ITK-SNAP分割标注教程
首先在左下角的搜索栏中输入ITK
单击应用即可打开软件
点击软件任务栏中的File-Open Main Image … 即可得到以下红色箭头所指的小界面
点击红色箭头处即可进入图像所在文件夹路径。如下红色箭头处所指。
双击需要勾画的类别文件夹
单击需要勾画的图像文件,最后点击打开即可
点击finish跳过
点击红色箭头处切换视窗
得到这个界面
可左键单击红色箭头处,将十字线移到左边,方便观看
左键单击红色箭头处,可跳转至导入标签界面
左键单击红色箭头处Actions. . .
选择Import Label Descriptions…,出现以下小界面
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# ITK-SnAP Label Description File
# File format:
# IDX -R- -G- -B- -A-- VIS MSH LABEL
# Fields:
# IDX: Zero-based index
# -R-: Red color component (0..255)
# -G-: Green color component (0..255)
# -B-: Blue color component (0..255)
# -A-: Label transparency (0.00 .. 1.00)
# VIS: Label visibility (0 or 1)
# IDX: Label mesh visibility (0 or 1)
# LABEL: Label description
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0 0 0 0 0 0 0 "Clear Label"
1 162 47 47 1 1 1 "leftVentricle"
2 0 255 0 1 1 1 "leftAtrium"
3 0 0 255 1 1 1 "rightVentricle"
4 255 255 0 1 1 1 "rightAtrium"
5 0 255 255 1 1 1 "inferiorVenaCava"
6 255 0 255 1 1 1 "LeftVentricularOutflowTractView"
7 255 239 213 1 1 1 "PulmonaryArtery"
8 110 110 217 1 1 1 "ShortAxisViewOuterRing"
9 217 160 105 1 1 1 "AorticValve"
10 171 16 145 1 1 1 "RightVentricularOutflowTractView"
点击Browse. . .选择标签文件并将点击打开
点击OK后出现以下小界面即可点击Close
以下正式开始勾画分割标注
点击图中1号红色框,在2号红色框中选择你所需要的标签,即可开始勾画
在红色箭头出按住右键,上下移动即可实现放大与缩小,便于勾画边界
按住左键拖动鼠标沿着边界勾画分割区域
按多几下(一般是两下,但有时需要多按几下,按到填充出来为止就好)回车键即可自动填充一下区域
对于画少了的区域可以放大勾画
对于画多了的区域可以先在红色框中选择Clear Label,再在红色箭头处将多余的区域画出来,按两下回车即可消除
不小心点歪的线可以通过按退格消除
出现以下弹窗说明没有体素更新,意思是你勾画的区域的标签与原标签相同,所以这时可以点击Close,然后检查红色框处的标签有没有选错
勾画完一张图后,滚轮往下画一下即可到下一张图像
点击1框后,可以在2框处看到当前所在的图像位置,如图显示,当前图像在整个视频的第150帧图像
最后所有图像勾画完后按Ctrl+S即可弹出保存界面,点击Finish即可
只勾画完部分图像,先行保存标注结果,再次勾画时导入标注的流程如下
打开ITK-SNAP软件,左键单击红色箭头出未勾画完的视频
左键单击红色框切换视图
点击任务栏中Segmentation,选择Open Segmentation … 选择保存的标注文件点击打开,并点击finish跳过,即可得到上次分割标注
再次勾画完后,按Ctrl+S即可保存新标注结果