NCBI爬取基因信息（ID等）

于 2024-03-09 14:25:58 发布
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文章标签： python 开发语言
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本文介绍了如何利用Python从NCBI获取基因ID（如GeneID、HGNCID和EnsembleID），通过读取存储在本地Excel文件中的基因列表，并在代码中设置文件路径，实现无梯子环境下的数据抓取过程。
摘要由CSDN通过智能技术生成

从ncbi，根据gene symbol爬取gene ID、HGNC ID、Ensemble ID

  1. 关掉梯子
  2. 代码源文件和基因列表处于同一个目录
  3. 在代码中设定基因列表的具体路径 
    # 读取Excel文件
excel_file_path = 'DEGs.xlsx'  # 替换为你的Excel文件路径
df = pd.read_excel("f:/graduation paper/AD gene_biomarker 3.6/DEGs.xlsx")

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