铁死亡化合物库

铁死亡是 2012 年新发现的一种细胞死亡机制,目前已经成为科研领域的研究热点。铁死亡是依赖铁离子及活性氧诱导脂质过氧化导致的调节性细胞坏死,其在形态学、生物学及基因水平上均明显不同于凋亡、坏死、自噬等其他形式的程序性性细胞死亡。铁死亡在形态学上主要表现为细胞线粒体变小,膜密度增高,嵴减少。在铁死亡发生过程中,细胞形态及细胞核形态没有明显变化。

铁死亡机制

铁死亡受细胞内信号通路的严密调控,包括氨基酸代谢,脂质代谢及铁离子代谢等。胱氨酸经胱氨酸运输蛋白 system Xc- 进入细胞后,被用来合成谷胱甘肽。谷胱甘肽是谷胱甘肽过氧化物酶 GPX4 的辅因子,GPX4 是一种抗氧化酶,可以在谷胱甘肽的作用下,中和脂质过氧化物,保护膜的流动性。当 system Xc- 活性被抑制或 GPX4 活性被抑制时,会造成脂质过氧化,并导致活性氧 ROS 的积累,在铁离子的作用下,细胞会发生铁死亡。

目前研究发现,一些其他的信号通路及生命进程也会影响铁死亡的敏感性,如 CoQ10 作为细胞膜上的抗氧化剂,是一种内源性的铁死亡的抑制剂;NADPH 及硒的丰度也会影响铁死亡的敏感性;p53 及 Nrf2 转录因子对铁死亡也有一定的调控作用。

铁死亡与疾病

生命机体的正常生理进程是否有铁死亡的参与还不清楚,但很多疾病均报道与铁死亡有关,包括肿瘤、神经退行性疾病、局部缺血再灌注损伤、肾衰竭等。

研究发现,某些癌细胞对铁死亡相对比较敏感,一些化合物可以通过增加铁富集和 ROS 压力诱导铁死亡的发生,特异性杀死癌细胞。另外铁死亡在肿瘤免疫治疗中也具有重要的作用,抑制肿瘤细胞的铁死亡通路后,会降低肿瘤细胞对免疫治疗的敏感性。综上说明,铁死亡在肿瘤治疗中或可发挥重要作用。

铁死亡作为一种新的细胞死亡方式,其生理功能仍有待进一步研究,铁死亡如何更好的应用到疾病治疗中,也是目前研究的重点。为方便科研研究,MCE 铁死亡化合物库,主要包含一些常用的铁死亡诱导剂及抑制剂,化合物主要靶向 GPX4,system Xc-,ROS,DPP4,p53,Nrf2 等与铁死亡密切相关的靶点,可以用于铁死亡机制及相关疾病的研究。

相关产品:

Ferroptosis Compound Library

A unique collection of 243 ferroptosis signal pathway related compounds with ferroptosis-inducing or -inhibitory activity. A useful tool to study ferroptosis mechanism as well as related diseases.

参考文献:

[1] Mou, Y., et al. Ferroptosis, a new form of cell death: opportunities and challenges in cancer. J Hematol Oncol 12, 34(2019).

[2] Brent R.Stockwell, José Pedro Friedmann Angeli. et al. Ferroptosis: A Regulated CellDeath Nexus Linking Metabolism, Redox Biology, and Disease, Cell,2017.

[3] Tarangelo A, et al. Nanomedicine: An iron age for cancer therapy[J]. NatureNanotechnology, 2016.

[4] Wang, W. et al. CD8+ T cells regulate tumor ferroptosis during cancer immunotherapy. Nature 569, 270–274

 

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资源包主要包含以下内容: ASP项目源码:每个资源包中都包含完整的ASP项目源码,这些源码采用了经典的ASP技术开发,结构清晰、注释详细,帮助用户轻松理解整个项目的逻辑和实现方式。通过这些源码,用户可以学习到ASP的基本语法、服务器端脚本编写方法、数据操作、用户权限管理等关键技术。 数据设计文件:为了方便用户更好地理解系统的后台逻辑,每个项目中都附带了完整的数据设计文件。这些文件通常包括数据结构图、数据表设计文档,以及示例数据SQL脚本。用户可以通过这些文件快速搭建项目所需的数据环境,并了解各个数据表之间的关系和作用。 详细的开发文档:每个资源包都附有详细的开发文档,文档内容包括项目背景介绍、功能模块说明、系统流程图、用户界面设计以及关键代码解析等。这些文档为用户提供了深入的学习材料,使得即便是从零开始的开发者也能逐步掌握项目开发的全过程。 项目演示与使用指南:为帮助用户更好地理解和使用这些ASP项目,每个资源包中都包含项目的演示文件和使用指南。演示文件通常以视频或图文形式展示项目的主要功能和操作流程,使用指南则详细说明了如何配置开发环境、部署项目以及常见问题的解决方法。 毕业设计参考:对于正在准备毕业设计的学生来说,这些资源包是绝佳的参考材料。每个项目不仅功能完善、结构清晰,还符合常见的毕业设计要求和标准。通过这些项目,学生可以学习到如何从零开始构建一个完整的Web系统,并积累丰富的项目经验。
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要实现化合物分子的子结构频次统计,可以使用RDKit Python。下面是一些参考代码: 1. 加载化合物 ```python from rdkit import Chem from rdkit.Chem import AllChem # 从文件中读取化合物 suppl = Chem.SDMolSupplier('compound.sdf') mols = [x for x in suppl if x is not None] print('共读取到{}个分子'.format(len(mols))) ``` 2. 提取分子中的子结构 ```python # 提取分子中的环 def extract_rings(mol): rings = Chem.GetSymmSSSR(mol) return [Chem.MolToSmiles(mol, rootedAtAtom=r) for r in rings] # 提取分子中的官能团 def extract_functional_groups(mol): fgs = ['[{}]'.format(Chem.MolToSmiles(mol, rootedAtAtom=a, includeAtomNumbers=True)) for a in mol.GetAtoms() if a.GetAtomicNum() != 6] return fgs # 提取分子中的子结构 def extract_substructures(mol): rings = extract_rings(mol) fgs = extract_functional_groups(mol) return rings + fgs # 提取化合物中所有分子的子结构 substructures = [] for mol in mols: substructures += extract_substructures(mol) substructures = list(set(substructures)) print('共提取到{}个子结构'.format(len(substructures))) ``` 3. 计算每个子结构在化合物中出现的频次 ```python # 计算每个子结构在化合物中出现的频次 substructure_count = {} for substructure in substructures: substructure_count[substructure] = 0 for mol in mols: for substructure in extract_substructures(mol): substructure_count[substructure] += 1 print(substructure_count) ``` 这样就可以得到每个子结构在化合物中出现的频次了。可以根据需要,进一步对子结构进行聚类、筛选等操作,以便更好地分析化合物中的结构信息。
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