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RSS订阅原创 转录组如何组装，3种主流方法快速入门贴--随笔022
本文系统介绍了三种转录组组装策略：Trinity无参考组装适用于无参考基因组的物种，需注意添加小基因组专用参数；Trinity有参考引导组装适合已有参考基因组的研究，操作简便但精度略低；Hisat2+Stringtie组合是有参考基因组时的最优方案，精度最高且支持可变剪接分析。文章详细阐述了各方法的核心参数设置、操作流程及后续优化步骤，特别强调组装后的质量评估和冗余处理。针对不同研究需求，建议无参考基因组时选择Trinity无参考组装，有高质量参考基因组时优先采用Hisat2+Stringtie方案。
2026-02-08 14:37:11
873
原创 trf v4.09.1 安装与使用--生信工具42-version2
TRF（TandemRepeatsFinder）是一款高效检测DNA串联重复序列的工具，支持1-2000bp长度的重复模式识别。该工具提供预编译版本和源码编译两种安装方式，通过简单的命令行参数即可运行，无需预设重复模式。TRF基于伯努利试验的概率模型，自动识别符合特定匹配概率（PM=80）和插入缺失概率（PI=10）的重复序列。输出结果包括HTML格式的表格文件和比对文件，详细展示重复序列的位置、长度、拷贝数等信息。TRF支持多平台运行，是基因组学和分子生物学研究中鉴定串联重复序列的必备工具。
2026-02-07 22:20:55
879
原创 WGD分类进阶--随笔021
本研究通过全基因组复制（WGD）基因的系统分析，结合KEGG功能富集和Ka/Ks进化选择压力评估，揭示了WGD基因的生物学特性。分析流程包括：1）使用DupGen-finder鉴定WGD基因；2）KEGG富集分析显示WGD基因显著富集于次生代谢等通路；3）Ka/Ks分析表明WGD基因主要受纯化选择（Ka/Ks<1）；4）4DTv分析反映WGD事件发生时间。与其他复制类型（TD/PD等）对比，WGD基因展现出独特的功能特征和进化模式，为理解全基因组复制在物种进化中的作用提供了重要依据。
2026-02-07 16:27:24
894
原创 人参丙二酰人参皂苷相关的BAHD--文献精读204
本研究系统鉴定了人参（Panax ginseng）中103个BAHD酰基转移酶基因家族成员，对其系统发育、基因结构、染色体定位及表达模式进行了全面分析。研究发现PgBAHD基因可分为5个进化分支，其中分支I和III的基因可能参与人参皂苷的丙二酰化修饰。通过共表达分析筛选出8个与丙二酰人参皂苷生物合成相关的候选基因（PgBAHD4、45、65、74、90、97、99等）。研究揭示了BAHD基因家族在人参皂苷结构修饰中的潜在作用，为人参皂苷生物合成途径解析和代谢工程研究提供了重要理论基础。
2026-02-07 16:05:19
819
原创 细胞色素P450参与次生代谢物合成响应生物胁迫--文献精读203
植物细胞色素P450（cytochrome P450, CYP450）酶是一类重要的血红素结合蛋白，该酶由于其还原态与一氧化碳结合后在450 nm有一处特征性的吸收峰而得名。作为植物中最大的单加氧酶超家族之一，CYP450酶通过催化羟基化、环氧化、脱烷基化等多种氧化反应，广泛参与生长发育、次生代谢合成及逆境防御等生物学过程，被誉为“万能的生物催化剂”。
2026-02-01 13:28:29
998
原创 植物SUMO E3连接酶研究进展--文献精读202
摘要：SUMO化修饰是真核生物中重要的可逆蛋白翻译后修饰形式，通过调控蛋白质稳定性、定位和活性参与植物生命活动。SUMO E3连接酶（如SIZ1和MMS21）在靶蛋白选择中起决定性作用，通过介导多种底物的SUMO化修饰，在植物生长发育、非生物胁迫响应和免疫应答中发挥核心调控功能。本文系统综述了植物SUMO E3连接酶的结构特征、功能分化及其分子机制，重点阐述了其在盐胁迫、干旱、温度胁迫等环境适应过程中的调控网络，以及参与光周期响应、开花调控等发育过程的信号整合途径。这些发现为解析植物SUMO化修饰的调控网络
