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R
我的心永远是冰冰哒
这个作者很懒,什么都没留下…
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suppressMessages使用
suppressMessages使用原创 2023-03-09 10:00:44 · 149 阅读 · 0 评论 -
ubuntu装R和rstudio
ubuntu安装R和rstudio原创 2022-12-08 17:28:10 · 376 阅读 · 0 评论 -
R package调试
R package 调试总结原创 2022-07-30 13:30:44 · 207 阅读 · 0 评论 -
R安装包出现error in rawtochar(block[seq_len(ns)]) :
R安装包问题error in rawtochar(block[seq_len(ns)]) :原创 2022-07-29 23:25:05 · 790 阅读 · 0 评论 -
ggplot2学习总结
ggplot2使用总结原创 2022-07-25 22:19:40 · 1656 阅读 · 2 评论 -
pd.melt() vs reshape2::melt()
pd.melt vs reshape2::melt()原创 2022-07-25 08:07:45 · 399 阅读 · 0 评论 -
R奇怪语法总结
R奇怪语法总结原创 2022-07-25 00:27:13 · 88 阅读 · 0 评论 -
ggplot2颜色设置总结
ggplot颜色设置总结原创 2022-06-23 11:39:04 · 3034 阅读 · 0 评论 -
从0开始搭建生物信息学R环境(踩坑记录)
# 测试Seurat包rm(list=ls())suppressMessages(require(Seurat))suppressMessages(require(ggplot2))suppressMessages(require(cowplot))#suppressMessages(require(scater))#suppressMessages(require(scran))#suppressMessages(require(BiocParallel))#suppressMessag.原创 2022-05-26 10:59:56 · 1848 阅读 · 0 评论 -
R 创建文件夹和子文件夹
测试案例1main_dir="./"sub_dir="fassafsdfa"## Provide the dir name(i.e sub dir) that you want to create under main dir:output_dir <- file.path(main_dir, sub_dir)if (!dir.exists(output_dir)){dir.create(output_dir)} else { print("Dir already exists原创 2022-05-24 19:40:39 · 4552 阅读 · 0 评论 -
Rtsne的问题总结
今天在造dropout模拟数据集的时候,发现了一个问题,Rtsne的结果和skelarn中的tsne画图结果非常不同,让我感到很好奇,到底是什么原因导致这个的%load_ext rpy2.ipython%%R -o counts -o truecounts -o geneinfo -o cellinfo# make sure that splatter is installed: https://github.com/Oshlack/splattersuppressPackageStartupM原创 2022-05-08 22:27:33 · 748 阅读 · 0 评论 -
Seurat数据集处理流程
多数据集pancreas数据集suppressMessages(require(Seurat))suppressMessages(require(ggplot2))suppressMessages(require(cowplot))suppressMessages(require(scater))suppressMessages(require(scran))suppressMessages(require(BiocParallel))suppressMessages(require(Bio原创 2022-04-17 09:18:50 · 1055 阅读 · 0 评论 -
Officer使用总结
预备工作officer包安装,不用之前安装ReporteRs包之前安装那么复杂,直接安装install.packages("officer")# R4.1.1可以参考教程1. https://zhuanlan.zhihu.com/p/3404068202. https://zhuanlan.zhihu.com/p/1110270363. https://blog.csdn.net/ToyPython/article/details/907805954. https://ardata-fr.g原创 2022-04-09 17:34:58 · 1256 阅读 · 0 评论 -
jupyter R 设置图片大小
options(repr.plot.width = 12, repr.plot.height = 5)在最开始的cell处加入以上代码即可原创 2022-02-28 22:54:07 · 1786 阅读 · 2 评论 -
SeuratData下载数据缓慢且失败问题解决
