Graph Transformer Networks
Heterogeneous Graph（异质图）
图中每个节点有不同的类型，由这些节点之间关系定义的连边也有不同类型，如下例子：
区分：
同质图：图中所有节点的类型都相同，边类型只有一种的标准图
meta-path（元路径）
沿着节点的多跳路径，例如 P V P , P F P , I A P PVP, PFP, IAP PVP,PFP,IAP
针对元路径的attention
主要参考Graph Transformer Networks, Heterogeneous Graph Transformer, Path-Augmented Graph Transformer Network几篇文章：attention的计算主要参考Transformer结构，在元路径的生成和相似度计算上有些不同。
1. Heterogeneous Graph Transformer：
研究动机
现有的GNN方法的不足（以HAN, GTNs, HetGNN等方法为例）：
- 大多数方法需要为异质图设计元路径（GTNs除外）；
- 要不就是假定不同类别的节点/边共享相同的特征和表示空间，要不就是单独为某一类型的节点和边设计不同的不可共享的参数。这样的话不能充分捕获异质图的属性信息；
- 大多数方法都没有考虑异质图的动态特征；
- 不能建模Web-scale的异质图。
鉴于以上挑战，作者研究目标是：
（1）保留节点和边类型的有依赖关系的特征->引入attention；
（2）捕获网络的动态信息->引入相对时间编码（RTE）技术；
（3）避免自定义元路径；
（4）并且可扩展到大规模（Web-scale）的图上->设计异质的子图采样算法HGSampling。
由于(2)、(4)没有完全理解文中方法，所以暂时关注(1)、(3)
overall framework
整张异质图表示为
G
(
V
,
E
,
A
,
R
)
G(\mathcal{V, E, A, R})
G(V,E,A,R)，其中
τ
(
v
)
:
V
→
A
\tau(v):\mathcal{V} \rightarrow \mathcal{A}
τ(v):V→A表示映射为某类型的节点，某类型的源节点表示为
τ
(
s
)
\tau(s)
τ(s)（作为Key vector），某类型的目标节点表示为
τ
(
t
)
\tau(t)
τ(t)（作为Query vector）；
ϕ
(
v
)
:
E
→
R
\phi(v):\mathcal{E} \rightarrow \mathcal{R}
ϕ(v):E→R表示映射为某类型的边，连接节点s和t的某类型的边表示为
ϕ
(
e
)
。
\phi(e)。
ϕ(e)。HGT模型仅将所有连接两个节点的一跳路径作为输入，不需人工定义路径，通过attention机制可以决定最重要的元路径。
如图，
H
(
l
−
1
)
H^{(l-1)}
H(l−1)表示来自上一层的节点表示，整个模型可以表达为：
H
(
l
)
[
t
]
=
σ
(
A
−
L
i
n
e
a
r
τ
(
t
)
H
~
(
l
)
[
t
]
)
+
H
(
l
−
1
)
[
t
]
(
1
)
H^{(l)}[t]=\sigma(A-Linear_{\tau(t)}\widetilde H^{(l)}[t] )+H^{(l-1)}[t] \quad (1)
H(l)[t]=σ(A−Linearτ(t)H
(l)[t])+H(l−1)[t](1)
H
~
(
l
)
[
t
]
=
⊕
∀
s
∈
N
(
t
)
(
Attention
H
G
T
(
s
,
e
,
t
)
⊗
M
e
s
s
a
g
e
H
G
T
(
s
,
e
,
t
)
)
(
2
)
\widetilde H^{(l)}[t]=\oplus_{\forall s \in N(t)(\textbf{Attention}_{HGT}(s, e, t) \otimes Message_{HGT}(s, e, t)) } \quad (2)
H
(l)[t]=⊕∀s∈N(t)(AttentionHGT(s,e,t)⊗MessageHGT(s,e,t))(2)
注意到(1)包括两部分，左边是来自第l层所有邻居的信息，右边是t节点本身在第(l-1)层的信息，两部分结合得到t节点在第l层的最终表示，我们需要用
A
−
L
i
n
e
a
r
τ
(
t
)
A-Linear_{\tau(t)}