2026-01-30 21:52:00
781
原创 酿酒葡萄VvOMTs基因家族鉴定及启动子功能分析--文献精读201
摘要：本研究鉴定并分析了葡萄（Vitis vinifera L.）VvOMTs基因家族及其启动子功能。通过生物信息学方法鉴定出4个VvOMTs基因（VvOMT1-4），均位于细胞质膜，分布在第3和12号染色体上。启动子分析显示这些基因含有响应光照、植物激素（ABA、MeJA）和干旱胁迫的顺式作用元件。通过烟草瞬时转化实验证实，VvOMT2和VvOMT3启动子在ABA、MeJA和甘露醇（模拟干旱）处理下显著激活GUS基因表达和酶活性，其中VvOMT3对ABA和干旱的响应更强。研究揭示了VvOMTs基因家族参与
2026-01-30 19:51:46
688
原创 Gepard v2.1.0安装与使用--生信工具74
Gepard是一款高效的基因组点阵图分析工具，专为生物序列比对设计。它基于后缀数组算法，能快速生成序列相似性点阵图，特别适用于叶绿体等小基因组的组装验证。Gepard可直观显示重复区域、组装准确性及反向重复序列结构，支持多种格式输入输出，并提供命令行和图形界面两种操作模式。安装方式包括Docker和Conda两种便捷方法，适合不同平台使用。该工具在基因组组装验证、重复序列识别和变异检测等方面具有重要价值，是叶绿体基因组研究的必备工具。
2026-01-29 21:32:48
1250
原创 维生素E的“前世”和“今生”--文献精读200
摘要：维生素E作为重要的抗氧化剂，在医药、饲料等领域应用广泛。其合成技术经历了80多年的发展，从天然提取到化学全合成，再到新兴的生物-化学合成技术。目前主流化学合成法以三甲基氢醌和异植物醇为中间体，但存在工艺复杂、成本高等问题。近年来，合成生物学技术通过微生物发酵法尼烯为前体，大幅简化了异植物醇的合成步骤，显著降低了生产成本。该技术打破了传统工艺垄断，改变了全球维生素E市场格局。随着合成生物学等新兴技术的发展，维生素E产业正朝着更高效、更环保的方向持续创新。
2026-01-29 17:03:13
948
原创 葡萄属生态位分析-文献精读199
摘要：本研究利用最大熵模型评估了葡萄栽培种及其野生近缘种对未来气候变化的响应。结果显示，年平均气温是影响葡萄分布的主导因子，在SSP585情景下，到2080年酿酒葡萄和鲜食葡萄适生区将分别缩减150万和130万km²。约70%的野生种表现出强气候适应性，其中北美圆叶葡萄、美洲葡萄及东亚桑叶葡萄、刺葡萄等野生种适应性尤为突出。这些野生种可作为重要遗传资源，通过砧木选育和杂交育种提升栽培品种的气候抗逆性。研究为葡萄产业应对气候变化提供了科学依据，并指明了野生种质资源在育种中的关键价值。（148字）
2026-01-29 14:06:25
635
原创 fastp v1.1.0 安装及使用进阶版--生信工具73
fastp是一款超快速的FASTQ数据预处理与质控工具，支持Illumina、MGI等短读长平台数据的高效处理。核心功能包括：自动接头修剪、低质量读段过滤、滑动窗口质量截切、双端读段碱基校正、UMI预处理、polyG/polyX修剪等。工具提供HTML和JSON格式的交互式质控报告，支持批量处理和并行分析。fastp采用优化算法，处理速度显著快于同类工具，同时保持高准确性。适用于各类二代测序数据的预处理需求，是生物信息学分析流程中的高效解决方案。引用文献见iMeta 2025和Bioinformatics
2026-01-28 20:18:30
849
原创 fastp：一款超快速的一站式 FASTQ 数据预处理工具-文献精读198
fastp是一款超快速的一站式FASTQ预处理工具，集质量控制、接头修剪、质量过滤、碱基校正等功能于一体。相比传统工具如FASTQC、Cutadapt等需要多次处理数据的流程，fastp采用C++开发并支持多线程，仅需单次扫描即可完成多项操作，运行速度提升2-5倍。其创新功能包括自动接头检测、polyG尾修剪、UMI预处理和文件拆分等。实验表明，fastp处理后的数据质量优于或相当于主流工具，假阳性变异率更低，特别适合ctDNA等高噪声数据。该工具已广泛应用于科研和临床领域，开源地址：https://git
