1.lammps常用网站
Materials project：https://next-gen.materialsproject.org/
晶体库：https://www.crystallography.net/cod/index.php
http://rruff.geo.arizona.edu/AMS/amcsd.php
http://www.crystalstar.org/Index.html/
https://aflowlib.org/prototype-encyclopedia/index.html
常用lammps命令：http://www.52souji.net/tag/lammps/
元素信息：https://periodictable.com/Properties/A/LatticeConstants.html
单位换算：https://jerkwin.github.io/gmxtools/calc/calc.html
https://www.convertunits.com/
一键求导：https://www.derivative-calculator.net/
能量单位换算：https://www.colby.edu/chemistry/PChem/Hartree.html
势参数：
https://www.ctcms.nist.gov/potentials/
http://apot.mgedata.cn/InteratomicPotentials/
https://lammpstube.com/mdpotentials/
https://cmse.postech.ac.kr/html/research/2nnmeam.htm
https://sites.google.com/site/eampotentials/
https://www.scm.com/doc/ReaxFF/Included_Forcefields.html
http://www.lasphub.com/#/lasp/nnLibrary
https://jarvis.nist.gov/jarvisff/
2.单晶Al的弛豫模拟
# ------------------------------初始化----------------------
units metal # 单位制，金属体系
dimension 3 # 模拟纬度，默认3维
boundary p p p # 边界条件，p周期性边界，f固定边界，s收缩性边界
atom_style atomic # 系统中只有原子类型
# -----------------------模拟区域信息设置------------------
lattice fcc 4.05 # 晶格，FCC面心立方，晶格长度4.05埃米
region box1 block 0 30 0 30 0 30 units box #设置模拟区域，区域名称box1，block块状，xyz方向 30埃米
#region box1 block 0 30 0 30 0 30
#region box1 block 0 30 0 30 0 30 units lattice # xyz方向30层原子(30*4.05)
create_box 1 box1 # box1区域中只有1种原子
create_atoms 1 region box1 # 向模拟区域中添加原子(ID为1)
# 模拟环境中的原子信息
mass 1 26.981 # Al，设置原子ID、质量
# ----------------------力场/势函数设置------------------------
pair_style eam/alloy
pair_coeff * * Al99.eam.alloy Al # * *通配符，使原子间相互作用
# 保存模型
write_data Al_model.xyz
timestep 0.001 # 运行时间步长，0.001皮秒
velocity all create 300 12345 #创建初始温度，所有原子300K，随机种子12345
fix 1 all npt temp 300 300 1 iso 0 0 1 #fixID为1，所有原子npt系综，初始温度300，结束温度300，阻尼系数1，iso控压方式(耦合)，初始压强0，结束压强0，阻尼系数1
#设置输出信息/格式
thermo 1000 # 每N步在显示器上输出一次
thermo_style custom step lx ly lz press pxx pyy pzz pe temp # 设置输出样式，lx x方向长度，pxx x方向压力，pe势能
dump 1 all custom 1000 Al.xyz type x y z # 每N步在文件中输出一次
#设置运行步数
run 20000
3.高熵合金FeCoNiCr的升温模拟
# --------------------------------初始化----------------------------
units metal # 单位制
dimension 3 # 维度
boundary p p p # 边界条件
# ----------------------------模拟区域信息设置--------------------
lattice fcc 3.6149 # Cu晶格
region box1 block 0 15 0 15 0 15
create_box 4 box1 # 设置原子 种类数
create_atoms 1 region box1 # 向模拟区域中添加第一类Fe原子
# 原子类型转化，将Fe原子部分转化为其他原子
# set type 被转换原子种类ID type/ratio 准换原子种类ID 转换比例 随机种子
set type 1 type/ratio 2 0.25 87393 # 0.25 * 1.0= 1/4 Cr原子
set type 1 type/ratio 3 0.33333 87393 # 0.33333 * 0.075 = 1/4Ni原子
set type 1 type/ratio 4 0.5 87393 # 0.5 * 0.5 = 1/4 Co原子 四种原子各占1/4
# 模拟环境中的原子信息
mass 1 55.845 # Fe
mass 2 51.996 # Cr
mass 3 58.693 # Ni
mass 4 58.933194 # Co
# -------------------------力场/势函数设置--------------------------
pair_style eam/alloy
pair_coeff * * FeNiCrCoCu-heafixed.setfl Fe Cr Ni Co
# 保存模型
write_data CoCrFeNi_model.xyz
timestep 0.001 # 0.001ps = 1fs
velocity all create 300 12345 # 对原子组创建初始速度
fix 1 all npt temp 300 3500 0.1 iso 0 0 0.1 # 100*timestep
