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RSS订阅原创 沙棘单倍型基因组-文献精读197
本研究成功组装了蒙古沙棘和中国沙棘两个亚种的无缺口单倍型基因组，基因组大小分别为2.33Gb和2.09Gb，contig N50值达97Mb和81Mb。分析显示两个亚种存在显著基因组结构变异，其中LTR/Gypsy转座子在驱动染色体重排中起关键作用。转录组分析揭示了亚种间果实性状差异的分子机制：中国沙棘高VC含量与抗坏血酸合成途径基因上调相关，蒙古沙棘高含油量则归因于油脂合成相关基因的高表达。该研究为沙棘功能基因组学和分子育种提供了高质量参考基因组资源。
2026-01-17 22:49:48
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原创 白豆杉基因组--文献精读196
摘要：本研究通过组装白豆杉（Pseudotaxus chienii）15.6Gb染色体级别基因组，揭示了紫杉烷生物合成途径的起源与进化机制。研究发现白豆杉仅具备不完整的紫杉烷合成通路，缺失关键酶TBT基因，导致其终产物为红豆杉素而非紫杉醇。比较基因组分析表明，红豆杉属通过获得功能性TBT基因突破了合成限制，形成完整紫杉醇合成途径。蛋白结构分析显示紫杉二烯合酶（TS）的金属离子催化位点在两属间高度保守。代谢组分析证实白豆杉红豆杉素含量是红豆杉属的3.5倍，表明其作为紫杉醇合成前体的潜力。该研究为阐明红豆杉科植
2026-01-10 19:23:17
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原创 紫杉醇的合成生物学技术路线综述--文献精读195
A synthetic biology roadmap for sustainable production of the plant-originated anti-cancer drug paclitaxel用于植物源抗癌药物紫杉醇可持续生产的合成生物学技术路线图紫杉醇生物合成机制研究进展-文献精读35_thmgr-CSDN博客近十年天然产物药物的生物合成研究进展-文献精读33_雌四醇合成工艺-CSDN博客基因组挖掘指导天然药物分子的发现-文献精读34_plantismash-CSDN博客紫杉醇的药物代
2026-01-10 17:34:23
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原创 显齿蛇葡萄基因组--文献精读194
显齿蛇葡萄原产于中国南方，因其显著的药用价值与营养价值备受关注；该植物富含二氢杨梅素，故而被誉为 “黄酮之王”。其干燥的茎、叶及嫩梢被称为 “藤茶”，既可作为保健饮品日常饮用，也可作为传统药材用于治疗感冒与发热症状。本研究完成了显齿蛇葡萄近乎完整的参考基因组组装，基因组大小为 555.42 Mb；借助 Hi-C 技术辅助挂载，成功将其 20 条染色体中的 18 条组装为无缺口序列。最终获得的基因组挂载于 20 条染色体上，包含 44 个 contig（N50 = 21.93 Mb）与 28 个 scaffo
2026-01-05 18:16:08
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原创 祖先大麻酶的功能重建揭示大麻素合成酶的起源与功能演化--文献精读193
Resurrected Ancestral Cannabis Enzymes Unveil the Origin and Functional Evolution of Cannabinoid Synthases祖先大麻酶的功能重建揭示大麻素合成酶的起源与功能演化四氢大麻酚酸（THCA）、大麻二酚酸（CBDA）和大麻色烯酸（CBCA）等大麻素是大麻（Cannabis sativa L.）特有的生物活性物质，具有重要药用价值。这三种化合物均以大麻萜酚酸（CBGA）为唯一前体，经不同大麻素氧化环化酶催化的区域选
2026-01-05 16:21:06
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原创 GenomeAnnotationIndex设计--随笔020
