LAMMPS模拟：甲烷与水的竞争吸附及循环（Matlab实现）

最新推荐文章于 2024-07-25 11:02:08 发布
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本文介绍了如何使用LAMMPS和Matlab结合，模拟甲烷与水分子在表面上的竞争吸附及循环过程。通过定义模拟系统、控制LAMMPS运行的Matlab脚本，研究不同条件下吸附行为的变化。循环模拟有助于理解吸附行为，为材料科学和化学研究提供理论依据。

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LAMMPS模拟：甲烷与水的竞争吸附及循环（Matlab实现）

引言：
吸附是一种广泛应用于材料科学和化学领域的重要现象。在研究吸附行为时，了解不同气体分子之间的相互作用是至关重要的。本文将介绍如何使用LAMMPS（Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator）软件包，在Matlab环境下实现甲烷和水分子的竞争吸附以及循环过程。

材料和方法：
LAMMPS是一种广泛应用于分子动力学模拟的开源软件包，它被用于模拟原子、分子和其他粒子集合的系统。在本研究中，我们将结合Matlab和LAMMPS来模拟甲烷和水分子在表面上的吸附过程。

首先，我们需要定义模拟系统的结构。在LAMMPS中，可以通过创建数据文件来定义原子的初始位置、速度和力场参数。以下是一个示例数据文件：

# 系统设置
units	real
atom_style	full

# 定义原子类型
read_data system.data

# 力场参数
pair_style lj/cut/coul/long 10.0
bond_style harmonic
angle_style harmonic

# 定义模拟盒子尺寸
region	box block 0 10 0 10 0 10
create_box	1 box
create_atoms	1 box

# 定义原子间相互作用参数
mass	1	12.011
pair_coeff	1	1	0.066
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### 使用LAMMPS进行分子吸附模拟 #### 创建输入文件 为了执行分子吸附模拟，创建合适的输入文件至关重要。这些文件定义了系统的初始条件、边界条件以及所应用的力场参数。 对于甲烷和水分子在特定表面的吸附情况，可以参考如下简化版输入脚本： ```bash units real atom_style full boundary p p s # 周期性边界条件设置为p(周期),s(非周期) read_data data.surface # 读取预构建好的固体表面数据文件 region box block -20 20 -20 20 -10 5 units box create_box 2 region box mass * 1.008 # 设置氢的质量；*表示所有类型的原子都适用此质量值 pair_style lj/cut 10.0 # 定义截断距离为10 Å 的Lennard-Jones势能形式 pair_coeff * * 0.179 3.405 # 设定相互作用系数ε=0.179 kJ/mol 和 σ=3.405 Å 对于所有的原子间交互 neighbor 2.0 bin # 邻居列表更新策略 neigh_modify delay 0 every 1 check no timestep 1.0 # 时间步长设为1 fs thermo 10 # 每隔10个时间步骤打印一次热力学信息 dump dumpall atom/all custom 100 traj.lammpstrj id type xs ys zs vx vy vz fx fy fz minimize 1e-6 1e-9 1000 10000 # 能量最小化过程控制收敛标准与最大迭代次数 velocity all create 300.0 4928459 rot yes dist gaussian # 给予体系温度并初始化速度分布 fix nvt all nvt temp 300.0 300.0 0.1 # 控制恒温浴NVT系综下的温度波动范围及弛豫因子 run 1000 # 运行总时间为1 ps (即1000fs) unfix nvt # 取消固定命令以便后续操作 write_dump all custom final.dump id type x y z # 将最终状态保存至final.dump 文件中 ``` 上述配置适用于简单的液体或气体环境中的分子动态行为分析，在实际科研项目里可能还需要更复杂的设定，比如引入外部电场影响或是考虑多相界面效应等问题[^1]。 #### 数据准备阶段 针对具体的吸附实验设计，通常先要准备好描述目标物质特性的`.data`文件。这可以通过图形工具如MSI Discovery Studio Visualizer建立分子结构模型后导出，也可以利用专门转换程序msi2lmp.exe将其他格式转化为适合LAMMPS解析的形式。 #### 后处理与可视化 完成仿真计算之后，往往需要借助第三方软件来进行轨迹动画制作或者统计物理性质变化趋势图等工作。MATLAB提供了强大的数值运算能力和绘图功能，能够很好地满足这类需求[^2]。
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