# 设置输出信息/格式
thermo 1000 #每N=1000步在显示器输出一次
thermo_style custom step lx ly lz press pxx pyy pzz pe temp
dump 1 all custom 1000 CoCrFeNi.xyz type x y z
# 设定运行步数
run 20000
4.单晶Al的拉伸模拟
# Input file for uniaxial tensile loading of single crystal aluminum
# ----------------------initialization/初始化-------------------
units metal
dimension 3
boundary p p p
atom_style atomic
variable latparam equal 4.05 # 定义常量，晶格长度
# ------------------atom definition/定义原子------------------
lattice fcc ${latparam}
region whole block 0 30 0 30 0 30 # 定义区域whole
create_box 1 whole # 定义原子种类数
lattice fcc ${latparam} orient x 1 0 0 orient y 0 1 0 orient z 0 0 1
# orient 设置x方向100，y方向010，z方向001
create_atoms 1 region whole # 向区域中填充种类1的原子
# ---------------------force fields/力场-------------------------
pair_style eam/alloy
pair_coeff * * Al99.eam.alloy Al
# ----------------------settings/设置--------------------------
compute csym all centro/atom fcc # 计算操作，csym命名，所有原子，参考FCC计算中心对称参数
compute peratom all pe/atom # 计算操作，peratom命名，所有原子，计算原子势能
# equilibration/平衡化
reset_timestep 0 # 将当前模拟步长置0
timestep 0.001 # 0.001 ps = 1 fs
velocity all create 300 12345 mom yes rot no # 创建初始温度，线性动量(mom)为零，角动量(rot)非零
fix 1 all npt temp 300 300 0.1 iso 0 0 1 drag 1 # drag 1 阻尼值为1，对温度和压力
# set thermo output/设置热力学输出
thermo 1000
thermo_style custom step lx ly lz press pxx pyy pzz pe temp #设置输出样式
# run for at least 10 picosecond(assuming 1 fs timestep)
# 运行至少10皮秒（假设1 fs时间步长）
run 50000 # 弛豫
unfix 1 # fix为1操作解除
# store final cell length for strain calulations/存储应变计算的最终晶格长度
variable tmp equal "lx" # 定义变量，设为x方向的长度lx
variable L0 equal ${tmp} # 设置L0为盒子初始长度，L0不随lx变化
print "Initial Length,L0:${L0}" # 输出初始长度
# deformation/变形
reset_timestep 0 # 当前模拟步长置0
fix 1 all npt temp 300 300 0.1 y 0 0 1 z 0 0 1 drag 1 # y 0 0 1 z 0 0 1，对y和z方向控压，
variable srate equal 1.0e10 # 定义变量
variable srate1 equal "v_srate / 1.0e12" # 定义应变率计算公式
fix 2 all deform 1 x erate ${srate1} units box remap x # deform变形，每1步执行一次，x方向，units box单位制与盒子相同，remap x在盒子产生变形时将位置重新映射，但原子速度不变
# output strain stress info to file/将应变应力信息输出到文件
# for units metal,pressure is in 1[bars] = 100 [kPa] = 1/10000 [GPa]
# 对于金属单位，压力单位为1 [bars] = 100 [kPa] = 1/10000 [GPa]
# p2，p3，p4 are in Gpa
variable strain equal "(lx - v_L0)/v_L0" # 定义应变计算公式
variable p1 equal "v_strain" # p1为应变
variable p2 equal "-pxx/10000" # p2为x方向应力
variable p3 equal "-pyy/10000" # p3为y方向应力
variable p4 equal "-pzz/10000" # p4为z方向应力
fix def1 all print 1000 "${p1} ${p2} ${p3} ${p4}" file Al_SC_100.def1.txt screen no
# 每1000步，将p1、p2、p3、p4输出到Al_SC_100.def1.txt文件中，sreen no不在屏幕上显示
# use cfg for atomeye/用atomeye写cfg
dump 1 all custom 5000 dump_tensile.lammpstrj mass type xs ys zs c_csym c_peratom fx fy fz
# 每5000步输出一次，dump_tensile.lammpstrj文件，xs ys zs xyz方向收缩后长度，fx fy fz xyz方向拉力
dump_modify 1 element Al # 将in文件元素名称与lammps默认的相关联
# display thermo/显示热力学信息
thermo 1000
thermo_style custom step v_strain temp v_p2 v_p3 v_p4 ke pe press # ke动能
run 200000
# simulation done/模拟完成
print "All done!"
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