【图像分割】ITK-SNAP分割标注教程

只搬烫手的砖

已于 2023-12-05 08:24:06 修改

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文章标签： ITK分割标注

于 2022-10-17 21:11:53 首次发布

本文链接：https://blog.csdn.net/qq_44747572/article/details/127376410

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ITK-SNAP分割标注教程

首先在左下角的搜索栏中输入ITK
在这里插入图片描述

单击应用即可打开软件
在这里插入图片描述
点击软件任务栏中的File-Open Main Image … 即可得到以下红色箭头所指的小界面

点击红色箭头处即可进入图像所在文件夹路径。如下红色箭头处所指。
在这里插入图片描述
双击需要勾画的类别文件夹

单击需要勾画的图像文件，最后点击打开即可
在这里插入图片描述

点击finish跳过
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点击红色箭头处切换视窗
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得到这个界面
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可左键单击红色箭头处，将十字线移到左边，方便观看
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左键单击红色箭头处，可跳转至导入标签界面
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左键单击红色箭头处Actions. . .
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选择Import Label Descriptions…，出现以下小界面
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################################################
# ITK-SnAP Label Description File
# File format: 
# IDX   -R-  -G-  -B-  -A--  VIS MSH  LABEL
# Fields: 
#    IDX:   Zero-based index 
#    -R-:   Red color component (0..255)
#    -G-:   Green color component (0..255)
#    -B-:   Blue color component (0..255)
#    -A-:   Label transparency (0.00 .. 1.00)
#    VIS:   Label visibility (0 or 1)
#    IDX:   Label mesh visibility (0 or 1)
#  LABEL:   Label description 
################################################
    0     0    0    0        0  0  0    "Clear Label"
    1   162   47   47        1  1  1    "leftVentricle"
    2     0  255    0        1  1  1    "leftAtrium"
    3     0    0  255        1  1  1    "rightVentricle"
    4   255  255    0        1  1  1    "rightAtrium"
    5     0  255  255        1  1  1    "inferiorVenaCava"
    6   255    0  255        1  1  1    "LeftVentricularOutflowTractView"
    7   255  239  213        1  1  1    "PulmonaryArtery"
    8   110  110  217        1  1  1    "ShortAxisViewOuterRing"
    9   217  160  105        1  1  1    "AorticValve"
   10   171   16  145        1  1  1    "RightVentricularOutflowTractView"

点击Browse. . .选择标签文件并将点击打开

在这里插入图片描述

点击OK后出现以下小界面即可点击Close

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以下正式开始勾画分割标注
点击图中1号红色框，在2号红色框中选择你所需要的标签，即可开始勾画
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在红色箭头出按住右键，上下移动即可实现放大与缩小，便于勾画边界

按住左键拖动鼠标沿着边界勾画分割区域
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按多几下（一般是两下，但有时需要多按几下，按到填充出来为止就好）回车键即可自动填充一下区域
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对于画少了的区域可以放大勾画
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对于画多了的区域可以先在红色框中选择Clear Label，再在红色箭头处将多余的区域画出来，按两下回车即可消除
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不小心点歪的线可以通过按退格消除

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出现以下弹窗说明没有体素更新，意思是你勾画的区域的标签与原标签相同，所以这时可以点击Close，然后检查红色框处的标签有没有选错
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勾画完一张图后，滚轮往下画一下即可到下一张图像
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点击1框后，可以在2框处看到当前所在的图像位置，如图显示，当前图像在整个视频的第150帧图像
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最后所有图像勾画完后按Ctrl+S即可弹出保存界面，点击Finish即可
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只勾画完部分图像，先行保存标注结果，再次勾画时导入标注的流程如下
打开ITK-SNAP软件，左键单击红色箭头出未勾画完的视频
在这里插入图片描述

左键单击红色框切换视图
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点击任务栏中Segmentation，选择Open Segmentation … 选择保存的标注文件点击打开，并点击finish跳过，即可得到上次分割标注

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再次勾画完后，按Ctrl+S即可保存新标注结果

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【图像分割】ITK-SNAP分割标注教程

选择保存的标注文件点击打开，并点击finish跳过，即可得到上次分割标注。出现以下弹窗说明没有体素更新，意思是你勾画的区域的标签与原标签相同，所以这时可以点击Close，然后检查红色框处的标签有没有选错。对于画多了的区域可以先在红色框中选择Clear Label，再在红色箭头处将多余的区域画出来，按两下回车即可消除。点击1框后，可以在2框处看到当前所在的图像位置，如图显示，当前图像在整个视频的第150帧图像。点击图中1号红色框，在2号红色框中选择你所需要的标签，即可开始勾画。如下红色箭头处所指。
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