生信小白入门：记录1

 首先，这是个全流程的入门课程，强烈推荐！

15天入门生物信息（2021年）_哔哩哔哩_bilibili

1.Linux入门

 

1.window中Linux子系统的安装及基础

虚拟机方式可以自行参考网上教程

1.1wsl2安装及配置：

Win10/11下安装WSL并修改WSL默认安装目录到其他盘_wsl 设置目录-CSDN博客

WSL2安装Ubuntu并使用VcXsrv连接图形界面_wsl2 ubuntu图形界面-CSDN博客

1.2推荐书籍：

《Linux命令行与Shell脚本编程大全》

1.3推荐课程：

【小白必备】Linux三剑客教程，grep、Awk、sed，入门到精通这一套就够了（建议收藏）_哔哩哔哩_bilibili

这可能是B站讲的最好的Linux Shell脚本教程，3h打通Linux-shell全套教程，从入门到精通完整版_哔哩哔哩_bilibili

这里是Linux初始的一些关键配置总结：

2.网络配置

2.1DNS配置

Ubuntu修改DNS方法（临时和永久修改DNS）_ubuntu 修改dns-CSDN博客

wxl中方式不同，可以看到我的/etc/resolv.conf是链接在该文件中，而该文件是每次启动自动生成

我们先修改加入域名解析，再将该文件的权限改为只可读，这样系统就无法再自动修改该文件

2.2镜像配置

ubuntu | 镜像站使用帮助 | 清华大学开源软件镜像站 | Tsinghua Open Source Mirror

3.软件安装

3.1使用apt安装

sudo apt-cache madison package #查看包的安装版本及来源

sudo apt install pakege #安装软件

3.2wget直接安装，需要配置环境变量

vim ~/.bashrc   #这是用户自定义的启动文件，个性化设置都可以加到这里

exprot $PATH:/path to pakege/   #export将父进程的变量“公开”给子进程

source ~/.bashrc   #source和bash及指定路径三者都可以运行脚本文件，只有source不需要建立新进程

可以which一下看看命令路径

3.3conda安装

超详细Ubuntu安装Anaconda步骤+Anconda常用命令_ubuntu 安装anaconda-CSDN博客

ubuntu下conda如何设置镜像源（清华镜像源）_ubuntu conda 设置镜像-CSDN博客

这时候就可以把R，java，python安装配置到位

Ubuntu 22.04下Java环境的搭建（含多版本一键快速切换）_ubuntu java-CSDN博客

Ubuntu安装指定Python版本详解，理论上各版本通用_ubuntu安装python-CSDN博客

Linux(Ubuntu) 下安装最新版的R 、RStudio 以及R包_download the rstudio ide-CSDN博客

4.环境配置

我们进行不同的项目的时候，很多时候不同软件的依赖项需要特定版本或者相互冲突，建议在环境中进行,我们可以利用conda管理环境。

conda list r-base #查看已经安装的版本（注意是在conda中）

conda search r-base #查看能够安装的版本

conda creative -n envname pakage  #创建环境并安装,比如conda creative -n R4.3.1 r-base=4.3.1

conda env list   #查看已有环境，包也就安装在显示的路径中

conda activate envname #进入环境

conda deactivate   #退出环境

【anaconda】conda创建、查看、删除虚拟环境（anaconda命令集）_conda 创建环境-CSDN博客

conda安装指定版本R_conda 安装r-CSDN博客

2.R语言入门

1.linux下R安装及基础

r官网

The Comprehensive R Archive Network

1.1推荐书籍

《R语言实战》

1.2推荐课程

2.可视化配置

2.1利用rstudio server在网页中进行编程很香，详见

RStudio Server - Posit

2.2如何更换r版本

RStudio Server配置和切换不同版本的R语言_rstudio切换r版本-CSDN博客

注：更换r版本后下载软件存在报错问题

sh: 1: x86_64-conda-linux-gnu-cc: not found

make: *** [/home/majortom/anaconda3/envs/R_4.3.1/lib/R/etc/Makeconf:193：capture.o] 错误 127

x86_64-conda-linux-gnu-cc not found-CSDN博客

sed -n '193p' /home/majortom/anaconda3/envs/R_4.3.1/lib/R/etc/Makeconf

grep CC  /home/majortom/anaconda3/envs/R_4.3.1/lib/R/etc/Makeconf -n

sed '17s/x86_64-conda-linux-gnu-cc.*$/\/home\/majortom\/anaconda3\/envs\/R_4.3.1\/bin\/x86_64-conda-linux-gnu-cc/' /home/majortom/anaconda3/envs/R_4.3.1/lib/R/etc/Makeconf -i

总而言之就是找不到编译器，修改/home/majortom/anaconda3/envs/R_4.3.1/lib/R/etc/Makeconf中的对应参数为绝对路径就行

解决缺少依赖项的问题：

conda install -c conda-forge r-mass

在r中安装不了可直接利用conda安装，-c conda-forge这是conda是一个社区驱动的 Conda 软件源，旨在提供高质量的开源软件包，其中包括很多不在默认 Conda 渠道中的软件包

3.也可以在该界面完成python脚本的编辑

若要运行还需安装别的依赖项，按照指导进行即可

3.rstudio个性化配置

镜像，字体，颜色等等配置方法等等自行搜索

更改biomanager镜像
chooseBioCmirror()

Bioconductor的镜像修改 - 简书 (jianshu.com)

后续待更。。。