R语言在计算基因表达量均值，使用函数mean，R报错：既不是数值也不是逻辑值，返回NA。

 上图左侧的小窗口就是我的变量 counts，提前读入的，使用read.table::fread

出现上述报错，最后根据网上各种办法发现是，在作计算时错把基因名也当作数据进行计算了，所以出现报错。

解决办法：把第1列的基因名先去掉，重新命名一个变量。

我在作的内容：提取表达量至少在一半的样本中超过100且平均表达量超过200的基因。

错误代码如下

sel1 <- apply(counts,1, function(x)sum(x > 100)) > ncol(counts)/2
sel2 <- c(apply(counts, 1, mean) > 200)

data_select <- counts[sel1 & sel2,]

#上述代码就是出现报错的代码。

正确代码如下

ayaya <- counts[,-1] #赋值一个新的变量ayaya，把基因名的列删掉，然后计算逻辑值
sel1 <- apply(ayaya,1, function(x)sum(x > 100)) > ncol(counts)/2
sel2 <- c(apply(ayaya, 1, mean) > 200)

data_select <- counts[sel1 & sel2,]

出现上述问题的时候按照其他人的经验以为是有“，”分割符在数字内，导致识别错误，所以使用函数如下，试图把counts转换一下，出现警告说在强制转换的时候有的被改成了NA，点进取才发现counts的第一列基因名全被变成了NA，这才意识到问题出在了哪里。

gsub(",","",counts)
counts <- as.data.frame(lapply(counts,as.numeric))