2026-01-28 20:08:50
650
原创 沙棘单倍型基因组-文献精读197
本研究成功组装了蒙古沙棘和中国沙棘两个亚种的无缺口单倍型基因组，基因组大小分别为2.33Gb和2.09Gb，contig N50值达97Mb和81Mb。分析显示两个亚种存在显著基因组结构变异，其中LTR/Gypsy转座子在驱动染色体重排中起关键作用。转录组分析揭示了亚种间果实性状差异的分子机制：中国沙棘高VC含量与抗坏血酸合成途径基因上调相关，蒙古沙棘高含油量则归因于油脂合成相关基因的高表达。该研究为沙棘功能基因组学和分子育种提供了高质量参考基因组资源。
2026-01-17 22:49:48
653
原创 白豆杉基因组--文献精读196
摘要：本研究通过组装白豆杉（Pseudotaxus chienii）15.6Gb染色体级别基因组，揭示了紫杉烷生物合成途径的起源与进化机制。研究发现白豆杉仅具备不完整的紫杉烷合成通路，缺失关键酶TBT基因，导致其终产物为红豆杉素而非紫杉醇。比较基因组分析表明，红豆杉属通过获得功能性TBT基因突破了合成限制，形成完整紫杉醇合成途径。蛋白结构分析显示紫杉二烯合酶（TS）的金属离子催化位点在两属间高度保守。代谢组分析证实白豆杉红豆杉素含量是红豆杉属的3.5倍，表明其作为紫杉醇合成前体的潜力。该研究为阐明红豆杉科植
2026-01-10 19:23:17
946
原创 紫杉醇的合成生物学技术路线综述--文献精读195
A synthetic biology roadmap for sustainable production of the plant-originated anti-cancer drug paclitaxel用于植物源抗癌药物紫杉醇可持续生产的合成生物学技术路线图紫杉醇生物合成机制研究进展-文献精读35_thmgr-CSDN博客近十年天然产物药物的生物合成研究进展-文献精读33_雌四醇合成工艺-CSDN博客基因组挖掘指导天然药物分子的发现-文献精读34_plantismash-CSDN博客紫杉醇的药物代
2026-01-10 17:34:23
979
原创 显齿蛇葡萄基因组--文献精读194
显齿蛇葡萄原产于中国南方，因其显著的药用价值与营养价值备受关注；该植物富含二氢杨梅素，故而被誉为 “黄酮之王”。其干燥的茎、叶及嫩梢被称为 “藤茶”，既可作为保健饮品日常饮用，也可作为传统药材用于治疗感冒与发热症状。本研究完成了显齿蛇葡萄近乎完整的参考基因组组装，基因组大小为 555.42 Mb；借助 Hi-C 技术辅助挂载，成功将其 20 条染色体中的 18 条组装为无缺口序列。最终获得的基因组挂载于 20 条染色体上，包含 44 个 contig（N50 = 21.93 Mb）与 28 个 scaffo
2026-01-05 18:16:08
1065
原创 祖先大麻酶的功能重建揭示大麻素合成酶的起源与功能演化--文献精读193
Resurrected Ancestral Cannabis Enzymes Unveil the Origin and Functional Evolution of Cannabinoid Synthases祖先大麻酶的功能重建揭示大麻素合成酶的起源与功能演化四氢大麻酚酸（THCA）、大麻二酚酸（CBDA）和大麻色烯酸（CBCA）等大麻素是大麻（Cannabis sativa L.）特有的生物活性物质，具有重要药用价值。这三种化合物均以大麻萜酚酸（CBGA）为唯一前体，经不同大麻素氧化环化酶催化的区域选
2026-01-05 16:21:06
650
原创 GenomeAnnotationIndex设计--随笔020
摘要：本文介绍了一个基于Snakemake的基因组注释自动化工作流GenomeAnnotationIndex.py，替代传统单一脚本实现标准化流程。该工作流包含：1) TE注释(RepeatModeler/Masker)；2) 多策略基因注释(同源/从头/转录组)；3) EVM整合；4) BUSCO评估。核心优势包括任务并行化、断点续跑和自动依赖管理。目录结构包含Snakefile主流程、配置文件和环境配置。工作流支持参数化配置，通过conda管理软件依赖，并生成标准化输出文件（GFF3注释、评估报告等）。