摘要：本文介绍了一个基于Snakemake的基因组注释自动化工作流GenomeAnnotationIndex.py，替代传统单一脚本实现标准化流程。该工作流包含：1) TE注释(RepeatModeler/Masker)；2) 多策略基因注释(同源/从头/转录组)；3) EVM整合；4) BUSCO评估。核心优势包括任务并行化、断点续跑和自动依赖管理。目录结构包含Snakefile主流程、配置文件和环境配置。工作流支持参数化配置，通过conda管理软件依赖，并生成标准化输出文件（GFF3注释、评估报告等）。
2025-12-31 22:33:53
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原创 基因组注释工具选择与自动化流程指南--随笔019
基因组注释工具选择与自动化流程指南 随着基因组测序数据的快速增长，自主完成基因组注释工作变得越来越重要。本文介绍了三种主流基因组注释方法：1）基于隐马尔可夫模型的预测方法（如AUGUSTUS/BRAKER）；2）RNA-seq reads组装法（如Stringtie）；3）注释迁移法（如TOGA/Liftoff）。针对不同研究需求（转录组或蛋白质组注释）、数据可获得性（RNA-seq数据或近缘物种参考基因组）等因素，提供了详细的工具选择决策树。同时介绍了基于Snakemake的自动化工作流实现方案，以及通过
2025-12-31 22:03:25
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原创 GenomeEstimateIndex设计--随笔018
摘要：GenomeEstimateIndex是一个自动化基因组组装与评估流程，基于hifiasm实现scaffolds水平的组装，并通过多维度质量评估（BUSCO、LAI、QUAST等）验证组装质量。流程整合了环境配置、组装评估和结果分析，预设高质量标准（BUSCO>95%、LAI>15等），自动生成综合报告和质量对比图。该工具支持HiFi/ONT数据，提供一键式分析，适用于真核生物基因组研究，输出包含组装序列、评估结果和可视化图表，为基因组质量判定和优化提供依据。
2025-12-31 15:22:38
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原创 GenomeSurvyIndex设计--随笔017
摘要： GenomeSurvyIndex是一款自动化多倍体基因组调查工具，整合FastK、Smudgeplot和GenomeScope2.0三大核心组件。该工具通过k-mer频谱特征自动识别基因组倍性类型，包括二倍体(1:2:4)和同源四倍体(1:2:3:4)，并采用3a1b>2a2b算法判定同源/异源多倍体。工具提供完整的conda环境配置方案，封装为Python脚本实现全流程自动化分析，包含k-mer计数、倍性判定、基因组特征计算等功能，最终输出标准化报告和可视化图表。该方案可直接部署使用，适用于
2025-12-30 23:31:17
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原创 如何根据过滤的pep序列进一步过滤gff3文件--python015
该Python脚本用于根据过滤后的蛋白序列（pep文件）筛选GFF3文件，保留最长转录本相关的注释信息。主要功能包括：1) 从pep文件中提取最长转录本ID；2) 解析GFF3文件建立基因-转录本层级关系；3) 通过广度优先遍历保留目标基因、mRNA及其所有子特征（exon/CDS等）。脚本完整保留原始GFF3格式（包括注释行和空行），并支持常见GFF3格式变体。使用方法为指定pep文件、原始GFF3文件和输出路径三个参数，最终输出仅包含最长转录本注释的GFF3文件。
2025-12-29 17:52:51
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原创 如何根据过滤的pep序列进一步过滤cds序列--python014
本文介绍了一个Python脚本filter_cds_by_pep.py，用于根据最长转录本的蛋白质序列(pep)文件筛选对应的CDS序列。脚本首先从pep文件中提取所有转录本ID，然后根据这些ID从原始CDS文件中筛选匹配的序列。主要功能包括读取pep文件ID、过滤CDS文件，并输出筛选结果。使用方法简单，只需提供pep文件、原始CDS文件和输出文件路径即可。该脚本适用于基因组分析中需要保留最长转录本CDS序列的研究场景，能有效提高数据处理效率。
2025-12-29 17:17:39
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原创 如何筛选最长转录本--python013
