MIMIC-III数据集介绍

最新推荐文章于 2025-04-16 17:06:34 发布
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MIMIC-III数据集

这是师姐对MIMIC－III数据库介绍的笔记。

数据库介绍

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  • 一个患者对应一个subject_id,但是可能多次入院,有多个hadm_id,一次入院可能有多次进入ICU,即一个hadm_id可能对应多个icustay_id
  • 通常采用一个hadm_id对应的第一个icustay_id开展相关的研究
  • 字典表用于某个项的查询,举例如下:
    比如查询某个患者的白细胞的数据(在LABEVENTS表中),首先需要找到患者对应的三个ID,然后在实验室检查编码(d_labitems)中找到白细胞的item_id,然后再去LABEVENTS表中查找.

26张表的详细解释

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  • 这张表用主要记录患者的入院情况,用的比较多的可能有患者的人口统计学信息
  • 入院时间对我们采集特定时间窗口的患者信息是比较重要的,大多数研究都会用到.
  • 死亡时间在对应看患者结局是会用到.
  • ICUSTAY表中入科出科的时间戳也很重要;住院时长即在ICU中待的时间的长度.
  • PATIENTS表中记录着患者的信息,可以与ADMISSONS综合起来使用.比如这里的死亡日期可以对前面的表做一个补充;通过入院时间和出生日期可以计算出患者的年龄.
  • SERVICES和TRANSFERS可能在做一些资源配置的研究中会用到,做生理指标方面的研究时用得较少.
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  • CAREGIVERS用的相对较少
  • CHARTEVENTS是最重要的一张表,记录的大部分是患者生命体征的数据,如心率,血压,体温等等.该表是通过患者编号\病案号和ICU编号作为联合主键确定患者．项目标志符也就是item_id,比如心率这个项目所对应的项目标识符可以在d_labitems字典中查到.记录时间和存储时间是对应该项的存储时间.记录时间可以用于筛选特定的时间窗口(比如说进入ICU24小时内的数据).要用到前面的ICUSTAYS的入科时间以及当前测量的时间做差值,从而确定研究队列.
  • DATETIMEEVENTS表中主要是患者操作信息,使用相对较少.
  • 两张INPUTEVENTS应组合起来使用.提供比如说患者给药的速率(如葡萄糖输入的速率),给药途径,给药部位.基于这两个表可以做一些关于给药,药物干预方面的研究
  • NOTEEVENTS大部分是患者的医嘱,如患者的既往史和现病史等,再比如患者体温波动的情况等,都是通过文本形式给出的.
  • OUTPUTEVENTS主要记录了患者的出量信息,比如说患者的尿量等信息,可以作为患者生命情况的表示.
  • PROCEDUREEVENTS记录诸如手术开始时间,结束时间,手术操作等信息
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  • DIAGNOSES_ICD表中记录了患者的ICD-9诊断编码,比如说想做一些疾病诊断或疾病预测的研究时会用到.一个患者可能会对应多个诊断,所以是一个序列格式的表.可能会认为第一个是患者的主病.
  • DRGCODES表中记录了患者的诊断类别和诊断编码
  • LABEVENTS表中是患者的化验项目,有比如像白细胞,红细胞这种指标值.LABEVENTS,CHARTEVENTS和OUTPUTSEVENTS表合起来基本上可以代表患者进入ICU后生理指标的大部分特征.
  • PRESCRIPTIONS中是患者的用药记录,和前面的INPUTEVENTS综合起来可以作为用药干预的研究
  • PROCEDURE_ICD表记录的是病人的手术记录.
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    前面提到抽取患者的数据比如说生命体征,心率等,实验室指标(如白细胞红细胞等)等, 就需要在相应的字典中找到相应的item,即项目标识符,再对应查找某一个患者对应指标下的数据.心率,血压等指标在D_ITEMS中查找索引

数据表中的基本信息

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MIMIC-III代码库

网址:https://github.com/MIT-LCP/mimic-code
https://github.com/MIT-LCP/mimic-iii-paper/
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  • 比较常用到的有concepts文件夹中的,记录着大部分可以获得患者生命指标的SQL代码.durations是患者出入量的信息.firstday是封装好了的获取患者第一天(即前24h)的生理指标的数据.

