lammps 案例：金球融化模拟代码练习

分享一个金球融化过程的lammps模拟案例。

主要包含的知识点：
（1）建模
设置晶格后建立一个151515晶格的box，box内全部填充Au原子。
在box内设置一个球形的区域（region），使用delete_atoms命令删除球形区域外的Au原子，实现金球的建模。
（2）势函数设置

pair_style eam                             
pair_coeff * * Au_u3.eam 

本例只含有1种原子，使用eam势，设置方式比较简单，Au_u3.eam后不需要加原子列表。
（3）nvt系综下的升温

fix 2 all nvt temp 298 2400 0.1

温度有298K升温至2400K，升温时间=模拟步数*timestep=150ps，因此可得升温速率=（2400-298）K/150ps。
设置不同的模拟步数可实现不同升温速率下的模拟。
in文件代码如下：

#模拟基本参数
dimension 3
units		metal  
atom_style	atomic                      
boundary        p p p                       
#设置晶格参数
lattice		fcc 4.0782                     
region		box block 0 15 0 15 0 15
create_box	1 box         
#在box内填充Au原子             
create_atoms	1 box                       
mass		1 196.97                       
#设置一个球形区域，取球形的外侧
region sph sphere 7.0 7.0 7.0 4.0 side out
#删除球形外侧区域原子，只保留球内原子
delete_atoms region sph       
#设置ema势              
pair_style eam                             
pair_coeff * * Au_u3.eam                   
#近邻列表参数定义
neighbor	3.0 bin  
#每20步更新一次近邻列表                  
neigh_modify	every 20 delay 0 check no  
#能量最小化
minimize 1.0e-8 1.0e-8 10000 100000             
min_style cg                                  
#模拟步长
timestep 0.001                            
reset_timestep 0.0
#热力学信息输出
thermo		5000         
#自定义输出：步数、势能、动能、 温度、体积、压力                                
thermo_style custom step pe ke temp vol press          
#初始化温度298K
velocity all create 298 39849 mom yes rot yes dist gaussian
#1000步保存一次模拟结果
dump 1d all custom 1000 dump.melt id type x y z	
#nvt系综下由298K->2400K，实现融化
fix             2 all nvt temp 298 2400 0.1
#运行150000步            
run  150000

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