该Python脚本用于从蛋白质序列文件中筛选每个基因的最长转录本。它读取FASTA格式的输入文件，按基因名分组存储所有转录本，然后选择每个基因中最长的蛋白质序列作为代表。输出结果保持FASTA格式，包含转录本ID和基因名信息。使用方式为python3 keep_longest_isoform_pep.py <输入pep文件> <输出pep文件>，适用于基因组注释分析中简化蛋白质序列数据集的需求。
2025-12-29 17:06:26
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原创 AGAT v1.6.0 安装与使用--生信工具72
AGAT是一款功能强大的基因组注释处理工具箱，专为解决GTF/GFF格式兼容性问题而设计。该工具由瑞典国家生物信息学基础设施团队开发，提供三大核心功能：标准化与清洗（自动修复缺失特征、补全必填属性）、多格式转换（支持GTF/GFF与BED/TSV等格式互转）以及多样化注释处理（特征提取、筛选和统计分析）。AGAT采用独特的"OMNISCIENT"数据结构，能智能解析42种以上不同格式的注释文件，即使是仅含CDS特征的注释也能自动补全基因和mRNA层级。安装方式灵活，支持Bioconda、
2025-12-29 17:02:50
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原创 毛茛目毛黄堇基因组--文献精读192
摘要：本研究首次完成罂粟科紫堇亚科植物毛黄堇的染色体级别基因组组装（248.9Mb）。通过比较基因组学分析发现，毛茛目植物在与其他真双子叶植物分化后经历了一次共享的全基因组复制事件。研究重建了罂粟科共有的血根碱合成通路和紫堇属特有的紫堇定合成通路，揭示基因重复（特别是串联重复）是驱动苄基异喹啉类生物碱（BIAs）多样化的核心机制。研究发现紫堇属通过BBEL基因的特异性串联重复，获得了催化紫堇定合成的功能。同位素标记实验验证了紫堇定的生物合成途径，并发现CtBBEL8和CtBBEL31基因可催化关键氧化反应。
2025-12-29 16:17:29
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原创 肉苁蓉基因组与单细胞转录组--文献精读191
本研究首次构建了濒危全寄生植物肉苁蓉的染色体级别基因组图谱（5.43Gb），揭示其基因组进化特征：21.58%的基因发生丢失（主要涉及光合、免疫相关通路），并鉴定出115个水平转移基因。单细胞转录组分析发现寄生相关细胞类群呈现阶段性功能分化：早期细胞（聚类11）高表达多巴胺/酪氨酸代谢基因驱动苯乙醇苷合成，成熟细胞（聚类10）则富集碳水化合物代谢基因参与养分摄取。研究构建了整合多组学数据的肉苁蓉数据库（http://60.30.67.246:7006/Home），为解析植物寄生适应性机制提供了重要资源。
2025-12-28 20:28:15
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原创 菠菜 Y 染色体组装-文献精读190
A complete telomere-to-telomere assembly of the Spinacia oleracea genome reveals Y chromosome evolution and centromere landscape菠菜端粒到端粒完整基因组组装揭示 Y 染色体进化与着丝粒图谱特征菠菜（Spinacia oleracea L.）是一种二倍体植物，染色体组成为 n=6（2n=12），是全球最重要的绿叶蔬菜之一。菠菜属植物为雌雄异株，具有 XY 性别决定系统，且包含两个野生
2025-12-28 13:55:38
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原创 植物海藻糖-6-磷酸合成酶 (TPS) 基因研究进展--文献精读189
，包括两步反应：首先由海藻糖-6-磷酸合成酶（Trehalose-6-phosphate synthase, TPS）催化UDP-葡萄糖和葡萄糖-6-磷酸合成海藻糖-6-磷酸（Trehalose-6-phosphate，T6P），然后再由海藻糖-6-磷酸磷酸酶（Trehalose-6-phosphate phosphatase，TPP）催化T6P脱磷酸生成海藻糖[Hook. & Grev.)，在干旱的条件下，卷柏会积累大量的海藻糖，并能保持数年的代谢休眠的假死状态，直到环境湿度增加，它们又可复活[
