rstudio server 中R包下载出错：x86_64-conda-linux-gnu-gfortran: not found

我用的是rstudio server ，BiocManager::install("limma")运行时出现了该报错

这是一个基础的编译器，但是R找不到

我在终端运行which gfortran，能找到一个

用whereis，找到了三个

我在rstudio中运行Sys.getenv("PATH")，发现没有which gfortran发现的那个编译器的路径，但有/user/bin，而且其中也有该编译器。

也就是说我现在运行的R虚拟环境是一个独立的环境，它可能不会直接使用我在本地系统中安装的编译器或其他依赖项，它默认使用which gfortran中的那个，但我在R环境变量中并没有添加该路径。运行该命令添加：

Sys.setenv(PATH = paste(Sys.getenv("PATH"), "/home/majortom/anaconda3/envs/R_4.3.1/bin", sep=":"))

ok完成

验证一下

确实如此

tip修改环境变量方法：

options("repos") #查看当前设置源，一般选清华

chooseBioCmirror()

清华源6（默认）

国外源2+翻墙