其它临床数据集

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研究主题

在此主要是对三届Datathon的研究题目进行总结
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相关题目
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研究基本流程梳理

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师姐总结的分类任务的基本流程
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在具体的研究工作中,通常花费最多时间的还是在数据收集和预处理的过程中,模型通常还是比较现成的.
首先是研究主题的确定,比如研究患者的死亡风险预测,那么需要选择患者结局(是否死亡,什么时间死亡等指标)等,可以通过看相关论文以及和相关医生作沟通来选择预测指标;指标确定之后,就是研究队列及指标纳入标准的确定,比如说针对脓毒症的患者,那么研究队列是脓毒症的患者;一般来说会选择不同入院(hadm_id)中的第一次进入ICU的数据;患者的某个指标的数据缺失率也应被考虑在纳入指标当中(通过设定一个缺失率阈值来判断是否使用某个指标);通常选用前24h的指标.
区间值转比如说白细胞有记录是less than 5,就可以转换成2.5或采用当作缺失值的方法.单位转换比如说INPUTEVENTS_CV和INPUT_MV中可能存在单位不一致的情况,需要按照临床上一些标准进行单位转换.
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eICU-CRD、MIMIC 3数据集 详解
强化学习曾小健
03-17 4338
eICU-CRD数据集的下载页面地址为获取数据之前需要取得麻省理工大学附属数据相关课程的合格证书，之后在PhysioNet上注册账号，提交证书并进行资格认证申请，在审核通过后方可进行下载。详细的步骤说明可见数据集共有31个csv格式的文件分别是'admissionDrug.csv', '这些表格涵盖了病人住院期间多个维度的详细信息详细说明文档可见接下来我们将逐个展开介绍。
MIMIC-III数据库的介绍
weixin_45081871的博客
04-09 4400
MIMIC-III(Medical Information Mart for Intensive Care III)是一个由MIT负责管理的基于重症监护室病人监测情况的医学开源数据集。 MIMIC-III包含了2001年至2012年期间入住ICU的成年患者（16岁或以上）的53423例不同住院患者的数据，还包含2001至2008年期间接纳的7870例新生儿的数据。 26张数据表 摘录自论文《基于机器学习的重症监护病患死亡率预测》 ...
MIMIC III数据集详细介绍
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文章目录1. 概述2. 字典信息辅助表D_CPT（目前使用医疗服务术语表）D_ICD_DIAGNOSES （ICD病情确诊词典表）D_ICD_PROCEDURES （ICD医疗过程词典表）D_ITEMS（ＩＣＵ化验词典表）D_LABITEMS（门诊化验词典表）3. 病人基本信息及转移信息表PATIENTS（病人登记表）ADMISSIONS（住院表）CALLOUT（出院表）ICUSTAYS（ICU记录表）TRANSFERS（病房转移表）SERVICES（服务表）4. 病人医院门诊治疗的相关信息表CPTEVEN
MIMIC数据库在windows系统上的安装部署
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MIMIC数据库在windows系统上的安装部署（包含mimic_derived部分）
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在安装MIMIC III数据库过程中踩到的坑与解决方案记录。
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【MIMICIII应用】 MIMIC-III是一个免费开放的、公共资源的重症监护室研究数据库。MIMIC-III数据集主要包括波形数据集MIMIC-III Waveform Database和临床数据集MIMIC-III Clinical Database。本文基于官网及文献资料对MIMIC-III Waveform Database数据库内容组织进行了介绍说明，为后一步应用分析做基础。
MIMIC-III数据集介绍 - 危症监测
强化学习曾小健
02-23 1856
