利用Avizo计算岩石孔隙率——详细步骤

打开数据、图像

        首先打开Avizo，创建一个空白项目，之后打开想要分析的数据，根据数据调整参数，例如图像大小、体素大小（单位是nm）等。

查看和调整图像

        在左上角的Project View窗口中，绿色的为数据，红色的为方法，右键数据，可以为其添加一些内容，如果要可视化数据，常用的有Volume Rendering、Bounding Box、OrthoSlice，可以在搜索栏搜索需要的方法。

        每个数据左侧的蓝色的小方块（Viewer Toggle）可以调整是否显示数据。

        另外布局乱了可以在左上的菜单栏——Window调整和重置布局。

        可以点击Volume Rendering，然后在左下角的properties调整ColorMap来选择显示的范围

        接下来需要将感兴趣的部分从整个数据中划分出来，在我的示例数据中，我只想分析中间这个石头，那么需要将其分割出来，如果数据数据是歪的，还可以使用Transform Editer将其摆正，再用Resample Transformed Image进行Apply得到调整后的新图像。

        现在切出来我们需要的部分，首先为图像添加Volume Editor，然后手动选择范围，再切掉范围以外的部分，得到切割后的数据，最后还需要创建一个mask。

        如果还想切，可以用crop editor把图像大小切成数据所在部分的大小

        现在，我们有了完美的数据，接下来终于可以开始分析了。

最关键的一步——分割孔隙

        这是最重要的一步，有许许多多的算法，这里只分享我使用的一个分割步骤。

        首先切换到Segmentation部分，这里的左侧，从上到下有四个部分，最上边为Image和Label field；第二部分是Materials；再下面有个收起来的Display Control；最后一个部分是Selection。用法是在Selection选好区域，添加到Materials中，得到的数据在Label field中。懒得看就直接上手。

        选择你想分割孔隙的图像，新建一个Label field。在Materials中新建一个（或者直接用它给出的Inside也可以，还可以重命名）

        之后在Selection中选择阈值Threshold，选择孔的部分，调整好范围，这里推荐不要太严格，因为后面还可以用分水岭让它自己判断。再点击选择区域，将其添加到Materials中即可。

        到这里，选择的孔隙已经可以用来计算孔隙率了。返回Project，看到你创建的label，那个就是孔的lable，可以直接跳到计算孔隙率这一步了，当然接下来的也不难，并且如果你的样本质量很高，孔隙很明显，那可能对你的样本没有用。

        但是从我的样中左下角可以看到，这是一个大孔，但是孔中间却被低密度的内容填充，阈值分割是无法将其分割出来的。我们需要继续调整，也非常简单，重复选择孔的过程，只是这次通过阈值选择高密度的部分，当做新的材料。

        在图中，红色、蓝色分别表示材料和孔隙，现在使用分水岭算法将二者扩大。可以多次尝试，但多次尝试要记住不要选错了梯度和Label field。

        还可以用画笔brush手动修正一下区域再进行分水岭。

        效果已经比较让人满意了。

计算孔隙率

        在Materials中只保留孔隙，其他材料删除即可，对labels添加Volume Fraction，选择之前创建好的mask即可（注意大小一致，如果对图像进行了裁剪crop，那mask也要裁剪）。

        如此便得到了孔隙率0.414...。

        好了，结束！

分析孔

        如果还想额外分析，可以先对得到的孔隙标签进行mask操作，使用之前得到的mask将圆柱之外的部分去掉，然后添加Separate Objects操作，再添加Lable Analysis操作。

        需要调整参数来得到更好的分离结果。