2025-12-31 22:33:53
362
原创 基因组注释工具选择与自动化流程指南--随笔019
基因组注释工具选择与自动化流程指南 随着基因组测序数据的快速增长，自主完成基因组注释工作变得越来越重要。本文介绍了三种主流基因组注释方法：1）基于隐马尔可夫模型的预测方法（如AUGUSTUS/BRAKER）；2）RNA-seq reads组装法（如Stringtie）；3）注释迁移法（如TOGA/Liftoff）。针对不同研究需求（转录组或蛋白质组注释）、数据可获得性（RNA-seq数据或近缘物种参考基因组）等因素，提供了详细的工具选择决策树。同时介绍了基于Snakemake的自动化工作流实现方案，以及通过
2025-12-31 22:03:25
819
原创 GenomeEstimateIndex设计--随笔018
摘要：GenomeEstimateIndex是一个自动化基因组组装与评估流程，基于hifiasm实现scaffolds水平的组装，并通过多维度质量评估（BUSCO、LAI、QUAST等）验证组装质量。流程整合了环境配置、组装评估和结果分析，预设高质量标准（BUSCO>95%、LAI>15等），自动生成综合报告和质量对比图。该工具支持HiFi/ONT数据，提供一键式分析，适用于真核生物基因组研究，输出包含组装序列、评估结果和可视化图表，为基因组质量判定和优化提供依据。
2025-12-31 15:22:38
847
原创 GenomeSurvyIndex设计--随笔017
摘要： GenomeSurvyIndex是一款自动化多倍体基因组调查工具，整合FastK、Smudgeplot和GenomeScope2.0三大核心组件。该工具通过k-mer频谱特征自动识别基因组倍性类型，包括二倍体(1:2:4)和同源四倍体(1:2:3:4)，并采用3a1b>2a2b算法判定同源/异源多倍体。工具提供完整的conda环境配置方案，封装为Python脚本实现全流程自动化分析，包含k-mer计数、倍性判定、基因组特征计算等功能，最终输出标准化报告和可视化图表。该方案可直接部署使用，适用于
2025-12-30 23:31:17
322
原创 如何根据过滤的pep序列进一步过滤gff3文件--python015
该Python脚本用于根据过滤后的蛋白序列（pep文件）筛选GFF3文件，保留最长转录本相关的注释信息。主要功能包括：1) 从pep文件中提取最长转录本ID；2) 解析GFF3文件建立基因-转录本层级关系；3) 通过广度优先遍历保留目标基因、mRNA及其所有子特征（exon/CDS等）。脚本完整保留原始GFF3格式（包括注释行和空行），并支持常见GFF3格式变体。使用方法为指定pep文件、原始GFF3文件和输出路径三个参数，最终输出仅包含最长转录本注释的GFF3文件。
2025-12-29 17:52:51
148
原创 如何根据过滤的pep序列进一步过滤cds序列--python014
本文介绍了一个Python脚本filter_cds_by_pep.py，用于根据最长转录本的蛋白质序列(pep)文件筛选对应的CDS序列。脚本首先从pep文件中提取所有转录本ID，然后根据这些ID从原始CDS文件中筛选匹配的序列。主要功能包括读取pep文件ID、过滤CDS文件，并输出筛选结果。使用方法简单，只需提供pep文件、原始CDS文件和输出文件路径即可。该脚本适用于基因组分析中需要保留最长转录本CDS序列的研究场景，能有效提高数据处理效率。
2025-12-29 17:17:39
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原创 如何筛选最长转录本--python013