解决办法(离线安装)第一步:首先找到上面显示的数据的下载网址http://seurat.nygenome.org/src/contrib/ssHippo.SeuratData_3.1.4.tar.gz用浏览器打开该网址,直接下载保存到本地电脑,我保存到了/Users/xiaokangyu/Downloads/Seurat/第二步: 安装本地包可能需要一定的时间,稍微等待一下第三步:导入数据参考https://github.com/satijalab/seurat-data/issue.原创 2022-02-27 18:07:05 · 2362 阅读 · 0 评论 -
linux下修改R的启动版本
查看R版本如果使用which R那么得到的不是所有的R版本如果想查看所有的R版本,应该使用whereis R可以看到只有使用whereis R才能显示出所有的R版本,至于为什么两个R版本不一样,因为一个是处于docker环境中,另一个处于主环境中接下来就是我怎么判断我的kernel使用的是哪个R可以使用R.home()来得到该r启动的路径现在的问题变成了怎么切换R的环境变量,首先如果不修改R的环境变量现在如果我想进入这个R3.6.3版本的环境那么在执行R之前,加入修改R的启动版原创 2021-11-16 16:00:33 · 3534 阅读 · 0 评论 -
R 选取一列仍然保持是data.frame
注意在R中,选取一列和选取两列的到的结果完全不一样原创 2021-11-14 20:08:44 · 1079 阅读 · 0 评论 -
R markdown中使用reticulate
output: prettydoc::html_pretty: theme: architect highlight: githublibrary(reticulate)use_condaenv("BERMUDA",required = T)#这里必须加上T,否则可能会有问题import seaborn as snsimport matplotlib.pyplot as plttips = sns.load_dataset("tips")tips.head()plt.原创 2021-10-31 15:12:24 · 147 阅读 · 0 评论 -
R factor类型和integer类型映射关系的保存
参考https://cran.r-project.org/web/packages/gdata/vignettes/mapLevels.pdfhttp://ftp.uni-bayreuth.de/math/statlib/R/CRAN/doc/packages/gdata.pdf使用案例1rm(list=ls())library(gdata)fac <- factor(c("B", "A", "Z", "D"))map <- mapLevels(x=fac)print("====原创 2021-10-30 09:54:48 · 455 阅读 · 0 评论 -
rpy2调用R函数测试
R中函数如下python中调用程序如下:import pandas as pdimport rpy2.robjects as rofrom rpy2.robjects.packages import importrfrom rpy2.robjects import pandas2rifrom rpy2.robjects.conversion import localconverterimport rpy2.robjects as robjects robjects.r.source('./原创 2021-09-26 16:32:55 · 440 阅读 · 0 评论 -
splatter包安装总结
我之前试过,spllater包直接使用Biomanager来安装1.16.1版本的会出现问题正确安装splatter1.8.0版本的方法如下:remotes::install_github("Oshlack/splatter@RELEASE_3_9")能正常安装但是此时出现了一个问题就是因此需要安装rsvd 包,安装的方法如下install.packages("~/Downloads/rsvd_1.0.0.tar.gz", repos = NULL, type = "source")记录一原创 2021-09-25 17:13:40 · 1187 阅读 · 2 评论 -
Seurat2.3.0 mac安装
首先说明一下我的安装环境mac 版本R版本我的电脑有两个版本,使用Rswitch可以在mac里安装多个R版本其中R4.1中安装Seurat4(Seurat4和Seurat3差不多,没有多个区别)但是Seurat2和Seurat3在使用语法上差别较大,所以我在R3.6的环境中安装Seurat2.3.0下面说明一下Seurat2.3.0安装的过程中出现的问题安装代码install.packages('devtools')# Replace '2.3.0' with your desired v原创 2021-09-25 11:04:42 · 854 阅读 · 0 评论 -
mac出现Intel MKL FATAL ERROR: Cannot load libmkl_intel_thread.1.dylib
首先我遇到的情况,情形1昨天晚上使用R的library(reticulate)时,我在连接anaconda所在的base环境时,当导入pandas和numpy包时,就出现了这样的问题当时base环境中的numpy版本是* 情形2早上跑Seurat的Umap时, R kernel直接crash这里程序就崩掉了,但是之前的UMAP还没有问题,不知道为什么,但是terminal也显示Intel MKL FATAL ERROR: Cannot load libmkl_intel_thread.dy原创 2021-09-23 11:41:30 · 3218 阅读 · 0 评论 -