A−Linearτ(t)将向量映射回t节点类型的特征分布空间。由于小世界现象，我们可以使用少数几层，就捕获到整张图中的大部分关系了；本文中，我们遍历所有两跳路径（两层HGT），利用attention针对具体的下游任务自动地、隐式地学习并抽取出更重要的“元路径”作出如下图：
meta mutual attention
展开attention，与GAT研究同质图对比：
Attention
G
A
T
(
s
,
t
)
=
S
o
f
t
m
a
x
∀
s
∈
N
(
t
)
(
v
T
(
W
H
(
l
−
1
)
[
t
]
∣
∣
W
H
(
l
−
1
)
[
s
]
)
)
\textbf{Attention}_{GAT}(s, t)=Softmax_{\forall s \in N(t)}(v^T(WH^{(l-1)}[t] || WH^{(l-1)}[s]))
AttentionGAT(s,t)=Softmax∀s∈N(t)(vT(WH(l−1)[t]∣∣WH(l−1)[s]))我们在计算时假设s和t拥有相同的特征分布，所以使用了同一个投影矩阵W；但我们研究异质图时，不同类型的节点可以有不同的特征分布；
因此，我们对每种类型的源节点s使用
K
−
L
i
n
e
a
r
τ
(
s
)
K-Linear_{\tau(s)}
K−Linearτ(s)线性投影，对每种类型的目标节点t使用
Q
−
L
i
n
e
a
r
τ
(
t
)
Q-Linear_{\tau(t)}
Q−Linearτ(t)线性投影，同时对它们的连边使用
W
ϕ
(
e
)
A
T
T
W_{\phi(e)}^{ATT}
Wϕ(e)ATT，来捕获不同的关系。注意：这里并不是参数化每种类型的边，而是根据三元关系组
<
τ
(
s
)
,
ϕ
(
e
)
,
τ
(
t
)
>
<\tau(s), \phi(e), \tau(t)>
<τ(s),ϕ(e),τ(t)>决定，每个元关系都有一组不同的映射矩阵，整个框架高度依赖于元关系
<
τ
(
s
)
,
ϕ
(
e
)
,
τ
(
t
)
>
<\tau(s), \phi(e), \tau(t)>
<τ(s),ϕ(e),τ(t)>来参数化权重矩阵。
这样处理后，不同类型的节点和边就可以维护其特定的表示空间。同时，通过不同的边相连的节点仍然可以交互、传递、聚合信息，并且不受它们之间分布差异的限制。 从而只将一跳的边作为输入、不人为设计元路径，也能通过跨层的信息传递来合并不同类型的高阶邻居的信息。
使用多头注意力机制表示（i上标表示第i个头获得的信息）：
- 这里使用的计算相似度方法 [Luong’s multiplicative style ]： h i T W h j h_{i}^{T} W {h}_{j} hiTWhj；
- 另外不同类型的边对目标节点的贡献度不同， μ ∈ R ∣ A ∣ ∗ ∣ R ∣ ∗ ∣ A ∣ \mu \in \mathbb{R}^{|\mathcal{A}|*|\mathcal{R}|*|\mathcal{A}|} μ∈R∣A∣∗∣R∣∗∣A∣表示基于先验知识，对三元关系组 < τ ( s ) , ϕ ( e ) , τ ( t ) > <\tau(s),\phi(e), \tau(t)> <τ(s),ϕ(e),τ(t)>的attention的缩放
- 与Transformer的区别在于：Transformer为所有的单词使用一组映射；而本文的方法中，每个元关系都有一组不同的映射矩阵
设计一系列参数的意义
（1）已有的一些方法
- 建模知识图谱的关系图卷积网络（RGCN），为每种类型的边都维护了一个线性的映射权重。
- HetGNN为不同类型的节点应用不同的RNNs来整合多模的特征。
- HAN为不同的元路径定义的边维护了不同的权重，同时使用了语义级别的注意力机制，有区分性地聚合来源于不同元路径的信息。
（2）这些方法的不足
尽管这些方法都比GCN和GAT表现好，但是它们都没有充分利用异质图的属性信息，都是为边类型和节点类型单独地分配GNN权重矩阵。但是不同类型的节点数目和不同类型的边的数目差别很大，对于那些共现次数不多的关系类型，就很难为它们学习到准确的权重。
（3）考虑参数共享以实现更好的泛化
