EQeq计算电荷

最新推荐文章于 2023-03-19 19:55:09 发布
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分类专栏： MOF 文章标签： 科技
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版权

1.Linux :Open Babel
cif文件放到build文件夹
obabel 1.cif -O2.cif --partialcharge<eem>

没有eqeq计算方法

2.Linux :EQeq
cif文件放到eqeq文件夹
g++ main.cpp -O3 -o eqeq
./eqeq my_file.cif


原子数太多的算不了

3.Win :Open Babel GUI
转换成mol2格式
 

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weixin_42352453的博客
05-25 2087
Data文件书写步骤lammps中关键的一步是data文件的建立，这里总结3种不同的方法来建立data文件。(个人推荐方法二)方法一：首先通过Ms建立模型，然后输出cif或者pdb格式文件(最好用pdb格式文件，因为pdb格式文件包含电荷)；其次，通过Atomsk进行格式转化，将cif格式转换成lammps识别的lmp格式文件；(注意：MS导出cif格式经过atomsk转换成.Lmp格式，data...
安装egulp电荷计算
qq_37974253的博客
06-15 257
使用Egulp进行MOF的Qeq计算
PACMOF电荷计算方法
qq_45186661的博客
03-16 537
python3 import pacmof pacmof.get_charges_single_serial('/home/ybz/Desktop/ACOCOM_clean.cif', create_cif=True) 第一次运行时会出现很多warning（由于所依赖库的版本更新后原先的代码仍可运行但有可能会出现问题），只要看到进度条在跑就没有问题 计算完成后，带电荷的cif文件生成在‘/home/ybz/Desktop/pacmof-master‘中 ...
奇技淫巧第五期
frank_haha的博客
01-25 1517
这段时间比较忙，今天抽空整理一下12月份的知识点。 目录一点点python 一点点python
记录一下Autodock等系列对接时ligand的pdbqt文件批量准备
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09-23 2303
CADD
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DrugAI
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等效电荷法计算电场
04-26
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csm_csm_模拟电荷法_电场计算_
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《模拟电荷法在高压架空输电线下二维电场计算中的应用》 模拟电荷法（Charge Simulation Method，CSM）是一种广泛应用于电磁场计算的技术，尤其在高压电力系统中，对于研究输电线路周围电场分布具有重要的理论与...
理想电荷泵模型
01-20
早的理想电荷泵模型是J．Dickson在1976年提出的，其基本思想就是通过电容对电荷的积累效应而产生高电压，从而使电流由低电动势流向高电动势，当时的这种电路是为了提供可擦写EPROM所需要的电压而设计出来的。...
36b0e28524c3_matlab_模拟电荷法_静电场计算_
09-29
在本项目中，我们主要探讨的是使用Matlab进行模拟电荷法来计算静电场的问题。模拟电荷法是一种常见的数值方法，它通过将连续的电荷分布离散化为一系列的点电荷，然后根据库仑定律计算这些点电荷之间相互作用产生的...
生物大分子中的原子等效电荷分布计算 (2009年)
04-23
生物大分子的动力学模拟, 对理解或探索生物大分子生物学功能的相互关系具有重要的指导意义. 而生物大分子动力学模拟中, 其分子中原子等效电荷分布的推算或描述, 则是模拟过程中的重要方面. 本文基于密度泛函理论框架的电负性均衡法和基于分子轨道理论的Qeq方法对生物大分子中原子等效电荷的分布进行概要地模拟和分析; 同时对这些方法的生物学领域的应用以及最新研究进展作简要阐述.
30799194feb07970f09e89f0d35cedad_matlab_模拟电荷法_电场计算_高压输电_
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怎么使用openbabel的pybel？
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gcc & g++现在是gnu中最主要和最流行的c & c++编译器 。 g++是c++的命令，以.cpp为主，对于c语言后缀名一般为.c。这时候命令换做gcc即可。其实是无关紧要的。 其实编译器是根据gcc还是g++来确定是按照C标准还是C++标准编译链接。 下面以Test.cpp为例： 命令： g++ Test.cpp 功能：生成默认为a.exe的文件，这个过程包含了编译
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LAMMPS的.dimer文件 中types举例解释
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在 LAMMPS 的 .dimer 文件中，types 是指模拟体系中所使用的粒子类型。例如，在模拟水分子的系统中，可能会使用两种粒子类型：氧原子和氢原子。这时，types 可以设置为： ``` types 2 1 O 2 H ``` 其中，types 的值是 2，表示使用了两种粒子类型。1 和 2 是两种粒子类型的编号，分别对应氧原子和氢原子。在模拟过程中，LAMMPS 会根据这些类型信息对粒子进行分类，并根据不同类型的粒子之间的相互作用力计算系统的能量和运动状态。 需要注意的是，types 中的类型名称需要与输入文件中定义的粒子类型名称相同。例如，在上述例子中，输入文件中定义氧原子的名称为 O，而不是其他名称。如果名称不匹配，LAMMPS 将无法正确识别粒子类型，导致模拟结果不准确。

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