2025-12-26 19:01:36
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原创 不同调控元件及组合对烟草外源蛋白瞬时表达的效果分析--文献精读188
摘要：本研究通过优化烟草瞬时表达载体元件组合，构建了pREU-EF、pREUR-EF和pREUR-p24-EF三种重组载体。结果表明，添加烟草叶片特异型启动子rbcS、AtPsaK 5'UTR、Ext终止子、Rb7基质附着区及p24沉默抑制因子等元件，可使外源基因eGFP转录水平提高4-28倍。蛋白水平分析显示，当菌液浓度OD600=0.4时表达效率最高。该优化系统成功应用于双荧光素酶报告实验，证实其能有效提高外源蛋白表达，为基因功能研究和蛋白生产提供了高效平台。
2025-12-26 15:49:33
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原创 组蛋白短链酰化修饰--文献精读187
Expanding the plant epigenetic code: histone short-chain acylation拓展植物表观遗传密码：组蛋白短链酰化修饰植物基因表达受到表观遗传调控，而组蛋白短链酰化修饰在这一精密调控网络中发挥关键作用。植物中的组蛋白酰化修饰可介导代谢与基因表达的关联 —— 巴豆酰辅酶 A、琥珀酰辅酶 A、乳酰辅酶 A 等酰基供体均来源于 β- 氧化、三羧酸循环（TCA 循环）及糖酵解等代谢通路，可作为代谢状态的感知信号。植物组蛋白存在多个短链酰化修饰位点，通过质谱技术对
2025-12-22 23:12:44
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原创 博落回基因组--文献精读186
The Genome of Medicinal Plant Macleaya cordata Provides New Insights into Benzylisoquinoline Alkaloids Metabolism药用植物博落回基因组为苄基异喹啉生物碱代谢研究提供新见解动物养殖业与医学领域中抗生素的过度使用已对公共卫生构成一系列潜在威胁。博落回（Macleaya cordata）是罂粟科（Papaveraceae）药用植物，为畜禽用抗菌饲料添加剂的研发提供了安全资源。已知博落回的活性成分包括血根
2025-12-18 21:01:36
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原创 SOI v1.2.3安装与使用--生信工具71
在进化基因组学研究中，是解析物种进化、全基因组加倍（WGD）、染色体重排的核心步骤。传统方法往往单独依赖共线性检测或同源性推断，容易将旁系同源区块误判为直系同源，导致后续分析偏差。而工具巧妙整合了共线性检测与同源性推断的优势，通过量化共线性区块中直系同源基因对的比例，实现了直系同源共线性区块的精准识别与筛选。同时，它还提供了可视化、聚类、系统发育树构建等一站式功能，成为进化基因组学研究的高效工具。
2025-12-15 00:18:15
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原创 压缩文件夹下下所有文件成压缩包tar.gz--随笔016
本文介绍了在Linux/macOS系统中使用tar命令打包压缩文件夹的方法。核心命令为tar -zcvf 压缩包名.tar.gz 目标文件夹路径，其中-z表示gzip压缩，-c创建压缩包，-f指定文件名。文章详细解释了各参数作用，并提供了进阶用法：包括排除特定文件(--exclude)、解压验证命令以及处理大文件的技巧。注意事项部分特别说明了Windows系统下使用GitBash或WSL时的路径格式要求。该命令适用于大多数文件打包压缩场景，能保留文件权限信息，是系统管理中的常用操作。
2025-12-14 19:13:27
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原创 全基因组重测序上游分析流程--随笔15
全基因组重测序上游分析流程指南：从原始数据到变异检测 本指南详细介绍了全基因组重测序上游分析的核心流程，涵盖软件安装、数据质控、序列比对、变异检测等关键步骤。使用BWA、Samtools、Picard和GATK4等开源工具，通过conda快速部署环境。重点包括：1）原始数据质控（FastQC+fastp）；2）BWA比对与ReadGroup设置；3）数据排序和重复序列标记；4）GATK4变异检测（HaplotypeCaller流程）；5）变异过滤（硬过滤策略）。指南特别强调常见避坑点，如软件版本匹配、Rea