为了解决上述问题，HGT提出参数共享。对于给定的边 e = ( s , t ) e=(s, t) e=(s,t)其元关系为 < τ ( s ) , ϕ ( e ) , τ ( t ) > <\tau(s),\phi(e), \tau(t)> <τ(s),ϕ(e),τ(t)>。若使用三个交互矩阵分别建模 τ ( s ) , ϕ ( e ) , τ ( t ) \tau(s),\phi(e), \tau(t) τ(s),ϕ(e),τ(t)这三个元素，则主要参数就可以共享。这样的参数共享使得出现频次较少的类型的边，也能实现快速的自适应和泛化；另一方面，使用较少的参数，仍然实现了保留不同类型边的特征。
例如“第一作者”和“第二作者”这两种关系的源节点都是author，目标节点都是paper。从一种关系学习到的author和paper的知识可以快速转换并应用到另一种关系中。
（4）HGT和现有方法的主要不同
- 与单独处理节点类型和边类型不同，作者使用元关系 < τ ( s ) , ϕ ( e ) , τ ( t ) > <\tau(s),\phi(e), \tau(t)> <τ(s),ϕ(e),τ(t)>来分解交互矩阵和转换矩阵，使得HGT在使用等量的参数甚至更少的参数的情况下，捕获不同关系中普通的和特定的信息。
- 不需要预先定义好元路径，使用神经网络框架聚合高阶的异质邻居的信息，自动地学习到元路径的重要性程度。(后面两点暂时不展开讨论)
- 大多数以往的方法没有考虑到动态图，HGT使用相对时间编码技术考虑到了时序信息。
- 现有的异质GNN方法都不能应用在Web-scale的图上，本文提出的HGSampling采样方法可以用于Web-scale图（十亿级别）的训练。
message passing
从源节点向目标节点传递信息，这一步是和互注意力的计算并行的，目的是将不同边的元关系合并到消息传递过程中，来缓解不同类型的节点和边分布的差异性。
先使用
M
−
L
i
n
e
a
r
τ
(
s
)
M-Linear_{\tau(s)}
M−Linearτ(s)将特定类型的源节点s映射成message向量，然后对特定类型的边维护一个参数矩阵
W
ϕ
(
e
)
M
S
G
W_{\phi(e)}^{MSG}
Wϕ(e)MSG。
与baseline对比的一个tip： 对不同类型的节点进行线性变换，将异质数据映射到同一分布中；然后就能用处理同质图的算法来处理，最后将结果与HGT进行比较。
2.Graph Transformer Networks
研究动机
现有的GNN方法的不足：
- 采用了two-stage方法：先根据人为设定的元路径将异质图转化为同质图，再在其上面应用处理同质图的GNN算法：
- 人为设定的元路径不能充分利用图中的信息，且将会在很大程度上影响下游任务的准确率；
- 在固定且同质的图上进行运算，如果图上有噪声（缺失连边或者错误连边）就会导致与图上错误的邻居进行无效的卷积。
鉴于以上问题，作者研究目标是：
- 使用多个候选的原始邻接矩阵生成新的元路径图结构，在新图上进行更有效的图卷积，从而学习到更强的节点表示。
overall framework
研究的异质图同样可以表示为
G
(
V
,
E
,
T
v
,
T
e
)
G(\mathcal{V, E, T^v, T^e})
G(V,E,Tv,Te)，其中
f
(
v
)
:
V
→
T
v
f(v):\mathcal{V} \rightarrow \mathcal{T^v}
f(v):V→Tv表示映射为某类型的节点，
f
(
e
)
:
E
→
T
e
f(e):\mathcal{E} \rightarrow \mathcal{T^e}
f(e):E→Te表示映射为某类型的边。每个邻接矩阵
A
k
A_k
Ak代表某一种类型的边的关系，因此假如从
v
1
v_1
v1到
v
l
+
1
v_{l+1}
vl+1经过的元路径为
(
t
1
,
t
2
,
.
.
.
,
t
l
)
(t_1, t_2, ..., t_l)
(t1,t2,...,tl)，其中
t
l
∈
T
e
t_l \in \mathcal{T^e}
tl∈Te，那么
v
1
⟶
t
1
v
2
⟶
t
2
.
.
.
⟶
t
l
v
l
+
1
v_1 \stackrel{t_1}{\longrightarrow} v_2 \stackrel{t_2}{\longrightarrow} ... \stackrel{t_l}{\longrightarrow} v_{l+1}
v1⟶t1v2⟶t2...⟶tlvl+1可以由一系列邻接矩阵的矩阵乘法表示：
A
P
=
A
t
l
.
.
.
