- 博客(117)
- 收藏
- 关注
RSS订阅原创 毛竹泛基因组-文献精读52
毛竹（Phyllostachys edulis）是东亚地区一种在生态和经济上都具有重要价值的森林物种，在碳汇和气候变化缓解方面发挥着关键作用。然而，日益加剧的气候变化威胁着毛竹的生存。本研究中，我们为16个具有代表性的毛竹品种构建了高质量的基于单倍型的泛基因组组装，并将这些组装与427个先前重测序的品种进行了整合。对基于单倍型的泛基因组的表征揭示了广泛的遗传变异，这些变异主要发生在单倍型之间，而非品种内部。许多具有等位基因特异性表达模式的基因与气候响应相关。
2024-09-24 21:06:23
1183
原创 药用植物的空间多组学：从生物合成途径到工业应用-文献精读51
随着分子测序和成像技术的快速发展，药用植物的多组学研究进入了单细胞时代。我们讨论了空间多组学在药用植物中的应用，评估了特殊产物的生物合成途径，并重点介绍了天然产物（NPs）生物制造的应用、前景和挑战。
2024-09-22 23:25:33
697
原创 黄酮类化合物及其衍生物生物合成的进展：构建酵母细胞工厂的系统策略-文献精读50
黄酮类化合物是一类重要的天然多酚化合物，具有广泛的药理作用。近年来，酵母细胞工厂（YCFs）的系统代谢工程取得了显著进展，为增强黄酮类化合物的生产提供了新的机遇。在本文中，我们概述了酵母细胞工厂中典型黄酮类产品的最新研究进展，并详细讨论了黄酮类化合物生物合成中的先进工程策略，包括前体供给的增强、辅因子工程、核心途径的优化、竞争性途径的消除、运输限制的缓解及动态调控。
2024-09-21 23:56:46
1597
原创 hisat2安装与使用（v2.2.1）bioinfomatics tools 33
HISAT2 是一种快速且灵敏的比对程序，可用于将下一代测序读段（全基因组、转录组和外显子组测序数据）比对到人类基因组群体（也可比对到单一参考基因组）。基于对图的 BWT 扩展[1]，我们设计并实现了图 FM 索引（GFM），这是一种原创方法，并据我们所知首次实现。除了使用一个代表总体的全局 GFM 索引外，HISAT2 还使用了一大组覆盖整个基因组的小 GFM 索引（每个索引代表一个 56 Kbp 的基因组区域，共需 55,000 个索引来覆盖人类群体）。
2024-09-21 22:58:04
844
原创 filter_feature_by_attribute_value.pl-脚本03
本脚本旨在根据属性值（第九列）过滤特征。如果属性存在且值未通过测试，则该特征将被写入输出文件。如果属性存在且值通过测试，则该特征将被丢弃并写入 `_discarded.gff` 文件。如果属性标签缺失（无法应用测试），则该特征将默认写入输出文件。如果启用了 `--na_aside` 参数，则这些特征将被写入 `_na.gff` 文件。属性存储在第九列，格式为：`tag=value`。\ 删除一级或二级特征将自动删除所有关联的子特征。
2024-09-20 21:04:05
205
原创 文件权限操作-linux007
在 Linux 和 Unix 系统中，文件权限控制谁可以读取、写入或执行文件。文件权限是系统安全和管理的重要组成部分。
2024-09-20 15:00:24
491
原创 解析药用植物重楼甾体皂苷生物合成中的连续糖基化及其抗真菌作用-文献精读49
糖–糖糖基转移酶在构建复杂的具有生物活性的皂苷中起着重要作用。在本研究中，我们鉴定了一系列来自广为人知的药用植物滇重楼（Paris polyphylla var. yunnanensis）的UDP-糖基转移酶，这些酶负责生物合成生物活性甾体皂苷的分支糖链。其中，一个2′-O-鼠李糖转移酶和三个6′-O-葡糖转移酶分别催化了连续的糖基化过程，生成甾体双糖苷和三糖苷。这些UDP-糖基转移酶表现出惊人的底物多样性，生成了一系列24种萜类糖苷，其中包括15种新化合物。
