KEGG数据库 目录一、介绍在进行生物学实验或者生物信息的学习中，都会听说 KEGG富集分析，而且该方法在高通量测序分析中已然成为数据分析中必不可少的一环。这种分析方法依托的是由 Kanehisa实验室 在1995年开发的KEGG数据库…KEGG（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes）是一个整合了基因组、化学等信息的综合性数据库。KEGG拥有多个子数据库，包含通路、基因组、生化反应、生化物质、疾病与药物等。一文快速读懂 KEGG 数据库与通路图 - 知乎。...
MSigDB数据库 包括H（hallmarker gene sets）、C1（positional gene sets）、C2（curated gene sets）等。分子特征数据库 (MSigDB) 是一个收录了带有注释的基因集的数据库，可与 GSEA 软件一起使用。1、在“Search Gene Sets”界面“Keywords”框中输入关键词，如“lactate”3、使用R包clusterProfiler读取.gmt文件。2、选中所需的基因集，并选择导出.gmt文件。MSigDB中的所有基因集被划分为。.........
批次效应：概念初探 简介简介往往是是不同时间、不同操作者、不同试剂、不同仪器导致的实验误差，与研究中的生物或科学变量无关。批次效应对低维分子测量如 Western Blot 和 qPCR 影响较小，。其不利影响包括：可能扭曲生物学差异，在基因表达相关性分析如WGCNA中可能影响基因间的相关性等。是一种数据分析技术，用于调整单个样本测量值的全局属性，以便能够更恰当地对所有样本进行比较。传统认为归一化可以去除批次效应，但由于批量效应违反了归一化方法的假设，使得归一并不能消除批量效应，甚至可能会加剧高通量测量中的技术伪影。.....
WGCNA：概念初探 基本分析流程简介即加权基因共表达网络分析，可将表达模式相似的基因进行聚类（共表达基因），并分析模块与特定性状或表型之间的关联关系。WGCNA促进了基于网络的基因筛选方法，可用于识别候选生物标志物或治疗靶标，等方面的研究中被广泛应用。在RNA-seq数据中的应用相关术语补充1、应用WGCNA分析的数据应当2、WGCNA分析对计算机的要求较高，4G内存电脑可处理8000-10000个基因数量，16G内存电脑可以处理2万个，32G内存电脑可以处理3万个3、如果表型为。.......................
TCGA_联合GTEx分析2_查看批次效应 在TCGA_联合GTEx分析1_得到表达矩阵.tpm_老实人谢耳朵的博客-CSDN博客中，获取了TCGA和GTEx中样本的表达矩阵数据，数据格式均为tpm。本文对二者进行合并后，通过PCA分析、绘制内参箱线图等方法，查看是否存在批次效应。关于批次效应的说明，可参看批次效应（Batch effect）解读一、数据准备1 合并后的表达矩阵exp_tcga.tpm <- read.csv(file = "exp_tcga.tpm.csv", header=T, row.names=...
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