2025-12-12 21:31:13
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原创 病毒诱导基因沉默（VIGS）综述--文献精读185
Virus-Induced Gene Silencing (VIGS): A Powerful Tool for Crop Improvement and Its Advancement towards Epigenetics病毒诱导基因沉默（VIGS）：作物改良的强效工具及其在表观遗传学领域的拓展应用病毒诱导基因沉默（VIGS）是一种 RNA 介导的反向遗传学技术，现已发展成为基因功能分析不可或缺的研究手段。该技术利用植物的转录后基因沉默（PTGS）机制抵御病毒系统性感染，进而下调内源基因表达。最新研究进
2025-12-12 10:36:44
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原创 苯甲酸苄酯酰基转移酶--文献精读184
摘要：本研究从酿酒克拉花（Clarkia breweri）花朵中鉴定出一种新型酰基转移酶BEBT，该酶能催化苯甲酸苄酯等多种挥发性酯类的合成。BEBT基因在花器官中特异性表达，尤其在柱头中表达量最高；叶片受损后可诱导其表达，6小时达峰值。酶学分析表明BEBT对苯甲酰辅酶A和苯甲醇具有高度亲和力（Km值分别为20.5μM和46.8μM）。研究发现烟草HSR201基因编码的同源蛋白同样具有BEBT活性，而拟南芥中同源蛋白CHAT则偏好催化绿叶挥发物合成。该研究揭示了BAHD家族酰基转移酶在花香形成和植物防御中的
2025-12-08 10:42:11
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原创 植物中由苯甲酰辅酶 A 合成水杨酸的三步生物合成途径--文献精读183
Three-step biosynthesis of salicylic acid from benzoyl-CoA in plants植物中由苯甲酰辅酶 A 合成水杨酸的三步生物合成途径植物中由苯丙氨酸到水杨酸的完整生物合成途径--文献精读182-CSDN博客水杨酸（SA）是柳树皮中的活性成分，数个世纪以来一直被用于抗炎镇痛。作为水杨酸衍生物的阿司匹林，是人类历史上使用最广泛的药物。水杨酸同时也是植物中关键的防御激素 ¹⁻⁴。尽管在模式植物拟南芥中，水杨酸已知由分支酸合成⁵⁻⁶，但在十字花科（Brassi
2025-12-02 14:06:16
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原创 基因组结构注释实战案例1--随笔14
本文详细介绍了基因组结构注释的完整流程，重点讲解了无转录组数据场景下整合从头注释与同源预测的方法。文章系统性地阐述了7种主流工具（AUGUSTUS、Geneid、GeneMark-ES、GeMoMa、GenomeThreader、Exonerate和EvidenceModeler）的安装配置、参数设置和运行步骤，并提供了详细的目录结构和脚本示例。通过EvidenceModeler整合多工具预测结果，最终生成高质量的基因组注释文件。该流程特别适用于缺乏转录组数据的新物种基因组注释，具有操作性强、可重复性高的特
2025-12-02 13:54:53
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原创 植物中由苯丙氨酸到水杨酸的完整生物合成途径--文献精读182
本研究首次完整解析了植物中由苯丙氨酸到水杨酸（SA）的PAL途径生物合成机制。通过正向遗传筛选和功能分析，鉴定了水稻中四个关键酶：OSD1（肉桂酰辅酶A连接酶）、OSD2（苯甲酰转移酶）、OSD3（细胞色素P450羟化酶）和OSD4（羧酸酯酶），揭示了该途径包含β-氧化、苯甲酰转移、羟化和水解四个步骤，涉及过氧化物酶体、内质网和细胞质多个亚细胞区室。进化分析表明PAL途径在裸子植物分化前已形成，在多数种子植物中保守存在。激活该途径可显著提高水稻SA含量并增强抗病性。这一发现为理解植物SA合成机制和作物抗病育
2025-11-29 23:14:40
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原创 Miniprot-0.18 安装与使用--bioinformatistic tools 70