2024-09-19 19:57:30
1552
原创 植物三萜皂苷生物合成途径及调控机制研究进展-文献精读48
三萜皂苷(triterpenoids saponins)是由三萜皂苷元和一个或多个糖基和/或其他化学基团缩合而成的一系列结构多样的天然化合物[1], 主要分布在五加科、蝶形花科、石竹科、桔梗科、毛茛科、玄参科、葫芦科等植物中[2]. 植物中三萜皂苷常分布在特定的器官和组织, 如人参(Panax ginseng)、桔梗(Platycodon grandiflorus)的根, 麦蓝菜(Vaccaria hispanica)的种子, 罗汉果(Siraitia grosvenori)的果实和积雪草(Centella
2024-09-12 21:00:09
700
原创 木脂素的生物合成及其微生物法生产的研究进展-文献精读47
木脂素是一类分布于植物中的次级代谢产物，由两分子苯丙素衍生物聚合而成。木脂素具有抗细菌、抗病毒和抗真菌活性，被广泛用于药物和食品中。目前，木脂素的生产主要依赖于植物提取。植物生长周期长、木脂素含量低等问题，限制了木脂素的商业应用。随着木脂素合成路径和关键酶的不断解析，木脂素的生物催化合成过程受到了越来越多的关注。本文总结了典型木脂素的生物活性、生物合成路径和微生物法生产的研究进展，可以为深入研究木脂素的微生物合成提供参考。
2024-09-12 16:49:30
901
原创 判断fastq文件是Phred33还是Phred64编码-脚本02
FASTQ文件是一种文本格式，常用于存储高通量测序（NGS）数据。每个读取序列（read）包括四行信息，具体格式如下：1. 第一行：以`@`开头，后面跟着读取序列的ID以及一些可选的描述信息。2. 第二行：读取的碱基序列（A、T、C、G）。3. 第三行：以`+`开头，后面可以是空的或附带注释。4. 第四行：质量得分的编码，表示碱基读取的准确性。seqkit安装与使用 v2.5.1（生物信息学工具-003）@SEQ_ID!
2024-09-07 19:15:43
1243
原创 天然药物化学史话：“四大光谱”在天然产物结构鉴定中的应用-文献精读46
20世纪前半叶，天然产物的结构鉴定主要还是依靠化学手段，包括一系列官能团的化学反应、化学降解、制备衍生物、化学转换甚至全合成对照等，这些方法不仅费时耗力，而且对样品量需求很大，还要求研究者有相当深厚的有机化学知识与技能，因此被视为一项极其复杂且富有挑战性的艰苦工作。如吗啡（morphine，1）和马钱子碱（士的宁，strychnine，2。
2024-09-07 15:42:42
1325
原创 天然药物化学史话:甾体化合物-文献精读45（甾体化合物化学历史综述-地表最强综述系列-45）
对甾体的化学研究与开发有力地推动了有机化学理论、有机合成化学以及其他相关学科的发展， 甾体类化合物也已成为医学与制药工业中最引人瞩目的研究领域之一。近年来研究发现，甾体激素对于肿瘤的治疗有一定疗效。将甾体激素分子用抗肿瘤药物氮芥进行结构修饰得到甾体烷化剂，这类杂合的分子在治疗与激素有关的癌症如前列腺癌、乳腺癌方面有较好的疗效， 已经应用于临床的有磷酸雌二醇氮芥（estramustine phosphate，EMP）[42]、松龙苯芥（prednimustine），结构见图 32[43]]。
2024-09-06 23:26:03
1341
原创 杨树84K品种的单细胞测序发现转录因子PagMYB31的功能-文献精读44
木材的形成涉及一系列连续的发育步骤，包括维管形成层的细胞分裂、木质部细胞扩展、次生细胞壁（SCW）沉积和程序性细胞死亡。在本研究中，我们鉴定了PagMYB31作为调节这些过程的协调者在银白杨（Populus alba × Populus glandulosa）中的作用，并构建了一个由PagMYB31介导的转录调控网络。
