图神经网络学习

文章探讨了在机器学习中如何利用图结构与神经网络兼容,强调了节点、边和全局信息的重要性。对于无节点向量但有边向量的情况,通过汇聚操作进行节点预测。反之,若无边向量但有节点信息,则用于边的预测。图神经网络(GNN)、图卷积网络(GCN)和图自动编码器等技术被提及用于图的处理。此外,文章还讨论了Softmax层、ReLU激活函数以及学习率等优化参数在模型训练中的作用。
摘要由CSDN通过智能技术生成

1.机器学习中使用图(graph)的挑战
首先要考虑的问题是,如何将表示图(graph)才能让其与神经网络兼容。图的四种属性是非常重要的:节点(nodes),边(edges),全局信息(global-context),连接性(connectivity)。前三者只要各自采用特征向量的形式就可以与神经网络相兼容了

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如何做预测
以对节点信息进行“二分类”任务为例,将最后一层GNN Layer输出的图中的节点向量传入全连接层,经过全连接层即可输出每个节点的预测结果。

    但是,有一种特殊情况是节点没有向量信息,但是边都具有向量信息,如果仍然要对节点做预测,就要采用一种称为“汇聚”(pooling)的技术。pooling操作首先将与该节点相连接的边向量取出,另外还要取全局图向量,然后对这些向量进行sum操作得到一个新的向量,这个向量作为这个节点的向量信息。注意,这里我们默认节点、边、全局图向量的维度都是相同的,所以可直接进行sum操作,若不相同,需要先投影变换到节点向量的维度。其实从这一步就可以发现,全局向量类似于一个偏置项。

同理,对于有节点信息但没有边信息的图,若要进行边的预测,也是先进行pooling操作,即对边的两个节点向量、全局图向量进行sum操作,即得到该边的向量;对于没有全局图向量的情况,对所有的节点向量进行pooling操作即可得到全局图向量。
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图神经网络请添加图片描述
图嵌入算法:矩阵分解,随机游走,深度学习(基于图自动编码器DNGR,SDNE,,图卷积神经网络)