CHARTEVENTS是最重要的一张表,记录的大部分是患者生命体征的数据,如心率,血压,体温等等.该表是通过患者编号\病案号和ICU编号作为联合主键确定患者．项目标志符也就是item_id,比如心率这个项目所对应的项目标识符可以在d_labitems字典中查到.记录时间和存储时间是对应该项的存储时间.记录时间可以用于筛选特定的时间窗口(比如说进入ICU24小时内的数据).要用到前面的ICUSTAYS的入科时间以及当前测量的时间做差值,从而确定研究队列.住院时长即在ICU中待的时间的长度.
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该文章讲解在MIMIC-III数据库申请完后使用方法，包括将数据导入postgresSQL以及通过pgadmin4查看、管理、导出数据。该方法也适用于MIMIC-IV数据库。
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MIMIC 重症监护数据库的网站和文档 在本地运行网站的说明 安装 Go 和 Hugo。...克隆网站存储库： git clone --recursive ...请在模仿代码库中提出与网站或 MIMIC-III 相关的问题。
MIMIC-III数据库的应用现状（综述）
weixin_46523923的博客
10-19 6725
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MIMIC数据集结构
weixin_49286924的博客
03-01 204
是
Minic III介绍
qq_29983883的博客
11-29 985
抽取患者的数据比如说生命体征,心率等,实验室指标(如白细胞红细胞等)等, 需要在相应的字典中找到相应的item,即项目标识符,再对应查找某一个患者对应指标下的数据。包含2001年至2012年之间进入重症监护病房的成年患者的53423例不同的医院入院数据和2001年至2008年之间收治的7870名新生儿数据。患者操作记录，记录程序操作是对哪位患者收费，便于知道某种操作是否执行。患者操作时间信息，包括患者在ICU中所有时间的测量。患者基本信息和院内采集信息数据，共包含21个数据表。患者ICU出科的即时信息。
Aki-Predictor实验之MIMIC-III数据集导入本地postgres数据库
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这是意料之中的：CHARTEVENTS 充当多个子表的“映射”表，并且其中实际上没有存储任何数据，因此 postgres 报告插入了 0 行。是7zip，所以我运行以下代码（注意把7zip的安装路径加入系统变量path,否则运行脚本时会报7zip的错），此过程需要耐心等待,大概4-6个小时。然后创建表格，需要执行下载好的脚本，我的路径是这样的（千万注意！我导入的是全量的MIMIC-III数据（6.2G），默认文件夹里面是压缩的文件，而且我的解压缩软件。，从 MIMIC III 表中提取 AKI 患者数据。
mimic-iii数据集
03-04
### MIMIC-III 数据集概述 MIMIC-III (Medical Information Mart for Intensive Care III) 是一个公开可用的大型重症监护医学数据库，包含了超过四万名住院患者的匿名健康数据[^3]。该数据集由麻省理工学院计算生理学实验室维护，并广泛应用于研究领域。 #### 主要组成部分 - **Concepts 文件夹**: 包含用于提取患者生命体征和其他重要参数的 SQL 查询脚本。这些查询可以帮助研究人员快速定位所需的具体信息。 - **Durations 表格**: 记录了每位病人在 ICU 的停留时间以及其他相关的时间间隔度量，对于分析治疗效果和病情进展非常有用。 - **Firstday 子目录**: 提供了一套预先定义好的函数来获取入院最初24小时内收集的关键生理特征，简化了初期数据分析的工作流程。 #### 使用指南 为了利用这个丰富的资源开展机器学习实验或其他形式的研究工作，可以借助 `mimic3-benchmarks` 工具包来进行准备阶段的操作。此工具允许用户轻松创建适合特定应用场景的标准测试集合[^1]： ```bash cd path/to/mimic3-benchmarks/ python setup.py install ``` 安装完成后，在命令行界面执行如下指令即可启动整个过程: ```bash python -m mimic3benchmark build_all [PATH_TO_MIMIC-III_CSVS] --output_dir ./data/root/ ``` 上述代码会读取指定路径下的原始 CSV 文件并将其转换成结构化的表格存储于目标文件夹内[^2]。 通过这种方式获得的数据集可以直接投入后续建模工作中去，极大地提高了工作效率的同时也保证了结果的一致性和可重复性。
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