qq_45186661的博客

原创 From AdsorbateAtoms.vtk to Snapshot

2.用matlab读入，坐标归一化，注意如果是2 2 2 ，应该在归一化之后再分别处以2才对，检查一下是否在【0，1】3.cif文件的裁剪：只剩下label、xyz，注意，如果是2 2 2 ，应该导入MS，扩胞，保存到cif。4.matlab数据导入到Excel，格式整好，合并。1.删掉.vtk前几行文字。

原创 Dmol3: geometrical optimization of adsorption location

原创 vtk转cif

vtk三维坐标为输入参数vtk2cif.mcif坐标为输出参数放在iraspa或diamond中就可以看见但有一个问题就是晶胞以外的原子不展示，需要手动添加。

原创 visualization中的input文件

自己整理的较全的版本BoxLengths 40.044 39.798 53.532 // the lengths of the cell-vectorsCellAngles 90.0 90.0 90.0 // the angles of the cell-vectorsOutputFileName "MFI-2x2x4-XZ-view-density" // the name of the output-fileFrameworkAtoms OFF /...

原创 Visit读AdsorbateAtoms

把AdsorbateAtoms.vtk文件中的第二大部分Line去除，即可读但更为关键的问题是，如何成键

原创 汇编vtk文件

mkdir buildcd buildcmake ..make

原创 density作图

注意修改input文件中的内容../XXX意味着在上一级目录寻找XXX

原创 Snapshot作图

1.获得AdsorbateAtoms.vtk文件把平衡算例中input文件、run文件、Restart文件夹保留input文件中循环步数改为0，restart 改为yesRestart文件夹改为RestartInitial计算可得吸附质位置文件2.把所需vtk文件放一起3.执行main.cxx4.修改input文件，出图注意：原子可能是不能设置Opacity，只能默认为1...

原创 MOF吸附常用图

1.吸附密度图MS导出正交晶格——iRASPA计算He孔隙率——RASPA计算——VisIt作图2.能级分布图（显示孔隙）iRASPA3.孔隙分布图RASPA的PSD4.势能分布图PEGrid

原创 PEGrid使用方法

************************************2022.3.16*******************************************该代码在Julia程序中运行，但由于2015年以后就没有更新，不能用目前的Julia版本（1.4.2）运行有两种方案：用当时的版本（估计为0.6或更早的版本）进行计算，但需要把完全匹配才行，包括一系列的相互依赖的运行包 对代码进行手动更新，已经完成，适配1.4.2*************...

原创 PACMOF电荷计算方法

python3import pacmofpacmof.get_charges_single_serial('/home/ybz/Desktop/ACOCOM_clean.cif', create_cif=True)第一次运行时会出现很多warning（由于所依赖库的版本更新后原先的代码仍可运行但有可能会出现问题），只要看到进度条在跑就没有问题计算完成后，带电荷的cif文件生成在‘/home/ybz/Desktop/pacmof-master‘中...

原创 EQeq计算电荷

1.Linux :Open Babelcif文件放到build文件夹obabel 1.cif -O2.cif --partialcharge<eem>没有eqeq计算方法2.Linux :EQeqcif文件放到eqeq文件夹g++ main.cpp -O3 -o eqeq./eqeq my_file.cif原子数太多的算不了3.Win :Open Babel GUI转换成mol2格式...

原创 CAD去掉标注中的数字

选中标注，按x，回车此时标注已经分解，再选中数字，可删除

原创 Origin在原图上添加图线

1.在book选框里选中数据2.点一下graph选框3.

原创 Origin上下标

1.单位可以直接上下标2.别的地方：上标：\+(内容)下标：\-(内容)

原创 origin添加列

第一种：右键，insert第二种：ctrl+D

原创 tecplot合速度

速度合成Date—Alter—specify equations项输入公式：{velocity}=sqrt(v5**2+v6**2+v7**2)，然后按compute，

原创 tecplot切面

注意要选择Volume Zone

原创 tecplot有效数字位数

在contour--->details--->labels 中，最下面有一个Number Format

原创 tecplot在legend中加上单位

粗体 <b>...</b>斜体 <i>...</i>上标 ^...下标 _...希腊字母 <greek>...</greek>数学符号 <math>...</math>特殊符号 <userdef>...</userdef>...

原创 tecplot修改legend标题

双击

原创 tecplot改变云图显示范围

原创 tecplot选择变量

原创 tecplot改变坐标轴范围

双击该轴，改range

原创 tecplot改变x轴y轴

原创 从excel提取.dat格式文件

1.数据，从文本2.找到.dat文件3.分列4.分隔符为空格5.完成