ubuntu下lammps的安装

---------ubuntu下lammps的安装---------

1、前提条件

笔者所用操作系统为Ubuntu18.04，Ubuntu下安装LAMMPS并行版需要安装必要的依赖包，（重复安装无影响）。

1.  sudo apt-get install gcc
   

2.  sudo apt-get install g++
   

3.  sudo apt-get install gfortran
   

4.  sudo apt-get install make
   

注意： 如果ubuntu的apt-get无法正常使用请
sudo apt-get update

准备安装包
fftw-3.3.8.tar.gz http://www.fftw.org/download.html
lammps-stable.tar.gz (解压后为lammps-22Aug18) https://lammps.sandia.gov/download.html
mpich-3.2.1.tar.gz http://www.mpich.org/downloads/

准备工作：在 /home/xukang/ 文件夹下建立文件夹/lammps，将相应安装包分别解压这个文件夹中.
创建fftw3和mpich3文件夹用来安装

接下来就是安装fftw和mpich。

2、安装lammps

2-1 安装fftw

输入指令：

$ cd ~/lammps/fftw-3.3.8 
$ sudo ./configure --prefix=/home/xukang/lammps/fftw --enbale-shared=yes 
$ sudo make
$ make install

在/lammps/lammps-22Aug18/src/MAKE/OPTIONS路径下有Makefile.fftw文件，
通过查看以下内容可知lammps默认fftw调用路径为/usr/local，

FFT_INC =            -DFFT_FFTW3 -I/usr/local/include
FFT_PATH =      -L/usr/local/lib
FFT_LIB =        -lfftw3

2-2 安装mpich

输入指令：

1.        cd /home/xukang/lammps/mpich-3.2.1
2.        sudo ./configure --prefix=/home/xukang/lammps/mpich
3.        sudo make   
4.        sudo make install

在/lammps/lammps-22Aug18/src/MAKE/OPTIONS路径下有Makefile.g++_mpich_link文件，
通过查看以下内容可知lammps默认mpich调用路径为/usr/local。

MPI_INC = -DMPICH_SKIP_MPICXX -DOMPI_SKIP_MPICXX=1 -I/usr/local/include
MPI_PATH = -L/usr/local/lib
MPI_LIB =	-lmpi -lmpl -lpthread

2-3 安装lammps

1、串行的安装

$ cd ~/lammps/lammps-22Aug18/src/STUBS，
$ sudo make
$ cd ~/lammps/lammps-22Aug18/src/MAKE

该文件夹包括Makefile.mpi、Makefile.serial两个编译文件。
Makefile.serial用来串行，Makefile.mpi用来并行

打开Makefile.serial文件，配置fftw的路径即可
在/lammps/lammps-22Aug18/src/MAKE/OPTIONS路径下有Makefile.fftw文件，
通过查看以下内容可知lammps默认fftw调用路径为/usr/local，

FFT_INC =            -DFFT_FFTW3 -I/usr/local/include
FFT_PATH =      -L/usr/local/lib
FFT_LIB =        -lfftw3

但这里要将/usr/local/ 改成你的fftw所在路径

2、并行的安装

打开Makefile.mpi文件，配置mpich和fftw的路径
首先将下面部分注释掉。

LMP_INC =	-DLAMMPS_GZIP -DLAMMPS_MEMALIGN=64

（由于lammps运行过程中不需要图片支持，因而将关于图片这几行斜线部分删除）

还要需要修改mpich和fftw的路径文件，
fftw与串行一样
mpich与串行类似
在/lammps/lammps-22Aug18/src/MAKE/OPTIONS路径下有Makefile.g++_mpich_link文件，
通过查看以下内容可知lammps默认mpich调用路径为/usr/local。

MPI_INC = -DMPICH_SKIP_MPICXX -DOMPI_SKIP_MPICXX=1 -I/usr/local/include
MPI_PATH = -L/usr/local/lib
MPI_LIB =	-lmpi -lmpl -lpthread

但这里要将/usr/local/改成你的mpich所在路径
修改完成后保存就行。

3、接下来编译 LAMMPS 的库文件,我这里根据我自己的需求,选择编译了部分库 文件
lib目录下
输入指令：

$  cd meam
$  sudo make -f Makefile.gfortran

$ cd poems
$ sudo make -f Makefile.g++

$ cd reax
$ sudo  make -f Makefile.gfortran

LAMMPS 是通过各个模块来实现分子动力学模拟里面不同的功能的,但每 一个具体的任务并不是需要用到 LAMMPS 所有的功能,我们可以选择安 装一些常用的模块,等遇到特别的需求时再来安装额外的模块。每一个模 块实现的具体功能,也通过查阅 LAMMPS 使用手册来获知。
在 src 目录下运行 make yes-all
这个命令告诉电脑,我要准备安装所有的模块了,然后再用排除法,告诉电 脑,哪些模块是不要安装的,比如我一般用不到 user-atc 模块,那么就 make no-user-atc。我也一般用不到 kim,kokkos,voronoi, user-qmmm, gpu, user-cuda, 当然,
我用不到不代表你们用不到,要根据实际情况来判断。

src目录下

$	cd lammps/lammps-22Aug18/src/

$   make package-status
$   make yes-meam
$   make yes-poems
$   make yes-reax

4、接着make生成lmp_mpi和lmp_serial的文件

$	sudo make mpi 
$   sudo make serial

成功的话会生成lmp_mpi和lmp_serial的文件。

5、测试一下
到/home/xukang/lammps/lammps-22Aug18/examples/min文件夹中

串行
$/home/xukang/lammps/lammps-22Aug18/src/lmp_serial <in.min

并行
$ /usr/local/bin/mpirun -np 3 /home/xukang/lammps/lammps-22Aug18/src/lmp_mpi < in.min

3、配置环境

此外我们可以设置环境变量，简化命令。
$ vi .bashrc
在最后一行加入

export PATH="$PATH:/home/xukang/lammps/lammps-22Aug18/src:/home/xukang/lammps/mpich3/bin:/home/xukang/lammps/fftw/bin"
export LD_LIBRARY_PATH=/home/xukang/lammps/fftw/lib:/home/xukang/lammps/mpich/lib:/home/**(用户名)/lammps/lammps-22Aug18/src:$LD_LIBRARY_PATH

$ source .bashrc使得环境生效

再次测试一下
到/home/xukang/lammps/lammps-22Aug18/examples/min文件夹中
串行$ lmp_serial <in.min

然而并行出错了

/home/xukang/lammps/lammps-22Aug18/src/lmp_mpi: error while loading shared libraries: libmpi.so.12: cannot open shared object file: No such file or directory

输入ldd ~/lammps/lammps-22Aug18/src/lmp_mpi

发现libmpi.so.12 => not found
应该是libmpi.so.12不在你的LD_LIBRARY_PATH路径下