LAMMPS液滴润湿表面铺展长度——全部帧统计平均

已于 2023-03-05 11:09:32 修改
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分类专栏： 分子动力学—LAMMPS后处理及编程技巧 文章标签： matlab python
于 2021-03-05 23:28:29 首次发布
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本文链接：https://blog.csdn.net/qq_43689832/article/details/114413386
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本文介绍了如何使用LAMMPS进行液滴润湿固体基板的铺展长度计算，详细阐述了计算思路，包括数密度分布、液体筛选和时间平均。提供了Python脚本用于数据处理和结果可视化，读者可以参考相关链接获取MATLAB和C++的读取dump文件方法。
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Lammps不同亲疏水性粗糙表面的润湿行为模拟（包含in文件）
Rockyoung
01-18 5732
Lammps粗糙表面的润湿行为模拟（包含in文件）前言—润湿行为模拟一、物理模型构建二、具体in文件—in文件内循环亲疏水性三、具体in文件—分子模板构建初始模型以及平衡态模拟四、全部代码（基地粗糙表面只提供data文件） 前言—润湿行为模拟 润湿现象：当液体与固体接触时，液体的附着层将沿固体表面延伸。当接触角 θ\rm \thetaθ 为锐角时，液体润湿固体，若θ为零时，液体将展延到全部固体表面上。润湿现象的产生与液体和固体的性质有关。（来自百度百科） 润湿行为的本质是固液之间的相互作用，也就是分子间的范
实验电镜距离测量之Matlab处理
Rockyoung
06-29 590
在拍摄电竞的时候，我们通常会对图片进行处理，比如，测量距离等等。那么如何根据现有图片结果，快速测量呢？
LAMMPS实现甲烷与水的竞争吸附-循环不同气体分子(Matlab)
CyberLynxO的博客
09-11 484
您可以从LAMMPS官方网站（https://lammps.sandia.gov/）下载最新版本的LAMMPS，并按照官方文档中的说明进行安装。在本文中，我们将介绍如何使用LAMMPS和Matlab来实现甲烷和水分子之间的竞争吸附，并模拟循环不同气体分子的过程。希望这篇文章和提供的源代码能够帮助您理解如何使用LAMMPS和Matlab来实现甲烷与水分子的竞争吸附，并模拟循环不同气体分子的过程。如果您有任何问题，请随时提问。通过上述代码，我们可以将LAMMPS模拟的温度和势能随时间的变化进行可视化分析。
lammps教程：官方自带eam_database程序拟合EAM势方法介绍
lammps_jiayou的博客
05-16 3377
使用lammps模拟金属体系，最常用的势函数为eam、meam势。 对于大多数金属或者合金来说，可以从网上下载相对应的eam或meam势力场文件。 而对于一些新的合金材料，可能就找不到相对应的力场文件。 解决的方法有两种，一是采用混合势（pair_style hybrid），第二种方法是自己拟合势函数文件。 混合势的写法在前面文章中已经介绍过，本文介绍一种拟合EAM势的方法。 该方法是运行Xiaowang Zhou编写的一个拟合程序，该程序可自动生成所需要的合金势。 这个程序能够拟合的合金元素有： Cu,
在lammps模拟过程中的常用势函数设置
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qq_44963682的博客
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在lammps模拟中，势函数的使用必不可少。如何选择合适的势函数？如何设置势函数？这对初学者来说较为困难，本文介绍在lammps模拟中常用的势函数如何使用，希望能够帮助初学者加深对势函数的了解。
LAMMPS生成粗糙表面的in文件脚本（可调节微结构高、长和宽）
Rockyoung
09-29 5402
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LAMMPS模拟：液滴润湿表面的铺展长度统计及Matlab平均计算
ByteProwl的博客
09-13 562
在本文中，我们将介绍如何使用LAMMPS进行液滴润湿表面的模拟，并通过统计分析计算液滴的铺展长度。最后，我们将使用Matlab对多个模拟帧的数据进行平均计算，以得到更准确的结果。然后，我们定义了液滴的初始位置和形状，并通过fix命令将液滴限制在固定的区域内。通过LAMMPS模拟液滴在固体表面上的润湿行为，并使用Matlab对模拟结果进行统计和分析，我们可以得到液滴的铺展长度，并计算出多个模拟帧的平均铺展长度。然后，我们提取液滴边界原子的位置信息，并计算相邻位置之间的距离。函数计算每个模拟帧的液滴铺展长度。
LAMMPS液滴铺展长度的平均统计（MATLAB源代码）
uote_e的博客
07-30 270
通过使用LAMMPS模拟液滴在表面上的铺展行为，并利用MATLAB对模拟数据进行处理和分析，我们可以获得润湿长度的平均统计值。LAMMPS是一款功能强大的分子动力学模拟软件，可以用于研究原子与分子之间的相互作用力，适用于模拟不同尺寸和性质的液滴。首先，读取文本文件中的数据并存储为MATLAB中的数组。在每个时间步长内，通过计算分子之间的相互作用力，更新分子的位置和速度，以模拟液滴的运动和变形。具体而言，需要计算液滴边界上的分子与表面交互的次数，然后将其除以液滴边界的总长度，得到润湿长度的百分比。
LAMMPS识别纳米液滴轮廓——统计全部dump轨迹
Rockyoung
03-21 2481
在计算润湿、吸附的问题中，我们通常需要识别接触角或者气液界面等等。 如何通过MATLAB对轨迹文件进行处理，画出云图和液滴轨迹呢？ Step 1 老话题了——读取dump轨迹 读取dump文件，请见博客： python 读取：https://blog.csdn.net/qq_43689832/article/details/113812304?spm=1001.2014.3001.5502 matlab读取：https://blog.csdn.net/qq_43689832/article/de.