2024-09-03 01:25:46
1393
原创 分歧时间估计与被子植物的年代-文献精读43
准确的分歧时间对于解释和理解谱系演化的背景至关重要。在过去的几十年里，有关冠被子植物推测的分子年龄（通常估计为晚侏罗世至二叠纪）与化石记录（将被子植物置于早白垩纪）之间的差异，引发了广泛的争论。如果冠被子植物早在二叠纪甚至三叠纪就已经出现，这将对生命之树中最具影响力的类群之一的起源的古生态背景产生重大影响。我们在此论证，并通过模拟展示，分子数据和松弛时钟模型推测的较老年龄受到谱系特异性速率异质性的误导，而这种异质性是由于在维管植物演化过程中多次发生的生活史变化导致的。
2024-08-31 22:02:45
628
原创 前胡基因组与伞形科香豆素的进化-文献精读42
复杂香豆素（CCs）是伞形科植物中的特征性代谢产物，具有重要的药用价值。它们的重要功能可能是作为病原体防护剂并调节响应环境刺激。利用包括我们新近测序的前胡（Peucedanum praeruptorum）在内的34种伞形科植物的基因组和转录组，我们进行了全面的系统发育分析，以重建伞形科中CC生物合成途径的详细进化过程。我们的结果显示，三个关键酶——对香豆酰CoA 2'-羟化酶（C2’H）、C-异戊烯转移酶（C-PT）和环化酶——通过不同的基因重复方式（异位和串联重复）在伞形科的不同进化节点上依次起源。
2024-08-31 20:01:31
3011
原创 茄科四个参考基因组-文献精读41
东莨菪碱和莨菪碱（HS）是两种具有重要药用价值的莨菪烷生物碱，它们存在于茄科家族中多个关系较远的谱系中。在本研究中，我们测序了来自这些谱系的三种代表性HS产生物种的基因组，以及一种不产生HS的物种。我们的分析揭示了这三种HS产生物种中共同负责HS合成的生物合成途径。我们观察到在茄科家族中两类物种中与HS合成相关的基因高度共线性。通过在关键位点引入功能获得和功能丧失突变，我们分别验证了两类物种中与HS合成相关的关键基因功能的减少/丧失或重新激活。
2024-08-31 19:14:25
1501
原创 贴梗海棠T2T基因组-文献精读40
贴梗海棠（Chaenomeles speciosa，2n=34）是一种蔷薇科的药用和食用植物，常用于传统中药中。然而，至今为止，缺乏基因组序列和遗传学研究阻碍了提高其药用价值的努力。在此，我们报告了一种整合性的研究方法，该方法结合了PacBio HiFi（三代测序）和Hi-C支架技术，组装了高质量的贴梗海棠端粒到端粒基因组。该基因组包含650.4 Mb，contig N50为35.5 Mb。
2024-08-30 20:18:19
1506
原创 SRA ToolKit（v 3.1.1）安装和使用（Bioinformatics tools-032）
现在，公共 SRA 文件可以通过 GCP 和 AWS 云平台以及 NCBI 访问。在云端访问大多数数据需要用户在云服务提供商处拥有账户。用户的账户将因云计算或将数据复制到指定的云服务区域外而产生费用。三个地址都可以，一般选AWS快一点稳定。SRA 档案数据通过 SRA 加载过程进行标准化，并由 SRA 工具包用于读取和生成如 FASTQ、SAM 等格式。默认的工具包配置使其能够通过登录号查找和检索 SRA 运行数据。太慢了，有没有提速方式？有的，sra-tools！拆分完转化为fa文件，推荐。
2024-08-30 15:49:04
858
原创 Littorine生物合成糖基转移酶和酰基转移酶-文献精读39