Miniprot是一款高效的蛋白质-基因组比对工具，支持快速基因注释。它提供从下载编译到高级优化的完整流程，支持PAF和GFF3两种输出格式，可结合minisplice提升注释准确性。Miniprot通过优化算法实现高效比对，包括索引构建、链化和动态规划等步骤。该工具适用于近缘物种基因注释，但对远缘同源序列支持有限，且需要x86_64或ARM架构CPU。使用时建议引用相关文献以支持工具开发。
2025-11-29 23:05:38
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原创 trimAl v1.5.0 安装与使用----bioinformatistic tools 69
trimAl是一款用于自动化修剪多序列比对（MSA）的工具，可提升比对质量。它支持多种修剪方法，包括基于缺口比例、残基相似性和列一致性的筛选，并提供手动和自动修剪模式（如gappyout、strictplus等）。工具支持多种输入输出格式，可生成HTML/SVG格式的修剪报告和统计信息。安装简便，通过cmake和make命令编译即可使用。使用trimAl发表论文需引用相关文献（Bioinformatics 2009, 25:1972-1973）。典型应用包括移除低质量列/序列、自动选择最优修剪阈值等。该工具
2025-11-25 21:52:30
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原创 TEtrimmer v1.6.1安装与使用--bioinformatistic tools 68
TEtrimmer是一款自动化转座子校正工具，可简化传统人工校正流程。支持Conda、Singularity、Docker及手动安装，兼容EDTA、RepeatModeler等工具生成的转座子库。通过BLASTN搜索、多序列比对等流程自动处理转座子序列，并提供GUI界面辅助人工检查。测试显示在48核环境下处理大麦白粉菌基因组仅需0.92小时。输出包含分类结果、多序列比对文件及校正后的共识序列库。该工具显著提高了转座子注释效率，特别适合大规模基因组分析。
2025-11-25 16:26:48
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原创 tabix安装与使用--生信工具67
Tabix是一款高效的基因组位置文件索引与检索工具，支持VCF、GFF、BED等格式文件。文章详细介绍了tabix的两种安装方法（源码安装和Conda安装）、核心使用流程（排序→BGZF压缩→创建索引→区域检索）以及不同文件格式的注意事项。同时对比了tabix与bcftoolsindex在功能定位、文件要求、索引性能等方面的差异：tabix适用于多格式基因组文件，而bcftoolsindex专为VCF/BCF优化。实际应用中，大基因组变异分析推荐bcftoolsindex，多格式处理则选择tabix。文章还
2025-11-25 15:56:13
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原创 HiTE - 3.3.3安装与使用--生信工具65
摘要：HiTE是一款基于Python开发的转座子检测工具，采用动态边界调整策略，能高效准确地识别基因组中的全长转座子。该工具支持多种运行方式（Conda/Singularity/Docker/Nextflow），提供完整的分析流程和注释功能。配套开发的panHiTE工具可应用于大规模种群基因组分析。HiTE在检测灵敏度和准确性上优于同类工具，已成功应用于植物基因组研究。相关成果发表于《Nature Communications》，代码开源在GitHub平台。
2025-11-25 15:38:01
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原创 DeepTE安装与使用--bioinformatistic tools 64
摘要： DeepTE是一款基于卷积神经网络（CNN）的转座子（TEs）分类工具，通过7-mer共现特征和物种特异性模型实现精准分类。该工具提供植物、动物、真菌等类群的专用模型，支持结构域信息校正，分类准确率达85%以上。相比传统方法，DeepTE能自动提取序列特征，显著降低denovo注释中的"unknown"比例。安装需Python 3.6环境和TensorFlow等依赖，输出结果可直接对接下游注释工具。适用于大规模基因组TE注释，但对短序列或新家族分类仍需优化。建议结合多工具验证以提