该Python脚本用于从蛋白质序列文件中筛选每个基因的最长转录本。它读取FASTA格式的输入文件，按基因名分组存储所有转录本，然后选择每个基因中最长的蛋白质序列作为代表。输出结果保持FASTA格式，包含转录本ID和基因名信息。使用方式为python3 keep_longest_isoform_pep.py <输入pep文件> <输出pep文件>，适用于基因组注释分析中简化蛋白质序列数据集的需求。
2025-12-29 17:06:26
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原创 AGAT v1.6.0 安装与使用--生信工具72
AGAT是一款功能强大的基因组注释处理工具箱，专为解决GTF/GFF格式兼容性问题而设计。该工具由瑞典国家生物信息学基础设施团队开发，提供三大核心功能：标准化与清洗（自动修复缺失特征、补全必填属性）、多格式转换（支持GTF/GFF与BED/TSV等格式互转）以及多样化注释处理（特征提取、筛选和统计分析）。AGAT采用独特的"OMNISCIENT"数据结构，能智能解析42种以上不同格式的注释文件，即使是仅含CDS特征的注释也能自动补全基因和mRNA层级。安装方式灵活，支持Bioconda、
2025-12-29 17:02:50
1223
原创 毛茛目毛黄堇基因组--文献精读192
摘要：本研究首次完成罂粟科紫堇亚科植物毛黄堇的染色体级别基因组组装（248.9Mb）。通过比较基因组学分析发现，毛茛目植物在与其他真双子叶植物分化后经历了一次共享的全基因组复制事件。研究重建了罂粟科共有的血根碱合成通路和紫堇属特有的紫堇定合成通路，揭示基因重复（特别是串联重复）是驱动苄基异喹啉类生物碱（BIAs）多样化的核心机制。研究发现紫堇属通过BBEL基因的特异性串联重复，获得了催化紫堇定合成的功能。同位素标记实验验证了紫堇定的生物合成途径，并发现CtBBEL8和CtBBEL31基因可催化关键氧化反应。
2025-12-29 16:17:29
1570
原创 肉苁蓉基因组与单细胞转录组--文献精读191
本研究首次构建了濒危全寄生植物肉苁蓉的染色体级别基因组图谱（5.43Gb），揭示其基因组进化特征：21.58%的基因发生丢失（主要涉及光合、免疫相关通路），并鉴定出115个水平转移基因。单细胞转录组分析发现寄生相关细胞类群呈现阶段性功能分化：早期细胞（聚类11）高表达多巴胺/酪氨酸代谢基因驱动苯乙醇苷合成，成熟细胞（聚类10）则富集碳水化合物代谢基因参与养分摄取。研究构建了整合多组学数据的肉苁蓉数据库（http://60.30.67.246:7006/Home），为解析植物寄生适应性机制提供了重要资源。
2025-12-28 20:28:15
1052
原创 菠菜 Y 染色体组装-文献精读190
A complete telomere-to-telomere assembly of the Spinacia oleracea genome reveals Y chromosome evolution and centromere landscape菠菜端粒到端粒完整基因组组装揭示 Y 染色体进化与着丝粒图谱特征菠菜（Spinacia oleracea L.）是一种二倍体植物，染色体组成为 n=6（2n=12），是全球最重要的绿叶蔬菜之一。菠菜属植物为雌雄异株，具有 XY 性别决定系统，且包含两个野生
2025-12-28 13:55:38
759
原创 植物海藻糖-6-磷酸合成酶 (TPS) 基因研究进展--文献精读189
，包括两步反应：首先由海藻糖-6-磷酸合成酶（Trehalose-6-phosphate synthase, TPS）催化UDP-葡萄糖和葡萄糖-6-磷酸合成海藻糖-6-磷酸（Trehalose-6-phosphate，T6P），然后再由海藻糖-6-磷酸磷酸酶（Trehalose-6-phosphate phosphatase，TPP）催化T6P脱磷酸生成海藻糖[Hook. & Grev.)，在干旱的条件下，卷柏会积累大量的海藻糖，并能保持数年的代谢休眠的假死状态，直到环境湿度增加，它们又可复活[
2025-12-26 19:01:36
697
原创 不同调控元件及组合对烟草外源蛋白瞬时表达的效果分析--文献精读188
