Ubuntu20.04安装lammps,串行编译

安装之前我先更新了系统，换了源（都在左下角设置可以改，源我一般习惯用阿里云），也安装了必要的包

apt-get install -y gcc g++ gfortran make cmake vim openssh-server

openmpi+fftw编译lammps

Open MPI: Version 4.1 (open-mpi.org)

openmpi的包我用的是4.1.4.tar.gz，fftw是3.3.8.tar.gz

lammps用的是23...tar.gz包，直接去它官网下载就好

一. 先安装openmpi-4.1.4

tar -zvxf openmpi-4.1.4.tar.gz

cd openmpi-4.1.4

./configure --prefix=/opt/openmpi-4.1.4

make

make install

写环境变量（vim /etc/profile系统环境变量，vim ~/.bashrc用户环境变量）不管写哪一个都可，但写完要记得source，使环境变量生效

vim /etc/profile

添加以下两行

export PATH=/opt/openmpi-4.1.4/bin:$PATH

export LD_LIBRARY_PATH=/opt/openmpi-4.1.4/lib:$LD_LIBRARY_PATH

wq保存退出

source /etc/profile

二. 安装fftw-3.3.8

tar -zvxf fftw-3.3.8.tar.gz

cd fftw-3.3.8

./configure --prefix=/opt/fftw-3.3.8

make 

make install

添加环境变量 vim /etc/profile

export PATH=/opt/fftw-3.3.8/bin:$PATH

export LD_LIBRARY_PATH=/opt/fftw-3.3.8/lib:$LD_LIBRARY_PATH

wq保存退出

source /etc/profile

三. 安装lammps

tar -zvxf lammps23...tar.gz

将解压包放到你要安装的路径，比如我的是在/opt/下面

cd /opt/lammps23...

先改一下里面fftw和openmpi的路径

cd src/MAKE/OPTION/

修改Makefile.g++_openmpi_link

MPI路径改为自己安装的，将/usr/local改为/opt/openmpi-4.1.4

总共应该是改两行，/usr/local是默认安装路径

保存退出

修改Makefile.fftw

修改两行路径，改为/opt/fftw-3.3.8

保存退出

退出到src下面，

输入make package-status

make yes-你要安装的包名称，我一般只安装四个（make no-包名是删除依赖包）

MOLECULE、KSPACE、MANYBODY、MISC

然后make mpi

完成之后它会在src下面生成一个lmp_mpi

测试

cd lammps.../examples/shear

mpirun -np 8 /opt/lammps.../src/lmp_mpi <in.shear

-np 后面是cpu核心数，可以根据自己的cpu核心数来设置，不知道核心数的可以用lscpu来查看

如果是用root用户跑的话 再加个参数 --allow-run-as-root就可以跑起来了

运行出来结果就好了