《PyRosetta&Pymol》配置日记

《PyRosetta&Pymol》配置日记¹

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1. 虚拟机篇

PyRosetta对Windows用户非常不友好，依赖Linux系统，所以先来搞定Linux

1.1 资源准备

• VMware Workstation Pro虚拟机模拟软件
• linux系统镜像文件

1.2 VMware Workstation Pro

• 登录VMware官网–>WMware

• 在应用和云–>查看所有产品

• 在左侧目录栏–>支持产品–>桌面Hypervisor–>Workstation Pro

• 在网页下面有试用 Workstation 16 Pro选项(大家尽量支持正版官方授权，保命！)

• 进入之后在网页下面，选择下载Workstation 16 Pro for Windows就好了，毕竟我用的是Windows,用mac的同志希望有所借鉴，展示一下安装包
  

• 安装的时候就正常安装就可以了，划上增强型键盘驱动程序选项，然后安装路径也是可以自定义改的。

• 在安装完成的最后一个界面，会让你选要不要输入license

  • 不输入是试用版免费使用1月
  • 输入的话，应该输入正版授权key
    这里建议大家去淘宝购买正版授权码，小小28元子
    想白嫖的话，这里有个码：CC398-2YE9H-M8EQZ-ZQXEC-NURU2
    (不稳定，不知道啥时候就用不了了)

• 至此，虚拟机安装完成

1.3 安装Linux系统

• 在Ubuntu官网下载Linux系统镜像文件–>Ubuntu
• 在Download–>20.04LTS
• Linux系统镜像文件，像这样

1.4 创建Linux系统虚拟机

• 打开WMware Workstation Pro，选择创建虚拟机–>典型(推荐)–>下一步

• 选择安装程序光盘映像文件–>输入1.2中下载的那个Linux映像文件–>下一步

• 然后就等着就完了，安装后开启虚拟机之后，又是一顿等待，等待完了就会进入linux界面

• 期间有一些输入密码，虚拟机名，用户名，读者自行命名

虚拟机名：是这台虚拟机器的名字，无所谓的
用户名：就很重要了，是指你这个操作者在这台机器上获得资源时的代号，在终端操作时用的名字，和在上传和下载数据时用的名字
密码：越简单越好，比较以后输入密码是看不见的

• 至此，一台运行Linux系统的虚拟机配置完成。

2. Anaconda篇

2.1 配置网络环境

因为要通过网络从本机上传(下载)到(从)虚拟机
我选择直接用Windows自带的SCP和powershell
有WinSCP和Xshell的自便哈
在linux桌面，右键–>open terminal进入终端

• 先安装基础应用vim,gcc,net-tools

sudo apt install vim            #用于文本编辑
sudo apt install gcc            #用于编译C文件
sudo apt install net-tools      #用于查看网络变量

• 配置远程登陆ssh
  • 安装open ssh

    sudo apt-get install openssh-server
    

  • 编辑配置文件，允许以用户名通过ssh登陆：

    sudo vim /etc/ssh/sshd_config
    #进入文件编辑器，输入i开始编辑，esc+wq!保存退出
    #在文件底部加入
    PermitRootLogin prohibit-password
    PermitRootLogin yes 
    

  • 然后重新启用配置

    sudo service ssh restart
    

  • 获得虚拟机IP地址,输入

    ifconfig
    

    
    第一段第二行 inet后面的就是IP地址
• 检查是否成功
  • 在Windows系统下输入win+r,然后输入powershell
  • 然后输入登陆指令（初次链接，要输入yes确认）

  ssh 用户名@虚拟机IP地址
  

  • 然后输入密码（是看不见的，输就完了）就连上了，出现以下界面就成功，没出现报错的话，就问度娘吧。
• 至此网络配置成功

2.2 配置Anaconda

• 去官网下载Anaconda3的linux版本安装包(.sh)文件–>Anaconda
  
• 下载Linux下的第一个文件就可以了（64-Bit(x86) Installer）
• 下载下载之后,通过scp传到虚拟机上,在windows上win+r,输入cmd，然后输入一下命令

#这时候虚拟机要处于开机状态
scp "anaconda文件系统路径" 用户名@虚拟机IP地址:虚拟机文件路径

• 进入虚拟机，找到上传上来的anaconda安装文件

bash anaconda安装文件.sh

• 然后让输入yes就输入yes，让按enter就按enter
• 安装好了之后，重启一下终端
• 配置anaconda的系统环境变量

#打开系统文件
vim /etc/profile
#在文件底部加入
export PATH=$PATH:~/anaconda3/bin #就是安装的anaconda3的系统路径
#退出文件编辑器，应用系统文件
sudo source /etc/profile

• 重启终端
• 配置anaconda的channel

conda config --set show_channel_urls True
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --set report_errors true
conda config --set ssl_verify true

• 业内人士请用

show_channel_urls: true
channels:
  - https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
  - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
  - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
  - defaults
report_errors: true
ssl_verify: true

• 至此anaconda配置完成

Pyrosetta&Pymol篇

下载Pyrosetta安装文件

Pyrosetta和Pymol是学生免费的，去官网申请个License吧

• 去官网下载PyRosetta.whl文件–>Pyrosetta(需要账号密码的，去官网申请License就有了)
• 点Package下的pyrosetta
• 下载对应个人python版本的wheel文件，我用的3.6的，注意读英文，下载链接啥的都有，用英文标的,还注意要对好型号，Ubuntu的Linux版本的wheel文件
  我下的是Linux->Ubuntu->Python-3.6 Release.wheel(1.5G)
• 下载好了之后，用SCP传到虚拟机上

创建Python环境+Pyrosetta&Pymol

• 进入虚拟机，用conda创建环境

conda create -n 环境名 python=python版本 #我用的3.6
#创建好了之后，激活环境
conda activate 环境名

• 我的环境名是renk，以下环境名用renk替代

#找到刚上传上来的Pyrosetta安装文件(.whl)
pip install Pyrosetta文件名.whl

• 安装Pymol

conda install -c schrodinger -n renk pymol

建立Pyrosetta和Pymol的连接

• 打开pymol

#进入anaconda prompt
source activate renk
#进入pymol
pymol

• 打开File>Edit pymolrc，编辑文件，在其中添加（根据自己的Pyrosetta安装的地址填写）

run ~/anaconda3/envs/renk/lib/python3.6/site-packages/pyrosetta/PyMOLRosettaServer.py

• 重启Pymol有一下字样表示成功

PyMOL <---> PyRosetta link started!
at 127.0.0.1 port 65000

• 实物展示
• 至此完结撒花

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1. 建议同志们在有软件方向的朋友下辅助完成 ↩︎