A
t
2
A
t
1
A_P=A_{t_l}...A_{t_2}A_{t_1}
AP=Atl...At2At1
一个前提：
对于无向图GCN的卷积操作表示为：
H
(
l
+
1
)
=
σ
(
D
~
−
1
2
A
~
D
~
−
1
2
H
(
l
)
W
(
l
)
)
H^{(l+1)}=\sigma(\widetilde{D}^\frac{-1}{2}\widetilde{A}\widetilde{D}^\frac{-1}{2}H^{(l)}W^{(l)})
H(l+1)=σ(D
2−1A
D
2−1H(l)W(l))
对于有向图表示为：
H
(
l
+
1
)
=
σ
(
D
~
−
1
A
~
H
(
l
)
W
(
l
)
)
H^{(l+1)}=\sigma(\widetilde{D}^{-1}\widetilde{A}H^{(l)}W^{(l)})
H(l+1)=σ(D
−1A
H(l)W(l))
可见GCN是在固定且同质的图上进行卷积操作，只有针对节点的线性转换参数
H
(
l
)
W
(
l
)
H^{(l)}W^{(l)}
H(l)W(l)是可学习的。
整个模型架构可以看成是：在由GT层学习到的多个元路径图上进行GCN，从而解决节点分类任务。
1.使用attention机制筛选邻接矩阵 Q t l Q_{t_l} Qtl：
（注：图中的例子特指元路径为2的情况，因此选出分别表示两种类型的边的邻接矩阵）GT层从候选的邻接矩阵 A \mathbb{A} A（每一片都代表一种边类型）中选择出两个图结构 Q 1 , Q 2 Q_1, Q_2 Q1,Q2；每一个被选出来的图结构都可以看成是在原邻接矩阵 A \mathbb{A} A上应用了attention，为各个片分配了不同的权重，加权求和得到新的邻接矩阵 Q t l = ∑ t l ∈ T e α t l ( l ) A t l Q_{t_l}=\sum \limits_{t_l \in \mathcal{T}^e}\alpha_{t_l}^{(l)}A_{t_l} Qtl=tl∈Te∑αtl(l)Atl；
2.将选择出的邻接矩阵 Q i Q_i Qi组合得到新的图结构：
采用矩阵相乘得到新的邻接矩阵
A
(
l
)
=
Q
1
Q
2
A^{(l)}=Q_1Q_2
A(l)=Q1Q2；
为了数值稳定，使用度矩阵进行归一化
A
(
l
)
=
D
−
1
Q
1
Q
2
A^{(l)}=D^{-1}Q_1Q_2
A(l)=D−1Q1Q2；由此可以进一步推广：长度为l的元路径对应的邻接矩阵
A
P
A_P
AP可以表示为堆叠l层GT层：
A
P
=
(
∑
t
1
∈
T
e
α
t
1
(
1
)
A
t
1
)
(
∑
t
2
∈
T
e
α
t
2
(
2
)
A
t
2
)
.
.
.
(
∑
t
l
∈
T
e
α
t
l
(
l
)
A
t
l
)
A_P=(\sum \limits_{t_1 \in \mathcal{T}^e}\alpha_{t_1}^{(1)}A_{t_1})(\sum \limits_{t_2 \in \mathcal{T}^e}\alpha_{t_2}^{(2)}A_{t_2})...(\sum \limits_{t_l \in \mathcal{T}^e}\alpha_{t_l}^{(l)}A_{t_l})
AP=(t1∈Te∑αt1(1)At1)(t2∈Te∑αt2(2)At2)...(tl∈Te∑αtl(l)Atl)
采用归一化表达为：
即元路径
(
t
1
,
t
2
,
.
.
.
,
t
l
)
(t_1, t_2, ..., t_l)
(t1,t2,...,tl)的贡献度计算为
∏
i
=
0
l
α
t
i
l
\prod_{i=0}^l \alpha_{t_i}^l
∏i=0lαtil，这个贡献度就代表了在预测任务中某条特定元路径的重要性。因此GTN可以自适应地学习到对特定任务较重要的元路径。
由于生成的元路径长度等于GT层的层数，堆叠的层数越多，生成的元路径越长；堆叠多层后原始图中的连边可能不存在了，但实际上有的时候短的元路径也很重要。
为了学习到包含原始图中连边的长的元路径和短的元路径，在
A
\mathbb{A}
A中加入单位矩阵
I
I
I，即
A
0
=
I
A_0=I
A0=I，这样，当有l层GT层时，就可以学习到长度为
1
∼
l
1 \sim l
1∼l的元路径。
为了同时生成多种类型的元路径，将图1中卷积的输出通道设置为C，表示生成C条元路径，l表示生成的元路径的最大长度。在l个GT层堆叠后，将GCN应用于元路径张量
A
l
∈
R
N
×
N
×
C
\mathbb{A}^l\in R^{N\times N\times C}
Al∈RN×N×C的每个通道，并将多个节点的向量表示拼接起来：
Z
=
∣
∣
i
=
1
C
σ
(
D
~
i
−
1
A
~
i
l
X
W
)
Z=||_{i=1}^C\sigma(\widetilde{D}_i^{-1}\widetilde{A}_i^{l}XW)
Z=∣∣i=1Cσ(D
i−1A
ilXW)
其中
A
~
i
(
l
)
\widetilde{A}_i^{(l)}
A
i(l)是
A
(
l
)
\mathbb{A}^{(l)}
A(l)第i个通道的邻接矩阵，
D
~
i
−
1
\widetilde{D}_i^{-1}
D
i−1是
A
~
i
(
l
)
\widetilde{A}_i^{(l)}
A
i(l)的度矩阵
此时Z代表了节点在C个元路径图中的表示，且元路径的长度最长为l，将Z用于有监督的节点分类任务，分类器的结构为：输入到两层稠密层，经过一层softmax，损失函数使用交叉熵函数。 因此，整个模型架构可以看成是：在由GT层学习到的多个元路径图上进行GCN，从而解决节点分类任务。
参考
【论文解读 WWW 2020 | HGT】Heterogeneous Graph Transformer
【论文解读 NIPS 2019 | GTNs】Graph Transformer Networks
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