batch effect
我的心永远是冰冰哒
这个作者很懒,什么都没留下…
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DCA 安装踩坑记录
之前一直想装DCA,出现各种问题,主要是tensorflow版本和keras版本不对应的问题,成功安装的步骤记录如下:首先创建DCA环境conda create -n DCA python==3.6.10安装DCAconda install -c bioconda dca另外可以测试是否导入出现问题,使用下面代码from dca.api import dca这时会发现提示错误,没有安装tensorflow, 这里就涉及到一个tensorflow的版本问题,我尝试过tf=2.2.0和tf=原创 2022-04-28 09:14:47 · 1739 阅读 · 0 评论 -
Seurat数据集处理流程
多数据集pancreas数据集suppressMessages(require(Seurat))suppressMessages(require(ggplot2))suppressMessages(require(cowplot))suppressMessages(require(scater))suppressMessages(require(scran))suppressMessages(require(BiocParallel))suppressMessages(require(Bio原创 2022-04-17 09:18:50 · 1097 阅读 · 0 评论 -
scanpy子图显示问题
对于scanpy来说,虽然直接使用sc.tl.umap(),可以直接画一行的多列图,但是必须每一列的表现形式一样,这样有一点不美观,例如我有两列的图,第一列是celltype的分布图,第二类是对应的louvain聚类图,但是louvain聚类图我希望legend_loc=“on data”,这个时候用sc.tl.umap()...原创 2021-10-30 16:27:48 · 1084 阅读 · 0 评论