摘要：本研究通过优化烟草瞬时表达载体元件组合，构建了pREU-EF、pREUR-EF和pREUR-p24-EF三种重组载体。结果表明，添加烟草叶片特异型启动子rbcS、AtPsaK 5'UTR、Ext终止子、Rb7基质附着区及p24沉默抑制因子等元件，可使外源基因eGFP转录水平提高4-28倍。蛋白水平分析显示，当菌液浓度OD600=0.4时表达效率最高。该优化系统成功应用于双荧光素酶报告实验，证实其能有效提高外源蛋白表达，为基因功能研究和蛋白生产提供了高效平台。
2025-12-26 15:49:33
1065
原创 组蛋白短链酰化修饰--文献精读187
Expanding the plant epigenetic code: histone short-chain acylation拓展植物表观遗传密码：组蛋白短链酰化修饰植物基因表达受到表观遗传调控，而组蛋白短链酰化修饰在这一精密调控网络中发挥关键作用。植物中的组蛋白酰化修饰可介导代谢与基因表达的关联 —— 巴豆酰辅酶 A、琥珀酰辅酶 A、乳酰辅酶 A 等酰基供体均来源于 β- 氧化、三羧酸循环（TCA 循环）及糖酵解等代谢通路，可作为代谢状态的感知信号。植物组蛋白存在多个短链酰化修饰位点，通过质谱技术对
2025-12-22 23:12:44
949
原创 博落回基因组--文献精读186
The Genome of Medicinal Plant Macleaya cordata Provides New Insights into Benzylisoquinoline Alkaloids Metabolism药用植物博落回基因组为苄基异喹啉生物碱代谢研究提供新见解动物养殖业与医学领域中抗生素的过度使用已对公共卫生构成一系列潜在威胁。博落回（Macleaya cordata）是罂粟科（Papaveraceae）药用植物，为畜禽用抗菌饲料添加剂的研发提供了安全资源。已知博落回的活性成分包括血根
2025-12-18 21:01:36
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原创 SOI v1.2.3安装与使用--生信工具71
在进化基因组学研究中，是解析物种进化、全基因组加倍（WGD）、染色体重排的核心步骤。传统方法往往单独依赖共线性检测或同源性推断，容易将旁系同源区块误判为直系同源，导致后续分析偏差。而工具巧妙整合了共线性检测与同源性推断的优势，通过量化共线性区块中直系同源基因对的比例，实现了直系同源共线性区块的精准识别与筛选。同时，它还提供了可视化、聚类、系统发育树构建等一站式功能，成为进化基因组学研究的高效工具。
2025-12-15 00:18:15
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原创 压缩文件夹下下所有文件成压缩包tar.gz--随笔016
本文介绍了在Linux/macOS系统中使用tar命令打包压缩文件夹的方法。核心命令为tar -zcvf 压缩包名.tar.gz 目标文件夹路径，其中-z表示gzip压缩，-c创建压缩包，-f指定文件名。文章详细解释了各参数作用，并提供了进阶用法：包括排除特定文件(--exclude)、解压验证命令以及处理大文件的技巧。注意事项部分特别说明了Windows系统下使用GitBash或WSL时的路径格式要求。该命令适用于大多数文件打包压缩场景，能保留文件权限信息，是系统管理中的常用操作。
2025-12-14 19:13:27
627
原创 全基因组重测序上游分析流程--随笔15
全基因组重测序上游分析流程指南：从原始数据到变异检测 本指南详细介绍了全基因组重测序上游分析的核心流程，涵盖软件安装、数据质控、序列比对、变异检测等关键步骤。使用BWA、Samtools、Picard和GATK4等开源工具，通过conda快速部署环境。重点包括：1）原始数据质控（FastQC+fastp）；2）BWA比对与ReadGroup设置；3）数据排序和重复序列标记；4）GATK4变异检测（HaplotypeCaller流程）；5）变异过滤（硬过滤策略）。指南特别强调常见避坑点，如软件版本匹配、Rea
