祖先祖先基因组重建研究

• 关于生物信息学中祖先基因组重建研究的那些事

• 在过去的近三十年时间中，利用基因顺序数据进行祖先基因组重建与系统发育重建取得了众多的成果。由于基因顺序数据的诸多固有优势，研究人员提出了一个又一个更为精确的模型，并利用这些研究成果还原了多个物种的真实进化历史。对于单一生物学测序来说，无疑寻找现存物种的祖先是十分困难的，而生物信息学中的祖先基因组重建为此问题提供了切实的解决方案。

• 重排操作下的基因顺序变化已经广泛用于重建祖先基因组，而此项工作从提出之初，就有着极为深刻的原因。一方面，重建已经灭绝物种的基因组对于我们了解物种的进化历史意义重大，地球上的生物从何而来，未来又将往何处去，如同探索浩瀚宇宙般无时不刻吸引着人类的好奇心。另一方面，详细的物种进化史也揭开了生命体背后基因如何变化的面纱，这对于生物制药和肿瘤研究等领域具有重要的应用价值。

• 目前已经有许多方法已经应用于祖先基因组重建，其主要分为两类：即基于事件的方法与基于邻接的方法。在基于邻接的方法中，PMAG最具代表性，其通过计算每一个基因邻接在祖先中存在的概率，再利用一系列的算法对这些邻接进行筛选组装，进而获得祖先基因组，是近年来研究的热点。

祖先基因组重建软件

到现如今，几年的时间已经过去了，再无经典的方法被提出。你在祖先基因组重建工作中有哪些疑惑呢？欢迎讨论。