一些茄科药用植物能够生产药用莨菪烷类生物碱（TAs），如莨菪碱和东莨菪碱。Littorine（littorine）是莨菪碱和东莨菪碱生物合成途径中的一个关键中间产物。然而，从前体苯基乳酸（phenyllactate）和莨菪烷醇（tropine）形成Littorine的机制尚不完全清楚。在本研究中，我们通过功能基因组学方法揭示了Littorine的生物合成途径，并功能性地鉴定了两个新的生物合成基因，这些基因编码苯基乳酸UDP-糖基转移酶（UGT1）和Littorine合酶（LS）。
2024-08-28 22:29:35
960
原创 aspera安装与使用（NCBI上传下载工具）-生物信息学工具31
IBM Aspera 采用了不同的方法来应对全球 WAN 上的大数据传输挑战。Aspera 不是优化或加速数据传输，而是使用突破性传输技术来消除潜在的瓶颈，充分利用可用网络带宽来最大限度提高速度，并快速扩展，理论上无限制。
2024-08-27 15:05:12
447
原创 conda和mamba安装与使用-生物信息学工具30
Conda 的出现极大简化了生信软件的安装与环境配置，只需通过 `conda install XXX` 命令即可完成大部分软件及其依赖的安装。Mamba 是用 C 语言重写的 Conda，具备与 Conda 相同的命令使用方式，但显著提升了下载速度和依赖解决效率。它是为 Python 程序而创造的，但它可以打包和分发任何语言的软件。除了部分软件提供预编译的可执行程序外，大多数软件需要通过执行 `./configure`、`make` 和 `make install` 等编译命令进行安装。
2024-08-25 23:47:11
486
原创 bedtools安装与使用（v2.31.1）生物信息学工具29
当前版本的 bedtools intersect 的速度与 bedops 软件包的 bedmap 相当（甚至稍快），后者也使用了类似的排序数据算法。总体而言，bedtools 工具集是一个多功能的工具包，可用于广泛的基因组分析任务。虽然每个工具都设计用于执行一个相对简单的任务（例如，交集两个区间文件），但通过在 UNIX 命令行上组合多个 bedtools 操作，可以进行相当复杂的分析。你希望识别出在两个实验中都观察到的峰（要求 50% 的相互重叠），并且对于这些峰，你希望找到最近的、不重叠的基因。
2024-08-24 18:59:41
1231
原创 LASTZ v1.04.22安装与使用-Bioinformatics工具-028
其他 LASTZ 发布版本，包括 2021 年 9 月之前的所有版本，可以在 [http://www.bx.psu.edu/~rsharris/lastz](http://www.bx.psu.edu/~rsharris/lastz) 找到（以压缩包的形式提供）。官方发布版本已打上标签，可以在 [https://github.com/lastz/lastz/releases](https://github.com/lastz/lastz/releases) 找到。
2024-08-24 15:04:00
1036
原创 颠茄和草本曼陀罗参考基因组（茄科）
来源文献 Revealing evolution of tropane alkaloid biosynthesis by analyzing two genomes in the Solanaceae family。茄科的代表性物种之二：颠茄和草本曼陀罗。
2024-08-22 18:29:48
428
原创 蓝星睡莲基因组
来源于The water lily genome and the early evolution of flowering plants（nature，2019）蓝星睡莲基因组，ANA物种的模式物种之二~
2024-08-22 18:04:11
181
原创 拟南芥参考基因组