2025-12-12 21:31:13
1063
原创 病毒诱导基因沉默（VIGS）综述--文献精读185
Virus-Induced Gene Silencing (VIGS): A Powerful Tool for Crop Improvement and Its Advancement towards Epigenetics病毒诱导基因沉默（VIGS）：作物改良的强效工具及其在表观遗传学领域的拓展应用病毒诱导基因沉默（VIGS）是一种 RNA 介导的反向遗传学技术，现已发展成为基因功能分析不可或缺的研究手段。该技术利用植物的转录后基因沉默（PTGS）机制抵御病毒系统性感染，进而下调内源基因表达。最新研究进
2025-12-12 10:36:44
1190
原创 苯甲酸苄酯酰基转移酶--文献精读184
摘要：本研究从酿酒克拉花（Clarkia breweri）花朵中鉴定出一种新型酰基转移酶BEBT，该酶能催化苯甲酸苄酯等多种挥发性酯类的合成。BEBT基因在花器官中特异性表达，尤其在柱头中表达量最高；叶片受损后可诱导其表达，6小时达峰值。酶学分析表明BEBT对苯甲酰辅酶A和苯甲醇具有高度亲和力（Km值分别为20.5μM和46.8μM）。研究发现烟草HSR201基因编码的同源蛋白同样具有BEBT活性，而拟南芥中同源蛋白CHAT则偏好催化绿叶挥发物合成。该研究揭示了BAHD家族酰基转移酶在花香形成和植物防御中的
2025-12-08 10:42:11
1501
原创 植物中由苯甲酰辅酶 A 合成水杨酸的三步生物合成途径--文献精读183
Three-step biosynthesis of salicylic acid from benzoyl-CoA in plants植物中由苯甲酰辅酶 A 合成水杨酸的三步生物合成途径植物中由苯丙氨酸到水杨酸的完整生物合成途径--文献精读182-CSDN博客水杨酸（SA）是柳树皮中的活性成分，数个世纪以来一直被用于抗炎镇痛。作为水杨酸衍生物的阿司匹林，是人类历史上使用最广泛的药物。水杨酸同时也是植物中关键的防御激素 ¹⁻⁴。尽管在模式植物拟南芥中，水杨酸已知由分支酸合成⁵⁻⁶，但在十字花科（Brassi
2025-12-02 14:06:16
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原创 基因组结构注释实战案例1--随笔14
本文详细介绍了基因组结构注释的完整流程，重点讲解了无转录组数据场景下整合从头注释与同源预测的方法。文章系统性地阐述了7种主流工具（AUGUSTUS、Geneid、GeneMark-ES、GeMoMa、GenomeThreader、Exonerate和EvidenceModeler）的安装配置、参数设置和运行步骤，并提供了详细的目录结构和脚本示例。通过EvidenceModeler整合多工具预测结果，最终生成高质量的基因组注释文件。该流程特别适用于缺乏转录组数据的新物种基因组注释，具有操作性强、可重复性高的特
2025-12-02 13:54:53
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原创 植物中由苯丙氨酸到水杨酸的完整生物合成途径--文献精读182
本研究首次完整解析了植物中由苯丙氨酸到水杨酸（SA）的PAL途径生物合成机制。通过正向遗传筛选和功能分析，鉴定了水稻中四个关键酶：OSD1（肉桂酰辅酶A连接酶）、OSD2（苯甲酰转移酶）、OSD3（细胞色素P450羟化酶）和OSD4（羧酸酯酶），揭示了该途径包含β-氧化、苯甲酰转移、羟化和水解四个步骤，涉及过氧化物酶体、内质网和细胞质多个亚细胞区室。进化分析表明PAL途径在裸子植物分化前已形成，在多数种子植物中保守存在。激活该途径可显著提高水稻SA含量并增强抗病性。这一发现为理解植物SA合成机制和作物抗病育
2025-11-29 23:14:40
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