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RSS订阅原创 安装OPENMPI+ORCA+Multiwfn3.8有感
对于OPENMPI的安装我以为我用linux已经用了快一年，这种情况应该陆陆续续的也接触过。但仍然花费了我一天的时间才琢磨出来。网上也没太多关于我操作时失误的解决办法。首先，去openmpi官网下载。不同的ubuntu可能需要不同版本的openmpi。现在开使编译安装。对压缩包进行解压后进入文件夹。现在想想也确实：既然是要编译并行环境，最好就不要利用并行环境进行编译。利用代码验证是否编译成功，若出现版本号，即可表面成功。mpiexec -V后续会补充一些关于ORCA的安装。。
2023-04-27 20:08:53
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原创 安装Ubuntu22.04+nvidia驱动+CUDA-11.7+GRPMACS patch PLUMED
Ubuntu系统一般直接可以使用RUFUS软件制作U盘启动项，再依照顺序安装Ubuntu系统，这里不赘述。
2023-04-07 19:49:28
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原创 基于神经网络势与增强采样的气过程研究相水团簇成核
基于，从团簇亥姆霍兹自由能与团簇体积或者半径的函数关系可以确定分子单体蒸发速率常数。在特定的大气环境中，如果知道各个不同尺寸团簇的吉布斯自由能，通过可以得到贴附速率。最终，可以通过速率方程确定成核速率。J.W.吉布斯把整个系统作为统计的个体，提出研究大量系统构成的系综在相宇中的分布，克服了气体动理论的困难，建立了统计物理。在平衡统计理论中，对于能量和粒子数固定的孤立系统，采用微正则系综（NVE）；
2023-01-04 20:48:05
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原创 RMSD与PMSF 解释与区别
二者都是对位移的平方和再求平方根，最后求得均值。区别在于：RMSD为在同一帧情况下，对不同原子对选定原子的偏差均值；RMFD为同一原子情况下，对不同帧数时原子的偏差均值。
2022-09-17 16:57:57
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原创 Ubuntu+PLUMED安装、编译和环境配置
增强采样技术是一种为了突破分子动力学软件常规的采样方法（均匀采样）而开发出的新型采样方法。由于分子动力学模拟是基于牛顿力学而实现的，因此，在模拟状态的时间内，体系粒子所发生的位移和转变是连续的，但在传统采样方法中一般使用均匀采样方法（采样时间间隔一般为单位尺度的十分之一）。比如每隔10ps进行一次样本采集。但这种采样方法虽然提高了采样效率，但随之而也失去了化学反应时一瞬间发生的数据。故在分子动力学模拟的过程中，为描述整个化学反应的全流程而提出增强采样技术。...
2022-08-27 21:20:45
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空空如也
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