最近再复现空间转录组学的论文STAGATE的时候遇到了某些问题,在运行该链接链接: link提供的复现代码时出现问题。
#Normalization
sc.pp.highly_variable_genes(adata, flavor="seurat_v3", n_top_genes=3000)
sc.pp.normalize_total(adata, target_sum=1e4)
sc.pp.log1p(adata)
的时候出现了报错“no module named skmisc”,使用pip install --user skmisc安装一直报错失败。
最后在查阅网上资料以后只需要使用以下命令即可:
pip install scikit-misc