阿拉伯芥信息资源 (TAIR) 维护着一个关于模式植物拟南芥（Arabidopsis thaliana）的遗传学和分子生物学数据的数据库。TAIR 提供的数据包括完整的基因组序列、基因结构、基因产物信息、基因表达、DNA 和种子库、基因组图谱、遗传和物理标记、出版物以及拟南芥研究社区的信息。基因产物功能数据每周都会根据最新发表的研究文献和社区数据提交进行更新。TAIR 还在其数据页面上提供了广泛的链接，指向其他拟南芥资源。TAIR10_protein_lists和。然后下载两个版本的蛋白质组就可以了。
2024-08-21 17:20:03
291
原创 酶促4+2和2+2环加成反应（有机合成与生物合成）-文献精读38
具体而言，可以利用生物信息学、化学生物、合成生物学等手段继续发掘天然的4+2和2+2环加成酶，特别是仍未有报道的天然途径中的2+2环加成酶基于机制解析，尤其是区域和立体选择性机制，设计和改造新型人工4+2和2+2环加成酶；2+2环加成反应能够高效构筑手性环丁烷，是合成科学重要的工具之一。近期，国内外多个团队先后在不同天然产物的生物合成研究中发现了催化4+2和2+2环加成反应的新型酶，并解析了它们的催化和选择性机制，为调控和设计新型酶促4+2和2+2环加成反应以及拓展它们在合成化学中的应用提供了基础。
2024-08-13 22:59:27
648
原创 罗汉果糖基转移酶 SgUGT94-289-3--文献精读-37
罗汉果苷是一系列从罗汉果 (Siraitia grosvenorii) 中提取的天然甜味剂。这些罗汉果苷具有不同程度的葡萄糖基化，其中罗汉果苷 V (M5) 和暹罗苷 I (SIA) 是甜度较高的两种罗汉果苷。SgUGT94-289-3 是一种依赖尿苷二磷酸 (UDP) 的糖基转移酶 (UGT)，负责通过持续催化罗汉果苷 IIe (M2E) 和随后的中间罗汉果苷产物的葡萄糖基化来合成 M5 和 SIA。然而，其多种底物识别能力和多重催化模式的机制仍不清楚。
2024-08-03 20:32:07
1065
原创 羌活基因组--文献精读-36
香豆素是由苯丙素途径衍生而来的，是被子植物中的主要代谢物之一。四氢吡喃（THP）和四氢呋喃（THF）环与内酯结构的对齐形成至少四种复杂的香豆素。然而，香豆素结构多样性的机制尚不清楚。在本研究中，我们报告了羌活（Notopterygium incisum）基因组的染色体级别组装，总长度为1.64 Gb，contig N50值为22.7 Mb，注释到60,021个蛋白质编码基因。
2024-08-03 18:26:24
809
原创 阿里云ossbrowser安装及使用-生物信息学工具27
ossbrowser是阿里云官方提供的OSS图形化管理工具，提供类似Windows资源管理器的功能。阿里云对象存储OSS（Object Storage Service）是一款海量、安全、低成本、高可靠的云存储服务，可提供99.9999999999%（12个9）的数据持久性，99.995%的数据可用性。多种存储类型供选择，全面优化存储成本。OSS具有与平台无关的RESTful API接口，可以在任何应用、任何时间、任何地点存储和访问任意类型的数据。
2024-08-03 15:52:38
451
原创 紫杉醇生物合成机制研究进展-文献精读35
紫杉醇作为目前已发现的最优秀的天然抗癌药物，其合成经历了多元化发展的阶段。目前应用最多的依然是半合成法［6］，来自Bristol Meyers Squibb（美国百时美施贵宝公司）的市售紫杉醇是通过使用Holton-Ojima方法，以10-去乙酰巴卡亭Ⅲ为前体，紫杉醇的产率可达到90%。但半合成前体的来源（10-去乙酰巴卡亭Ⅲ或者巴卡亭Ⅲ）仍然是通过珍稀植物红豆杉植物提取的方法获得，10-去乙酰巴卡亭Ⅲ或者巴卡亭Ⅲ的生产受到严重的限制，需要通过异源合成来进行大量生产优化。
2024-07-29 22:12:46
506
空空如也
TA创建的收藏夹 TA关注的收藏夹
TA关注的人