QJ6252630247.jpg# bbbstr1= 'S1700028Y.svs'c = str1.split('.')[0]d = str1.split('.')[1]e = str1.split('.')[-1]print(c)print(d)print.
2022-04-27 21:25:54
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原创 基于影像基因的肺结节分割、肺癌分类分期、CT影像预测基因突变 --董云云 论文阅读
一、背景、问题引入肺癌是世界范围内发病率和死亡率最高的恶性肿瘤之一。根据世界卫生组织的调查结果显示，世界范围内每年因患肺癌死亡的病例数不低于 160 万 。早期肺癌的诊断较为困难，约 75%的患者在确诊时处于中晚期，使得许多患者丧失了宝贵的治疗时间，因此肺癌患者总体存活率超过 5 年的概率不足 5%。调查结果显示，处于 I 期的肺癌患者的总体存活率能够接近 80%，II 期患者的总体存活率接近 70%，III 期~IV 期的生存率为 20%~40%。因此，对早期肺癌的精确诊断显得尤为重要...
2022-04-25 09:40:55
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原创 TCGA下载基因表达矩阵、可视化分析
方法1：选择RNA-Seq找TSV格式open的文件加入购物车进入到购物车点download --cart打开下载后的tsv格式文件方法2：(9条消息) 基于TCGA数据库的差异基因分析实现_学习的派大星的博客-CSDN博客_tcga差异基因分析https://blog.csdn.net/qq_38567599/article/details/120901851方法3：(9条消息) tcga数据下载_TCGA数据下载与ID转换_weixin_39...
2022-04-21 19:01:39
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原创 VGG网络学习
VGG网络架构cfgs里面对应了四个vgg网络的结构列表里面的数字代表卷积核的个数由于卷积核大小均为3*3‘M’代表池化层的Make_features传入列表Layers空列表放置每一层RGB彩色图片，所以输入通道数为3池化核为2 步距也为2输入的通道3，输出的特征矩阵深度 对应为卷积核的个数 所以v赋给in_channels作为下一层的输入Nn.Sequential(*layers)将列表通过非关键字参数的形式创建一个网...
2022-04-20 11:27:38
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原创 linux安装anaconda
连接服务器终端 + 传输文件 + 123456下载linux下的conda参考博客：(8条消息) Linux系统安装Anaconda3保姆级教程_zhianY的博客-CSDN博客_linux安装anaconda3的步骤https://blog.csdn.net/Arno_An/article/details/105229780?ops_request_misc=%257B%2522request%255Fid%2522%253A%252216493340241678168533199...
2022-04-07 21:48:21
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原创 python裁剪病理大图（500M）
按照裁剪后的图像尺寸3000*3000：可进行多尺度叠加训练import cv2import os# Cutting the input image to h*w blocks# heightCutNum = 3;# widthCutNum = 3;# The folder path of input and outputinPath = r"G:\\python\\nature\\output\\LUAD\\"outPath = r"G:\\python\\nature\.
2022-04-07 12:00:42
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原创 从GDC下载数据集、svs无损转png
从GDC下载数据集参考：(8条消息) TCGA数据下载教程：使用官方gdc-client软件下载_Mr番茄蛋的博客-CSDN博客_gdc-clienthttps://blog.csdn.net/qq_35203425/article/details/80882988?ops_request_misc=&request_id=&biz_id=102&utm_term=%E4%BB%8Egdc%E6%95%B0%E6%8D%AE%E5%BA%93%E4%B8%AD%E4%B8%8B%
2022-04-07 11:02:05
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原创 json转二值图
参考文章：Win10系统下安装labelme，json文件批量转化 - apan008 - 博客园 (cnblogs.com)https://www.cnblogs.com/apan008/p/11267203.html关于labelme标注生成的json文件批量转为label/mask的问题 - 简书 (jianshu.com)https://www.jianshu.com/p/dc9eb9b35873遇到labelme版本不匹配的问题，解决如下：pip install l.....
2022-04-06 22:36:12
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原创 自编码器识别手写数字MNIST数据集
原理实现一import tensorflow as tfimport numpy as np import matplotlib.pyplot as plt %matplotlib inline# 下载MNIST数据集(X_train,_), (X_test,_) = tf.keras.datasets.mnist.load_data() #处理数据集，将数据集归一化，将28*28转化为784X_train = X_train.astype('float32')/255..
2022-03-30 16:15:57
899
原创 Pytorch虚拟环境搭建、训练unet、vit、yolov3
手把手教你在win10下搭建pytorch GPU环境（Anaconda+Pycharm） - 老潇的摸鱼日记 - 博客园 (cnblogs.com)https://www.cnblogs.com/victorxiao/p/13512258.html【扫盲】PyTorch环境配置_哔哩哔哩_bilibilihttps://www.bilibili.com/video/BV1m4411m7uZ?spm_id_from=333.999.0.0...
2022-03-25 16:36:59
3737
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原创 神经网络识别手写数字MNIST数据集
1.优化方式2.神经网络的训练和测试import numpy as npimport randomimport warningswarnings.filterwarnings("ignore", category=Warning)def load_data(): # 下载MNIST数据集 dataset = np.load('./mnist.npz', allow_pickle=True) print(dataset.files) # print(
2022-03-24 11:27:24
4737
原创 Yolov3目标检测实现血液淋巴细胞识别
深度学习在图像领域的几大任务：任务分类：（a）图像分类 eg：ResNet （判断有或者无）（b）目标检测 eg：Faster-RCNN （强调物体含义，可识别目标物体的位置和类别，返回的是标签+概率）（c）语义分割 eg：FCN （强调类别含义，能够识别像素的类别，分辨出是前景和背景） （d）实例分割 eg：Mask-RCNN （对同一类别的不同目标也用不同 颜色来区分， 只关注...
2022-03-18 11:27:47
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原创 基于主成分分析(PCA)的人脸识别具体实现
1.PCA概述PCA(Principal Component Analysis)，即主成分分析方法，它的提出用作对原有数据进行简化。主要是通过数据降维的方式：降维主要是将高维度的数据保留下最重要的一些特征，去除噪声和不重要的特征，从而实现提升数据处理速度的目的，同时可以为我们节省大量的时间和成本。PCA是一种unsupervised的映射方法，这里主要区分于LDA，它是一种supervised映射方法。如下2-dim图特征映射到正交坐标轴：...
2022-03-16 17:27:38
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原创 基于奇异值分解(SVD)的人脸识别具体实现
1.SVD介绍奇异值分解（SVD）是线性代数中一种重要的矩阵分解方法。它不光可以用于降维算法中的特征分解，还可以用于推荐系统，以及自然语言处理、图像压缩降维等领域，是很多机器学习算法的基石。2.奇异值计算公式3.处理图像方法设一模板图像为A，可将图像近似表示为图像A的大量信息体现在前k对向量中。称为图像奇异值分解的基图像。可知模板图像A是基图像的线性组合，其组合系数即为最大的k个奇异值。将这k个奇异值视为图像A的代数特征。...
2022-03-16 14:54:33
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空空如也
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