R一些方便的默认设置
rm(list=ls())#################----------*************------------###################### 设置当前工作路径library(rstudioapi)# Getting the path of your current open filecurrent_path = rstudioapi::getActiveDocumentContext()$path setwd(dirname(current_path ))pr原创 2021-09-22 12:31:57 · 210 阅读 · 0 评论 -
macOS 安装R kernel
首先说明我电脑的环境,首先我电脑上安装了anaconda3,但是R 和Rstudio并不是使用anaconda3中的R环境。我的R和Rstudio是在anaconda3外面自己额外安装的,上面是我的R版本现在我想在jupyter中添加R内核,步骤如下安装IRkernelinstall.packages('devtools')devtools::install_github('IRkernel/IRkernel')这里在Rstudio或者terminal中的R中输入均可继续输入IRke原创 2021-09-21 00:19:13 · 305 阅读 · 0 评论 -
解决 ld: library not found for -lgfortran
当我安装lisi package时发生了下面的错误ld: warning: directory not found for option '-L/usr/local/gfortran/lib/gcc/x86_64-apple-darwin15/6.1.0'ld: warning: directory not found for option '-L/usr/local/gfortran/lib'ld: library not found for -lgfortranclang: error: lin原创 2021-09-20 12:06:11 · 1205 阅读 · 2 评论 -
Seurat SingleCellExperiment anndata相互转化
scanpy和SingleCellExperiment和Seurat之间的转换环境安装注意点系统:macospython:anaconda(base) python3.8.8R: 4.1.1当安装rpy2时,需要注意的是安装pip install rpy2==3.4.2版本,不要安装最新版本,否则下面的例子会出现问题[外链图片转存失败,源站可能有防盗链机制,建议将图片保存下来直接上传(img-bF6bQGkY-1631809382770)(attachment:%E5%9B%BE%E7%89%8原创 2021-09-17 00:24:26 · 5194 阅读 · 0 评论 -
Biomanager设置国内镜像
有的时候,使用Biomanager下载包时,会出现下载很慢的问题,这个时候需要修改源options(BioC_mirror="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/bioconductor")原创 2021-09-16 09:15:17 · 2601 阅读 · 0 评论 -
jupyter R设置图片显示大小
library(repr)options(repr.plot.width=10,repr.plot.height=3)print(cowplot::plot_grid(scater::plotTSNE(bct.mBN, colour_by = "clust"), scater::plotTSNE(bct.mBN, colour_by = "cell.class"), scater::plotTSNE(bc原创 2021-08-08 00:14:19 · 1582 阅读 · 0 评论 -
ubuntu Rstudio不能更新镜像
不管我怎么改变这个镜像源,上面的警告语句总是存在的,在Rstudio中输入options()$repos解决办法如下:https://d.cosx.org/d/422074-ubuntu-2004-rstudio-v14原创 2021-08-07 00:08:41 · 175 阅读 · 0 评论 -
R notebook head()函数结果不输出
参考:https://stackoverflow.com/questions/57854724/head-function-is-not-showing-output-in-r-markdown原创 2021-05-25 08:42:53 · 589 阅读 · 0 评论 -
table1学习
title: “R Notebook”output:html_document:df_print: paged参考文献https://cran.r-project.org/web/packages/table1/vignettes/table1-examples.htmlhttps://stackoverflow.com/questions/54945344/p-value-column-in-table1-using-table1-function生成普通的表格suppressMes.原创 2021-04-13 14:29:00 · 529 阅读 · 0 评论