图卷积网络(FCN)基于谱,基于空间
图注意力机制
图自动编码器
图生成网络
图时空网络

目标函数是什么
Softmax层
Relu激活函数:
学习步长
学习率lr
动量
Adam调整各个参数学习率.SGD学习

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# GPF ## 一、GPF(Graph Processing Flow):利用神经网络处理问题的一般化流程 1、节点预表示:利用NE框架,直接获得全每个节点的Embedding; 2、正负样本采样:(1)单节点样本;(2)节点对样本; 3、抽取封闭子:可做类化处理,建立一种通用数据结构; 4、子特征融合:预表示、节点特征全局特征、边特征; 5、网络配置:可以是输入、输出的网络;也可以是输入,分类/聚类结果输出的网络; 6、训练和测试; ## 二、主要文件: 1、graph.py:读入数据; 2、embeddings.py:预表示学习; 3、sample.py:采样; 4、subgraphs.py/s2vGraph.py:抽取子; 5、batchgraph.py:子特征融合; 6、classifier.py:网络配置; 7、parameters.py/until.py:参数配置/帮助文件; ## 三、使用 1、在parameters.py中配置相关参数(可默认); 2、在example/文件夹中运行相应的案例文件--包括链接预测、节点状态预测; 以链接预测为例: ### 1、导入配置参数 ```from parameters import parser, cmd_embed, cmd_opt``` ### 2、参数转换 ``` args = parser.parse_args() args.cuda = not args.noCuda and torch.cuda.is_available() torch.manual_seed(args.seed) if args.cuda: torch.cuda.manual_seed(args.seed) if args.hop != 'auto': args.hop = int(args.hop) if args.maxNodesPerHop is not None: args.maxNodesPerHop = int(args.maxNodesPerHop) ``` ### 3、读取数据 ``` g = graph.Graph() g.read_edgelist(filename=args.dataName, weighted=args.weighted, directed=args.directed) g.read_node_status(filename=args.labelName) ``` ### 4、获取全节点的Embedding ``` embed_args = cmd_embed.parse_args() embeddings = embeddings.learn_embeddings(g, embed_args) node_information = embeddings #print node_information ``` ### 5、正负节点采样 ``` train, train_status, test, test_status = sample.sample_single(g, args.testRatio, max_train_num=args.maxTrainNum) ``` ### 6、抽取节点对的封闭子 ``` net = until.nxG_to_mat(g) #print net train_graphs, test_graphs, max_n_label = subgraphs.singleSubgraphs(net, train, train_status, test, test_status, args.hop, args.maxNodesPerHop, node_information) print('# train: %d, # test: %d' % (len(train_graphs), len(test_graphs))) ``` ### 7、加载网络模型,并在classifier中配置相关参数 ``` cmd_args = cmd_opt.parse_args() cmd_args.feat_dim = max_n_label + 1 cmd_args.attr_dim = node_information.shape[1] cmd_args.latent_dim = [int(x) for x in cmd_args.latent_dim.split('-')] if len(cmd_args.latent_dim) == 1: cmd_args.latent_dim = cmd_args.latent_dim[0] model = classifier.Classifier(cmd_args) optimizer = optim.Adam(model.parameters(), lr=args.learningRate) ``` ### 8、训练和测试 ``` train_idxes = list(range(len(train_graphs))) best_loss = None for epoch in range(args.num_epochs): random.shuffle(train_idxes) model.train() avg_loss = loop_dataset(train_graphs, model, train_idxes, cmd_args.batch_size, optimizer=optimizer) print('\033[92maverage training of epoch %d: loss %.5f acc %.5f auc %.5f\033[0m' % (epoch, avg_loss[0], avg_loss[1], avg_loss[2])) model.eval() test_loss = loop_dataset(test_graphs, model, list(range(len(test_graphs))), cmd_args.batch_size) print('\033[93maverage test of epoch %d: loss %.5f acc %.5f auc %.5f\033[0m' % (epoch, test_loss[0], test_loss[1], test_loss[2])) ``` ### 9、运行结果 ``` average test of epoch 0: loss 0.62392 acc 0.71462 auc 0.72314 loss: 0.51711 acc: 0.80000: 100%|███████████████████████████████████| 76/76 [00:07<00:00, 10.09batch/s] average training of epoch 1: loss 0.54414 acc 0.76895 auc 0.77751 loss: 0.37699 acc: 0.79167: 100%|█████████████████████████████████████| 9/9 [00:00<00:00, 34.07batch/s] average test of epoch 1: loss 0.51981 acc 0.78538 auc 0.79709 loss: 0.43700 acc: 0.84000: 100%|███████████████████████████████████| 76/76 [00:07<00:00, 9.64batch/s] average training of epoch 2: loss 0.49896 acc 0.79184 auc 0.82246 loss: 0.63594 acc: 0.66667: 100%|█████████████████████████████████████| 9/9 [00:00<00:00, 28.62batch/s] average test of epoch 2: loss 0.48979 acc 0.79481 auc 0.83416 loss: 0.57502 acc: 0.76000: 100%|███████████████████████████████████| 76/76 [00:07<00:00, 9.70batch/s] average training of epoch 3: loss 0.50005 acc 0.77447 auc 0.79622 loss: 0.38903 acc: 0.75000: 100%|█████████████████████████████████████| 9/9 [00:00<00:00, 34.03batch/s] average test of epoch 3: loss 0.41463 acc 0.81132 auc 0.86523 loss: 0.54336 acc: 0.76000: 100%|███████████████████████████████████| 76/76 [00:07<00:00, 9.57batch/s] average training of epoch 4: loss 0.44815 acc 0.81711 auc 0.84530 loss: 0.44784 acc: 0.70833: 100%|█████████████████████████████████████| 9/9 [00:00<00:00, 28.62batch/s] average test of epoch 4: loss 0.48319 acc 0.81368 auc 0.84454 loss: 0.36999 acc: 0.88000: 100%|███████████████████████████████████| 76/76 [00:07<00:00, 10.17batch/s] average training of epoch 5: loss 0.39647 acc 0.84184 auc 0.89236 loss: 0.15548 acc: 0.95833: 100%|█████████████████████████████████████| 9/9 [00:00<00:00, 28.62batch/s] average test of epoch 5: loss 0.30881 acc 0.89623 auc 0.95132 ```
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