2025-11-24 15:02:58
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原创 植物中验证蛋白相互作用的Pull-down和Co-IP技术--文献精读181
摘要：Pull-down和Co-IP是验证植物蛋白相互作用的两种重要技术。Pull-down利用GST融合蛋白与谷胱甘肽珠子结合，在体外验证蛋白直接互作；Co-IP则通过烟草瞬时表达系统，在活体内检测蛋白复合物。两种方法各具优势：Pull-down操作简便，适用于体外验证；Co-IP能反映生理状态下的蛋白互作。实验流程包括蛋白表达、亲和纯化和免疫检测等关键步骤。研究指出，这些技术需配合适当对照和优化条件，才能有效验证酵母双杂交筛选的互作结果，为解析植物蛋白互作网络提供可靠工具。
2025-11-24 14:44:24
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原创 基于流式细胞术和基因组Survey的黄缨菊基因组大小及特征分析--文献精读180
本研究利用流式细胞术和高通量测序技术对黄缨菊(Xanthopappus subacaulis)基因组特征进行分析。结果表明：黄缨菊为二倍体，基因组大小约2.2Gb，GC含量38.5%，具有0.69%的杂合度和80.15%的高重复序列比例。LTR反转录转座子分析显示Copia家族占比最高(30.72%)，LTR插入始于约3百万年前并在近期爆发式增长。研究认为LTR的大量插入是导致黄缨菊基因组复杂化的重要原因，建议采用二代与三代混合测序策略进行全基因组测序。该研究为黄缨菊基因组测序和功能基因挖掘提供了重要基础数
2025-11-24 14:37:33
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原创 LTR_retriever v3.0.4安装与使用--生信工具63
摘要：LTR_retriever是一款基于Perl开发的LTR逆转录转座子识别工具，支持整合LTRharvest、LTR_FINDER等工具输出，生成高质量非冗余LTR-RT序列库。该工具提供全基因组注释、组装质量评估（LAI指数计算）等功能，支持Conda快速安装或手动配置依赖环境。典型分析流程包括候选位点生成、结果合并和LTR_retriever主程序运行，输出包含结构注释、序列库和组装评估指标。研究使用时需引用相关文献（Ou et al., 2018）。该工具适用于基因组注释和组装质量评估研究。
2025-11-24 11:04:23
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原创 vg 1.70.0 - Zebedassi 安装与使用--bioinformatics tools 62
vg工具是一套基于变异图(VariationGraph)的泛基因组分析工具集，支持变异图构建、读段比对、基因分型和变异检测等全流程分析。其核心优势在于利用变异图数据结构同时容纳参考基因组和群体变异信息，有效避免线性参考的偏差问题。工具集包含vgconstruct构建变异图、vggiraffe快速比对、vgcall变异检测等核心模块，支持短读段和长读段数据处理，特别适合结构变异检测。安装可通过预编译版本或源码编译，提供完整的命令行工具链，包括图构建、索引、比对、变异检测等功能。使用时需注意数据预处理、工具选择
2025-11-23 20:16:35
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原创 定向进化在蛋白质工程中的应用研究进展--文献精读179
蛋白质定向进化研究进展与挑战 摘要：定向进化技术通过模拟自然进化过程，在体外快速优化蛋白质性能。本文综述了近十年定向进化领域的关键进展，包括：1）基因突变体库构建技术的创新，如CRISPR辅助的体内突变和高通量合成文库；2）高通量筛选方法的突破，如液滴微流控和质谱技术；3）连续进化系统（如PACE）的开发；4）计算机辅助设计（如AlphaFold2）的应用。研究展示了定向进化在改善酶稳定性、选择性和拓展催化反应类型方面的成功案例。尽管取得显著进展，该技术仍面临突变体库构建精准度、筛选通量等挑战。未来，自动化
2025-11-23 17:03:29
2060
空空如也
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