日本水稻(Oryza sativa Japonica rice)的基因组染色质长度 IRGSP-1.0

Cian小鱼干

于 2023-11-16 18:32:39 发布

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分类专栏：生物信息学文章标签：生物信息染色体长度 UCSC 基因组数据

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本文介绍了作者在研究中如何找到2021年NaturePlants发布的关于水稻品种的scHi-C数据集，通过UCSC找到了对应基因组IRGSP-1.0，并关注了染色质长度的测定。链接：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/datasets/genome/GCF_001433935.1/。

摘要生成于 C知道，由 DeepSeek-R1 满血版支持，前往体验 >

创作日志： 在看scHi-C综述的时候发现了一个在2021年发布在Nature Plants上的数据集，想拿来用，首先就要知道其对应的水稻品种以及染色质长度。最终在UCSC上找到了对应的组装好的基因组，版本名为 IRGSP-1.0。

UCSC链接：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/datasets/genome/GCF_001433935.1/

chr1	43270923
chr2	35937250
chr3	36413819
chr4	35502694
chr5	29958434
chr6	31248787
chr7	29697621
chr8	28443022
chr9	23012720
chr10	23207287	
chr11	29021106	
chr12	27531856