lammps案例：金属液滴润湿模拟案例
lammps_jiayou的博客
05-02 2969
大家好，我是小马老师。 本文分析lammps模拟金属液滴润湿的案例代码。 在之前的推文中，介绍过铜界面润湿水的案例，最近一段时间，不少粉丝朋友咨询金属液滴的润湿，润湿原理差不多，本文以Cu液滴在SiC基底上的润湿为例，介绍金属液滴润湿案例模拟方法。 以此案例为基础，可以模拟其它金属液滴的润湿，替换模型和力场参数即可。 1.建模 SiC的建模方法有很多，可以下载sic.cif文件，导入ms或atomsk中进行正交化和扩胞，转成data文件即可。Cu液滴可以在SiC建模时同时建立，也可以在in文件中导入SiC
[by-llma] 将Materials Studio中的pdb文件转化为LAMMPS需要的data坐标文件的小程序
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压缩包中是一个python小程序，用于将Materials Studio中的pdb文件转化为LAMMPS需要的data坐标文件
lammps中进行纳米压痕模拟的势函数
12-05
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10-01
分子动力学中lammps软件中的力场参数文件
势函数程序
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用势函数算法进行分类，需要分类器，需要训练样本，应用于欠定混合信号盲分离
Lammps 关于初始化速度的分布问题
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我也觉得这个地方很绕，lammps中给出的是满足高斯分布，然而很多地方都说原子的初始速度符合波尔兹曼分布，不理解啊。？ 高斯分布只是实空间下三个方向的分量，两个分布其实等价； FRENKEL的书上写道，在一定温度下的速度是满足玻尔兹曼分布的，但为什么在初始化的时候给的是满足高斯分布的随机数呢？其实，初始速度怎么给都行，这个不重要，初始速度只要让系统有个温度就可以了，接下来就按照...
LAMMPS纳米压痕接触面积计算及Matlab实现
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本文介绍了使用LAMMPS进行纳米压痕接触面积计算的基本步骤，并给出了使用Matlab计算接触面积的示例代码。然而，需要注意的是，纳米压痕实验是一个复杂的过程，模拟结果受多种因素的影响，包括原子模型的精度、势函数的选择以及模拟参数的设置等。在纳米压痕实验中，接触面积是一个重要的参数，它可以用来计算材料的硬度和弹性模量等力学性质。LAMMPS是一款基于分子动力学方法的模拟软件，可以用于模拟原子尺度的力学行为。在获得LAMMPS模拟结果的原子坐标后，可以使用Matlab进行接触面积的计算。
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在MD模拟中，LAMMPS是一款广泛使用的计算软件包，而MATLAB则是一种功能强大的数值计算环境。LAMMPS提供了强大的分子动力学模拟功能，而MATLAB则为后处理和数据分析提供了丰富的工具和函数。它能够模拟原子、分子和其他粒子的动力学行为，并提供丰富的功能和灵活的扩展性。通过读取文件中的数据，我们可以提取出三个坐标轴上的速度分量，并计算出速度矢量大小。在分子动力学模拟中，每个粒子都有一个速度矢量，包括了粒子在三个坐标轴上的速度分量。在LAMMPS中，通过指定时间步长和模拟时间，可以执行MD模拟。
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循环模拟是指将模拟系统的输出作为下一个模拟的输入，从而实现多次模拟的自动化。通过循环模拟，我们可以更好地理解甲烷和水分子在表面上的竞争吸附行为，并预测其在实际应用中的性能。在本研究中，我们将结合Matlab和LAMMPS来模拟甲烷和水分子在表面上的吸附过程。本文介绍了如何使用LAMMPS和Matlab实现甲烷和水分子的竞争吸附以及循环过程的模拟。首先，我们需要定义模拟系统的结构。通过本文的方法，我们可以更好地理解甲烷和水分子的竞争吸附行为，为材料科学和化学领域的相关研究提供有益的参考和指导。
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