【PETSc学习】从入门到精通——一、 PETSCc安装与常见问题

最新推荐文章于 2024-07-27 00:37:13 发布

午夜研究院

最新推荐文章于 2024-07-27 00:37:13 发布

阅读量1.2w

点赞数 15

分类专栏：软件学习文章标签： c语言并行计算算法软件开发

本文链接：https://blog.csdn.net/qq_36130886/article/details/121731836

版权

2 篇文章 0 订阅

订阅专栏

一、PETSc安装与常见问题

PETSc，是一套数据结构和例程，用于通过偏微分方程建模的科学应用的可扩展（并行）解决方案。

官网地址：

https://www.mcs.anl.gov/petsc/download/index.html

也有git的相关链接

$ git clone -b release https://gitlab.com/petsc/petsc.git petsc

下载不同版本的petsc-x.xx.x.tar.gz安装包

下载后，将其放入安装目录并解压

$ tar xf petsc-<version number>.tar.gz

安装前需要定义相应的环境变量

export PETSC_DIR=/home/user/Downloads/petsc/petsc-x.xx.x

export PETSC_ARCH=test

如果在当前环境内已经安装好基础的gcc，gfortran编译器，并且已经配置好mpich，blas与lapack的环境，就可以直接运行

./configure

如果需要指定特定环境，需要在configure后面利用with指定

./configure --with-cc=gcc --with-cxx=g++ --with-fc=gfortran --with-mpi-dir=/usr/local/mpich with-fblaslapack=/usr/local/linuxgnu

如果可以使用网络环境，可以使用download进行相关包的下载

./configure --with-cc=gcc --with-cxx=g++ --with-fc=gfortran --download-mpich --download-fblaslapack

如果不需要某些环境，可以指定其为0，例如--with-fc=0

配置时会进行检查文件，建立目录等工作，配置完成图如下

在这里插入图片描述

使用configure配置完成后，PETSc会给出安装指令

make PETSC_DIR=/home/user/Downloads/petsc/petsc-x.xx.x PETSC_ARCH=test ALL

因为之前已经指定过环境变量，也可以直接使用

make  ALL

安装过程实际上是一个环境配置，程序编译的过程，最终默认生成动态调用的libpetsc.so.x.xx.x的petsc文件
在这里插入图片描述
如果需要静态的.a的PETSc库，可以对主目录下gmakefile中的50行进行修改，将下图标识的no改为yes

在这里插入图片描述
然后重新进行编译

make clean
make ALL

最后编译完成即可得到静态的libpetsc.a文件

在这里插入图片描述
另外，PETSc还提供了分模块封装的设定，非常的方便（之后更新）

进行到这一步，安装就已经完成了

运行check指令对测试程序进行检查

make PETSC_DIR=/home/user/Downloads/petsc/petsc-x.xx.x  PETSC_ARCH=test check

运行结果
在这里插入图片描述

如果看到Completed test examples，那么恭喜你，已经成功安装了PETSc

Error: mpich did not work

解决方案：mpich版本较多时，指定目录和当前环境mpich路径一致
Error：libslurm.so.36: cannot open shared object file: No such file or directory

解决方案：当前环境libslurm动态库缺少相应文件，感觉是libslurm库动静态文件不同导致的
Error：fatel error：petscconf.h：No such file or directory

解决方案：在makefile中定义头文件位置时，PETSc需要定义两个，一个是主目录下的include，一个是安装后test目录下的include，两个头文件地址都加上就可以了
Error：libfblas.a：Relocations in generic ELF （EM：62）

解决方案：原因是需要在一个服务器上离线安装PETSc，于是把之前编译好的libfblas.a直接复制过来的，那个是在我linux虚拟机编译的，并非ARM架构，而需要离线安装的服务器是ARM架构，因此需要在同样架构的机子上编译出.a文件
Error：libflapack.a：Relocations in generic ELF （EM：62）

解决方案：和上一个问题一样，需要在同样架构的机子上编译出libflapack.a文件