原理详解:PCA(explained_variance_ratio_与explained_variance_)

本文详细介绍了PCA(主成分分析)在scikit-learn库中的实现,包括PCA类、参数介绍及实例。PCA通过计算特征方差贡献率进行降维,关键参数如n_components、whiten和svd_solver。explained_variance_ratio_和explained_variance_分别表示主成分的方差比例和方差值,用于确定重要主成分。实例展示了PCA如何在不同设定下进行数据降维。

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PCA(explained_variance_ratio_与explained_variance_)

1. scikit-learn PCA类介绍

PCA的方法explained_variance_ratio_计算了每个特征方差贡献率,所有总和为1,explained_variance_为方差值,通过合理使用这两个参数可以画出方差贡献率图或者方差值图,便于观察PCA降维最佳值。

PCA中的参数选项可以对数据做SVD与归一化处理很方便,但是需要先考虑是否需要这样做。

scikit-learn中,与PCA相关的类都在sklearn.decomposition包中。最常用的PCA类就是sklearn.decomposition.PCA,我们下面主要也会讲解基于这个类的使用的方法。

除了PCA类以外,最常用的PCA相关类还有KernelPCA类,在原理篇我们也讲到了,它主要用于非线性数据的降维,需要用到核技巧。因此在使用的时候需要选择合适的核函数并对核函数的参数进行调参。

另外一个常用的PCA相关类是IncrementalPCA类,它主要是为了解决单机内存限制的。有时候我们的样本量可能是上百万+,维度可能也是上千,直接去拟合数据可能会让内存爆掉, 此时我们可以用IncrementalPCA类来解决这

import pandas as pd import numpy as np import matplotlib.pyplot as plt from sklearn import datasets from mpl_toolkits.mplot3d import Axes3D from sklearn.decomposition import PCA from sklearn.preprocessing import StandardScaler data=pd.read_csv('H:/analysis_results/mean_HN.csv') data.head() x=data.iloc[:,1:7] y=data.iloc[:,6] scaler=StandardScaler() scaler.fit(x) x_scaler=scaler.transform(x) print(x_scaler.shape) pca=PCA(n_components=3) x_pca=pca.fit_transform(x_scaler) print(x_pca.shape) #查看各个主成分对应的方差大小和占全部方差的比例 #可以看到前2个主成分已经解释了样本分布的90%的差异了 print('explained_variance_:',pca.explained_variance_) print('explained_variance_ratio_:',pca.explained_variance_ratio_) print('total explained variance ratio of first 6 principal components:',sum(pca.explained_variance_ratio_)) #将分析的结果保存成字典 result={ 'explained_variance_:',pca.explained_variance_, 'explained_variance_ratio_:',pca.explained_variance_ratio_, 'total explained variance ratio:',np.sum(pca.explained_variance_ratio_)} df=pd.DataFrame.from_dict(result,orient='index',columns=['value']) df.to_csv('H:/analysis_results/Cluster analysis/pca_explained_variance_HN.csv') #可视化各个主成分贡献的方差 #fig1=plt.figure(figsize=(10,10)) #plt.rcParams['figure.dpi'] = 300#设置像素参数值 plt.rcParams['path.simplify'] = False#禁用抗锯齿效果 plt.figure() plt.plot(np.arange(1,4),pca.explained_variance_,color='blue', linestyle='-',linewidth=2) plt.xticks(np.arange(1, 4, 1))#修改X轴间隔为1 plt.title('PCA_plot_HN') plt.xlabel('components_n',fontsize=16) plt.ylabel('explained_variance_',fontsize=16) #plt.savefig('H:/analysis_results/Cluster analysis/pca_explained_variance_HN.png') plt.show()报错'numpy.float64' object is not iterable,如何修改
06-10
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