安装OPENMPI+ORCA+Multiwfn3.8有感

OPENMPI的安装

对于OPENMPI的安装我以为我用linux已经用了快一年，这种情况应该陆陆续续的也接触过。但仍然花费了我一天的时间才琢磨出来。网上也没太多关于我操作时失误的解决办法。
首先，去openmpi官网下载Open MPI: Open Source High Performance Computing。不同的ubuntu可能需要不同版本的openmpi。
现在开使编译安装。对压缩包进行解压后进入文件夹。

 ./configure --prefix=/home/ren/open  #将文件安装至此
 sudo make all install                #此处一定不需要加 -j(我因为加了一直编译的不完整。找错找了一天。)

现在想想也确实：既然是要编译并行环境，最好就不要利用并行环境进行编译。
在编写环境变量：

export PATH=/home/ren/open/bin:$PATH
export LD_LIBRARY_PATH=/home/ren/open/lib:$LD_LIBRARY_PATH

利用代码验证是否编译成功，若出现版本号，即可表面成功。

mpiexec -V

后续会补充一些关于ORCA的安装。。

ORCA的安装

ORCA的Linux版分为静态库(static)版本和动态库(shared)版本。懂一些编程知识的人都知道差别是什么。ORCA包含一大批可执行文件，有很多子程序在多个可执行文件里被使用。如果开发者在编译ORCA时，这些被共用的子程序都被编译进每一个利用了它们的可执行文件里，就叫静态库版本，这种版本体积比较大。如果把将共用的子程序做成一个动态库文件，被各个可执行文件在实际运行的时候调用，就叫动态库或者共享库版本，这种版本体积比静态库版本要小。这两种版本在实际计算速度上没有可察觉的差别，因此建议使用动态库版本，下载耗时少而且省硬盘。动态库版本在文件包的名字里会有shared字样。
进入解压好的orca中，添加环境变量和应用

export PATH=/home/ren/orca504:$PATH
export LD_LIBRARY_PATH=/home/ren/orca504:$LD_LIBRARY_PATH
alias orca='/home/ren/orca504/orca'

source后测试一下

orca test.inp > test.out

此为test.inp文本文档内容：

! BLYP def2-SVP noautostart miniprint pal4
* xyz 0 1
 C                  0.00000000    0.00000000   -0.56221066
 H                  0.00000000   -0.92444767   -1.10110537
 H                 -0.00000000    0.92444767   -1.10110537
 O                  0.00000000    0.00000000    0.69618930
*

Multiwfn3.8

在使用Multiwfn之前，需要确保已经下载好了支持包

sudo apt-get install libxm4 libgl1
vim ~/.bashrc
source ~/.bashec

确保已经下载好motif包，若没有，则按照下面命令下载

sudo apt-get install libxm4 libgl1
#添加环境变量
export OMP_STACKSIZE=200M
ulimit -s unlimited

添加Multiwfn环境变量

export Multiwfnpath=/home/ren/Multiwfn3.8
export PATH=$PATH:/home/ren/Multiwfn3.8

解锁权限

chmod +x /home/ren/Multiwfn3.8/Multiwfn

应用

在Multiwfn文件夹中有：
examples\RESP\RESP_ORCA.sh：计算RESP电荷的脚本
examples\RESP\RESP2_ORCA.sh：计算RESP2电荷的脚本
examples\scripts\1.2CM5_ORCA.sh：计算1.2*CM5电荷的脚本
这些脚本运行之前记得用文本编辑器打开，把ORCA=和orca_2mkl=后面的内容分别改为当前机子里实际的ORCA和orca_2mkl工具的路径。并把nprocs=后面的值改为计算时要调用的CPU核心数。
关于使用脚本时哪些溶剂可以直接用、溶剂名怎么写，请在ORCA手册里搜“solvents in the SMD library”查看内置的溶剂名列表。注意ORCA里有些溶剂名是带空格的，对这种情况要把溶剂名用双引号扩住，例如./RESP2_ORCA.sh HF.pdb 0 1 “ETHYL ETHANOATE”。

使用脚本

1. 将Multiwfn目录下的examples\RESP\目录下的RESP.sh拷到当前目录。
2. 使用chmod +x ./RESP.sh给它增加可执行权限。
3. 把含有分子结构信息的文件也拷到当前目录，格式必须Multiwfn认识的（可以是xyz/mol/mol2/pdb/fch/wfn/molden/gjf等等）。
4. 然后运行下面的命令：
   ./RESP.sh [文件名] [净电荷] [自旋多重度] [溶剂名]
5. 比如

./RESP.sh H2O.xyz 0 1 ethanol

命令将在IEFPCM隐式溶剂模型表现的乙醇环境中计算中性单重态水分子的RESP电荷。
如果净电荷和自旋多重度不写，则分别默认为0和1。
如果溶剂名不写，默认为water，如果写gas（ORCA没有gas,可能直接不写即是真空状态），则在真空下计算。